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- EMDB-34104: FTY720p-bound human SPNS2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34104
タイトルFTY720p-bound human SPNS2
マップデータ
試料
  • 複合体: SPNS2 nanobody complex
    • タンパク質・ペプチド: NbFab-H-chain
    • タンパク質・ペプチド: NbFab L-chain
    • タンパク質・ペプチド: Tc-Nb8
    • タンパク質・ペプチド: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2
    • タンパク質・ペプチド: anti-Fab nanobody
  • リガンド: (2~{S})-2-azanyl-4-(4-octylphenyl)-2-[[oxidanyl-bis(oxidanylidene)-$l^{6}-phosphanyl]oxymethyl]butan-1-ol
キーワードtransporter (運搬体タンパク質) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


sphingolipid transporter activity / regulation of eye pigmentation / regulation of humoral immune response / regulation of T cell migration / lymphocyte migration / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / lipid transport / T cell homeostasis ...sphingolipid transporter activity / regulation of eye pigmentation / regulation of humoral immune response / regulation of T cell migration / lymphocyte migration / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / lipid transport / T cell homeostasis / B cell homeostasis / transmembrane transporter activity / lymph node development / sensory perception of sound / 骨 / endosome membrane / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Protein spinster-like / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2
類似検索 - 構成要素
生物種Lama glama (ラマ) / synthetic construct (人工物) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者He Y / Duan Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070048 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2024
タイトル: Structural basis of Sphingosine-1-phosphate transport via human SPNS2.
著者: Yaning Duan / Nancy C P Leong / Jing Zhao / Yu Zhang / Dat T Nguyen / Hoa T T Ha / Na Wang / Ruixue Xia / Zhenmei Xu / Zhengxiong Ma / Yu Qian / Han Yin / Xinyan Zhu / Anqi Zhang / Changyou ...著者: Yaning Duan / Nancy C P Leong / Jing Zhao / Yu Zhang / Dat T Nguyen / Hoa T T Ha / Na Wang / Ruixue Xia / Zhenmei Xu / Zhengxiong Ma / Yu Qian / Han Yin / Xinyan Zhu / Anqi Zhang / Changyou Guo / Yu Xia / Long N Nguyen / Yuanzheng He /
履歴
登録2022年8月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月6日-
マップ公開2023年9月6日-
更新2024年2月21日-
現状2024年2月21日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34104.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34104.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-5.264575 - 7.8866334
平均 (標準偏差)-0.0015956754 (±0.13203529)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34104_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34104_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SPNS2 nanobody complex

全体名称: SPNS2 nanobody complex
要素
  • 複合体: SPNS2 nanobody complex
    • タンパク質・ペプチド: NbFab-H-chain
    • タンパク質・ペプチド: NbFab L-chain
    • タンパク質・ペプチド: Tc-Nb8
    • タンパク質・ペプチド: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2
    • タンパク質・ペプチド: anti-Fab nanobody
  • リガンド: (2~{S})-2-azanyl-4-(4-octylphenyl)-2-[[oxidanyl-bis(oxidanylidene)-$l^{6}-phosphanyl]oxymethyl]butan-1-ol

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超分子 #1: SPNS2 nanobody complex

超分子名称: SPNS2 nanobody complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)

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分子 #1: NbFab-H-chain

分子名称: NbFab-H-chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 26.644539 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEISEVQLVE SGGGLVQPGG SLRLSCAASG FNFSYYSIHW VRQAPGKGLE WVAYISSSSS YTSYADSVKG RFTISADTSK NTAYLQMNS LRAEDTAVYY CARGYQYWQY HASWYWNGGL DYWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP ...文字列:
MEISEVQLVE SGGGLVQPGG SLRLSCAASG FNFSYYSIHW VRQAPGKGLE WVAYISSSSS YTSYADSVKG RFTISADTSK NTAYLQMNS LRAEDTAVYY CARGYQYWQY HASWYWNGGL DYWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSCDKT HT HHHHHH

