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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32852 | |||||||||
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タイトル | ectoTLR3-mAb12-poly(I:C) complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 TLR3 deficiency - HSE / UNC93B1 deficiency - HSE / TICAM1 deficiency - HSE / type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / response to dsRNA / TRAF3 deficiency - HSE / regulation of dendritic cell cytokine production / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / I-kappaB phosphorylation ...TLR3 deficiency - HSE / UNC93B1 deficiency - HSE / TICAM1 deficiency - HSE / type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / response to dsRNA / TRAF3 deficiency - HSE / regulation of dendritic cell cytokine production / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / I-kappaB phosphorylation / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / inflammatory response to wounding / toll-like receptor 3 signaling pathway / necroptotic signaling pathway / detection of virus / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / endolysosome membrane / hyperosmotic response / Trafficking and processing of endosomal TLR / positive regulation of macrophage cytokine production / pattern recognition receptor activity / Toll様受容体 / response to exogenous dsRNA / cellular response to exogenous dsRNA / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of interferon-alpha production / cellular response to interferon-beta / positive regulation of chemokine production / extrinsic apoptotic signaling pathway / JNK cascade / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interferon-beta production / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / 細胞外マトリックス / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / cellular response to virus / cellular response to type II interferon / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to mechanical stimulus / male gonad development / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of type II interferon production / transmembrane signaling receptor activity / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of tumor necrosis factor production / double-stranded RNA binding / signaling receptor activity / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / エンドソーム / endosome membrane / defense response to bacterium / positive regulation of apoptotic process / lysosomal membrane / ゴルジ体 / 自然免疫系 / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of gene expression / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.91 Å | |||||||||
データ登録者 | Lim CS / Jang YH / Lee GY / Han GM / Lee JO | |||||||||
資金援助 | 韓国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: TLR3 forms a highly organized cluster when bound to a poly(I:C) RNA ligand. 著者: Chan Seok Lim / Yoon Ha Jang / Ga Young Lee / Gu Min Han / Hye Jin Jeong / Ji Won Kim / Jie-Oh Lee / 要旨: Toll-like Receptor 3 (TLR3) initiates a potent anti-viral immune response by binding to double-stranded RNA ligands. Previous crystallographic studies showed that TLR3 forms a homodimer when bound to ...Toll-like Receptor 3 (TLR3) initiates a potent anti-viral immune response by binding to double-stranded RNA ligands. Previous crystallographic studies showed that TLR3 forms a homodimer when bound to a 46-base pair RNA ligand. However, this short RNA fails to initiate a robust immune response. To obtain structural insights into the length dependency of TLR3 ligands, we determine the cryo-electron microscopy structure of full-length TLR3 in a complex with a synthetic RNA ligand with an average length of ~400 base pairs. In the structure, the dimeric TLR3 units are clustered along the double-stranded RNA helix in a highly organized and cooperative fashion with a uniform inter-dimer spacing of 103 angstroms. The intracellular and transmembrane domains are dispensable for the clustering because their deletion does not interfere with the cluster formation. Our structural observation suggests that ligand-induced clustering of TLR3 dimers triggers the ordered assembly of intracellular signaling adaptors and initiates a robust innate immune response. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32852.map.gz | 168.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32852-v30.xml emd-32852.xml | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32852.png | 52.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32852 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32852 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32852.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0865 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : ectoTLR3-mAb12-poly(I:C) complex
全体 | 名称: ectoTLR3-mAb12-poly(I:C) complex |
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要素 |
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-超分子 #1: ectoTLR3-mAb12-poly(I:C) complex
超分子 | 名称: ectoTLR3-mAb12-poly(I:C) complex / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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-超分子 #2: ectoTLR3-mAb12
超分子 | 名称: ectoTLR3-mAb12 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: poly(I:C)
超分子 | 名称: poly(I:C) / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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-分子 #1: Toll-like receptor 3
分子 | 名称: Toll-like receptor 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 78.423375 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: ADPKCTVSHE VADCSHLKLT QVPDDLPTNI TVLNLTHNQL RRLPAANFTR YSQLTSLDVG FNTISKLEPE LCQKLPMLKV LNLQHNELS QLSDKTFAFC TNLTELHLMS NSIQKIKNNP FVKQKNLITL DLSHNGLSST KLGTQVQLEN LQELLLSNNK I QALKSEEL ...文字列: ADPKCTVSHE VADCSHLKLT QVPDDLPTNI TVLNLTHNQL RRLPAANFTR YSQLTSLDVG FNTISKLEPE LCQKLPMLKV LNLQHNELS QLSDKTFAFC TNLTELHLMS NSIQKIKNNP FVKQKNLITL DLSHNGLSST KLGTQVQLEN LQELLLSNNK I QALKSEEL DIFANSSLKK LELSSNQIKE FSPGCFHAIG RLFGLFLNNV QLGPSLTEKL CLELANTSIR NLSLSNSQLS TT SNTTFLG LKWTNLTMLD LSYNNLNVVG NDSFAWLPQL EYFFLEYNNI QHLFSHSLHG LFNVRYLNLK RSFTKQSISL ASL PKIDDF SFQWLKCLEH LNMEDNDIPG IKSNMFTGLI NLKYLSLSNS FTSLRTLTNE TFVSLAHSPL HILNLTKNKI SKIE SDAFS WLGHLEVLDL GLNEIGQELT GQEWRGLENI FEIYLSYNKY LQLTRNSFAL VPSLQRLMLR RVALKNVDSS PSPFQ PLRN LTILDLSNNN IANINDDMLE GLEKLEILDL QHNNLARLWK HANPGGPIYF LKGLSHLHIL NLESNGFDEI PVEVFK DLF ELKIIDLGLN NLNTLPASVF NNQVSLKSLN LQKNLITSVE KKVFGPAFRN LTELDMRFNP FDCTCESIAW FVNWINE TH TNIPELSSHY LCNTPPHYHG FPVRLFDTSS CKSGRLVPRG SHHHHHH |
-分子 #4: mAb12
分子 | 名称: mAb12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 27.712111 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: ADPQVQLQQS GPGLVKPSQT LSLTCAISGD SVSSNSAAWG WIRQSPGRGL EWLGIIQKRS KWYNNYAVSV KSRITINPDT SKNQFSLQL NSVTPEDTAV YYCARYSYPF YSIDYWGQGT LVTVSSGGGG SGGGGSGGGG SGGGGSQSVL TQPPSVSVAP G QTARISCS ...文字列: ADPQVQLQQS GPGLVKPSQT LSLTCAISGD SVSSNSAAWG WIRQSPGRGL EWLGIIQKRS KWYNNYAVSV KSRITINPDT SKNQFSLQL NSVTPEDTAV YYCARYSYPF YSIDYWGQGT LVTVSSGGGG SGGGGSGGGG SGGGGSQSVL TQPPSVSVAP G QTARISCS GDNIGSYYVH WYQQKPGQAP VLVIYEDSER PSGIPERFSG SNSGNTATLT ISGTQAEDEA DYYCSSYDDP NF QVFGGGT KLTVLGHHHH HHHH |
-分子 #2: RNA (46-MER)
分子 | 名称: RNA (46-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 13.993408 KDa |
配列 | 文字列: CCCCCCCCCC CCCCCCCCCC CCCCCCCCCC CCCCCCCCCC CCCCCC |
-分子 #3: RNA (46-MER)
分子 | 名称: RNA (46-MER) / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 15.143821 KDa |
配列 | 文字列: IIIIIIIIII IIIIIIIIII IIIIIIIIII IIIIIIIIII IIIIII |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 5.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
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最終 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 136835 |