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- EMDB-32944: The complex structure of Omicron BA.1 RBD with BD604, S309,and S304 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32944
タイトルThe complex structure of Omicron BA.1 RBD with BD604, S309,and S304
マップデータ
試料
  • 複合体: BD604 Fab, S309 Fab and S304 Fab complex with Omicron BA.1 RBD
    • 複合体: BD604 Fab, S309 Fab and S304 Fab
      • タンパク質・ペプチド: S309 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: S309 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: BD-604 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: BD-604 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: S304 Fab haavy chain
      • タンパク質・ペプチド: S304 Fab light chain
    • 複合体: Omicron BA.1 RBD
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
キーワードantibody viral protein complex / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Huang M / Xie YF
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesYSBR-010 中国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2022
タイトル: Atlas of currently available human neutralizing antibodies against SARS-CoV-2 and escape by Omicron sub-variants BA.1/BA.1.1/BA.2/BA.3.
著者: Min Huang / Lili Wu / Anqi Zheng / Yufeng Xie / Qingwen He / Xiaoyu Rong / Pu Han / Pei Du / Pengcheng Han / Zengyuan Zhang / Runchu Zhao / Yunfei Jia / Linjie Li / Bin Bai / Ziliang Hu / ...著者: Min Huang / Lili Wu / Anqi Zheng / Yufeng Xie / Qingwen He / Xiaoyu Rong / Pu Han / Pei Du / Pengcheng Han / Zengyuan Zhang / Runchu Zhao / Yunfei Jia / Linjie Li / Bin Bai / Ziliang Hu / Shixiong Hu / Sheng Niu / Yu Hu / Honghui Liu / Bo Liu / Kaige Cui / Weiwei Li / Xin Zhao / Kefang Liu / Jianxun Qi / Qihui Wang / George Fu Gao /
要旨: SARS-CoV-2 Omicron variant has presented significant challenges to current antibodies and vaccines. Herein, we systematically compared the efficacy of 50 human monoclonal antibodies (mAbs), covering ...SARS-CoV-2 Omicron variant has presented significant challenges to current antibodies and vaccines. Herein, we systematically compared the efficacy of 50 human monoclonal antibodies (mAbs), covering the seven identified epitope classes of the SARS-CoV-2 RBD, against Omicron sub-variants BA.1, BA.1.1, BA.2, and BA.3. Binding and pseudovirus-based neutralizing assays revealed that 37 of the 50 mAbs lost neutralizing activities, whereas the others displayed variably decreased activities against the four Omicron sub-variants. BA.2 was found to be more sensitive to RBD-5 antibodies than the other sub-variants. Furthermore, a quaternary complex structure of BA.1 RBD with three mAbs showing different neutralizing potencies against Omicron provided a basis for understanding the immune evasion of Omicron sub-variants and revealed the lack of G446S mutation accounting for the sensitivity of BA.2 to RBD-5 mAbs. Our results may guide the application of the available mAbs and facilitate the development of universal therapeutic antibodies and vaccines against COVID-19.
履歴
登録2022年2月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月6日-
マップ公開2022年7月6日-
更新2023年7月19日-
現状2023年7月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32944.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32944.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-2.214719 - 3.3856153
平均 (標準偏差)0.000075059 (±0.0790104)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 306.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : BD604 Fab, S309 Fab and S304 Fab complex with Omicron BA.1 RBD

全体名称: BD604 Fab, S309 Fab and S304 Fab complex with Omicron BA.1 RBD
要素
  • 複合体: BD604 Fab, S309 Fab and S304 Fab complex with Omicron BA.1 RBD
    • 複合体: BD604 Fab, S309 Fab and S304 Fab
      • タンパク質・ペプチド: S309 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: S309 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: BD-604 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: BD-604 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: S304 Fab haavy chain
      • タンパク質・ペプチド: S304 Fab light chain
    • 複合体: Omicron BA.1 RBD
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1