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分子 #2: NbFab L-chain

分子名称: NbFab L-chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 23.38998 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSDIQMTQSP SSLSASVGDR VTITCRASQS VSSAVAWYQQ KPGKAPKLLI YSASSLYSGV PSRFSGSRSG TDFTLTISSL QPEDFATYY CQQSSSSLIT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列:
MSDIQMTQSP SSLSASVGDR VTITCRASQS VSSAVAWYQQ KPGKAPKLLI YSASSLYSGV PSRFSGSRSG TDFTLTISSL QPEDFATYY CQQSSSSLIT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC

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分子 #3: Tc-Nb8

分子名称: Tc-Nb8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 14.001732 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QRQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAAPGSRRF DYYTLGWFRQ APGKEREGVS CISTVGGITN YADSVKGRFI ISRDNAKSTV YLQMNSLEP EDTAVYYCAA GREMCAPMML GDYYDMDYWG KGTPVTVSS

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分子 #4: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2

分子名称: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58.096289 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MMCLECASAA AGGAEEEEAD AERRRRRRGA QRGAGGSGCC GARGAGGAGV SAAGDEVQTL SGSVRRAPTG PPGTPGTPGC AATAKGPGA QQPKPASLGR GRGAAAAILS LGNVLNYLDR YTVAGVLLDI QQHFGVKDRG AGLLQSVFIC SFMVAAPIFG Y LGDRFNRK ...文字列:
MMCLECASAA AGGAEEEEAD AERRRRRRGA QRGAGGSGCC GARGAGGAGV SAAGDEVQTL SGSVRRAPTG PPGTPGTPGC AATAKGPGA QQPKPASLGR GRGAAAAILS LGNVLNYLDR YTVAGVLLDI QQHFGVKDRG AGLLQSVFIC SFMVAAPIFG Y LGDRFNRK VILSCGIFFW SAVTFSSSFI PQQYFWLLVL SRGLVGIGEA SYSTIAPTII GDLFTKNTRT LMLSVFYFAI PL GSGLGYI TGSSVKQAAG DWHWALRVSP VLGMITGTLI LILVPATKRG HADQLGDQLK ARTSWLRDMK ALIRNRSYVF SSL ATSAVS FATGALGMWI PLYLHRAQVV QKTAETCNSP PCGAKDSLIF GAITCFTGFL GVVTGAGATR WCRLKTQRAD PLVC AVGML GSAIFICLIF VAAKSSIVGA YICIFVGETL LFSNWAITAD ILMYVVIPTR RATAVALQSF TSHLLGDAGS PYLIG FISD LIRQSTKDSP LWEFLSLGYA LMLCPFVVVL GGMFFLATAL FFVSDRARAE QQVNQLAMPP ASVKV

UniProtKB: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2

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分子 #5: anti-Fab nanobody

分子名称: anti-Fab nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 13.76411 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MGSQVQLQES GGGLVQPGGS LRLSCAASGR TISRYAMSWF RQAPGKEREF VAVARRSGDG AFYADSVQGR FTVSRDDAKN TVYLQMNSL KPEDTAVYYC AIDSDTFYSG SYDYWGQGTQ VTVSSLE

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分子 #6: (2~{S})-2-azanyl-4-(4-octylphenyl)-2-[[oxidanyl-bis(oxidanylidene...

分子名称: (2~{S})-2-azanyl-4-(4-octylphenyl)-2-[[oxidanyl-bis(oxidanylidene)-$l^{6}-phosphanyl]oxymethyl]butan-1-ol
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: J89
分子量理論値: 387.451 Da
Chemical component information

ChemComp-J89:
(2~{S})-2-azanyl-4-(4-octylphenyl)-2-[[oxidanyl-bis(oxidanylidene)-$l^{6}-phosphanyl]oxymethyl]butan-1-ol / (S)-FTY-720-P

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 362400
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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