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超分子 #1: BD604 Fab, S309 Fab and S304 Fab complex with Omicron BA.1 RBD

超分子名称: BD604 Fab, S309 Fab and S304 Fab complex with Omicron BA.1 RBD
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: BD604 Fab, S309 Fab and S304 Fab

超分子名称: BD604 Fab, S309 Fab and S304 Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Omicron BA.1 RBD

超分子名称: Omicron BA.1 RBD / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)

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分子 #1: S309 Fab heavy chain

分子名称: S309 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.573471 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYPFT SYGISWVRQA PGQGLEWMGW ISTYNGNTNY AQKFQGRVTM TTDTSTTTGY MELRRLRSD DTAVYYCARD YTRGAWFGES LIGGFDNWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYPFT SYGISWVRQA PGQGLEWMGW ISTYNGNTNY AQKFQGRVTM TTDTSTTTGY MELRRLRSD DTAVYYCARD YTRGAWFGES LIGGFDNWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEPK SC

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分子 #2: S309 Fab light chain

分子名称: S309 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.204697 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQTVS STSLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQHDTSLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQTVS STSLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQHDTSLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #3: BD-604 Fab heavy chain

分子名称: BD-604 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.352223 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGGG LIQPGGSLRL SCAASGIIVS SNYMTWVRQA PGKGLEWVSV IYSGGSTFYA DSVKGRFTIS RDNSKNTLYL QMSSLRAED TAVYYCARDL GPYGMDVWGQ GTTVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY FPEPVTVSWN S GALTSGVH ...文字列:
EVQLVESGGG LIQPGGSLRL SCAASGIIVS SNYMTWVRQA PGKGLEWVSV IYSGGSTFYA DSVKGRFTIS RDNSKNTLYL QMSSLRAED TAVYYCARDL GPYGMDVWGQ GTTVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY FPEPVTVSWN S GALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEPK SCDK

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分子 #4: BD-604 Fab light chain

分子名称: BD-604 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.304783 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQLTQSPSF LSASVGDRVT ITCRASQGIS SDLAWYQQKP GKAPNLLIYA ASTLQSGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP EDFATYYCQ QLNSDLYTFG QGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQLTQSPSF LSASVGDRVT ITCRASQGIS SDLAWYQQKP GKAPNLLIYA ASTLQSGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP EDFATYYCQ QLNSDLYTFG QGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #5: S304 Fab haavy chain

分子名称: S304 Fab haavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.729389 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS SYDMHWVRQT TGKGLEWVST IGTAGDTYYP DSVKGRFTIS REDAKNSLYL QMNSLRAGD TAVYYCARGD SSGYYYYFDY WGQGTLLTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列:
EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS SYDMHWVRQT TGKGLEWVST IGTAGDTYYP DSVKGRFTIS REDAKNSLYL QMNSLRAGD TAVYYCARGD SSGYYYYFDY WGQGTLLTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSC

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分子 #6: S304 Fab light chain

分子名称: S304 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.369947 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSAAVGDRVT ITCRASQSIG SYLNWYQQKP GKAPKLLIYA ASSLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFAIYYCQ QSYVSPTYTF GPGTKVDIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
DIQMTQSPSS LSAAVGDRVT ITCRASQSIG SYLNWYQQKP GKAPKLLIYA ASSLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFAIYYCQ QSYVSPTYTF GPGTKVDIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #7: Spike protein S1

分子名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
分子量理論値: 23.775982 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TNLCPFDEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNLA PFFTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGNIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNKL DSKVSGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGNKPCN GVAGFNCYFP L RSYSFRPT ...文字列:
TNLCPFDEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNLA PFFTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGNIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNKL DSKVSGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGNKPCN GVAGFNCYFP L RSYSFRPT YGVGHQPYRV VVLSFELLHA PATVCGPKKS TNLVKNKCVN F

UniProtKB: スパイクタンパク質

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 553923
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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