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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3279 | |||||||||
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タイトル | Electron microscopy of human RNA helicase DHX34 | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of DHX34 | |||||||||
試料 |
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キーワード | NMD / SMG1 / SMG8 / SMG9 / PIKK / DHX34 / RNA degradation / RNA helicase (ヘリカーゼ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA helicase activity => GO:0003724 / RNA binding => GO:0003723 / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / 転写後修飾 / positive regulation of phosphorylation / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / protein-containing complex binding ...RNA helicase activity => GO:0003724 / RNA binding => GO:0003723 / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / 転写後修飾 / positive regulation of phosphorylation / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / protein-containing complex binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24.23 Å | |||||||||
データ登録者 | Melero R / Hug N / Lopez-Perrote A / Yamashita A / Caceres J / Llorca O | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016 タイトル: The RNA helicase DHX34 functions as a scaffold for SMG1-mediated UPF1 phosphorylation. 著者: Roberto Melero / Nele Hug / Andrés López-Perrote / Akio Yamashita / Javier F Cáceres / Oscar Llorca / 要旨: Nonsense-mediated decay (NMD) is a messenger RNA quality-control pathway triggered by SMG1-mediated phosphorylation of the NMD factor UPF1. In recent times, the RNA helicase DHX34 was found to ...Nonsense-mediated decay (NMD) is a messenger RNA quality-control pathway triggered by SMG1-mediated phosphorylation of the NMD factor UPF1. In recent times, the RNA helicase DHX34 was found to promote mRNP remodelling, leading to activation of NMD. Here we demonstrate the mechanism by which DHX34 functions in concert with SMG1. DHX34 comprises two distinct structural units, a core that binds UPF1 and a protruding carboxy-terminal domain (CTD) that binds the SMG1 kinase, as shown using truncated forms of DHX34 and electron microscopy of the SMG1-DHX34 complex. Truncation of the DHX34 CTD does not affect binding to UPF1; however, it compromises DHX34 binding to SMG1 to affect UPF1 phosphorylation and hence abrogate NMD. Altogether, these data suggest the existence of a complex comprising SMG1, UPF1 and DHX34, with DHX34 functioning as a scaffold for UPF1 and SMG1. This complex promotes UPF1 phosphorylation leading to functional NMD. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3279.map.gz | 1.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3279-v30.xml emd-3279.xml | 10.1 KB 10.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-3279_DHX34.png | 76.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3279 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3279 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3279.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of DHX34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.68 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : DHX34
全体 | 名称: DHX34 |
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要素 |
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-超分子 #1000: DHX34
超分子 | 名称: DHX34 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Monomeric DHX34 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 128 KDa |
-分子 #1: DHX34
分子 | 名称: DHX34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: DHX34 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
分子量 | 理論値: 128 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293T cells |
配列 | UniProtKB: Probable ATP-dependent RNA helicase DHX34 GO: 細胞質, 生体膜, ATP binding, RNA helicase activity => GO:0003724, RNA binding => GO:0003723, negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay, ...GO: 細胞質, 生体膜, ATP binding, RNA helicase activity => GO:0003724, RNA binding => GO:0003723, negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay, nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay, 転写後修飾 InterPro: DEAD-box helicase, OB fold, Helicase-associated domain, Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, Helicase, C-terminal, P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase, INTERPRO: IPR015880 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.01 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 10 mM HEPES-KOH, 150 mM NaCl, 20% (v/v) glycerol, 10 mM MgCl2 |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: 1% uranyl formate |
グリッド | 詳細: 400 mesh grid with thin carbon support, glow discharged |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 1230 |
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電子線 | 加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 54926 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.9 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 40000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected using a TVIPS F416 CMOS and the EM-MENU software (TVIPS) |
日付 | 2012年2月17日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 平均電子線量: 15 e/Å2 詳細: Using a TVIPS F416 CMOS and the EM-TOOLS software (TVIPS) ビット/ピクセル: 16 |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each micrograph using BSOFT |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.23 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN, EMAN2, Xmipp / 使用した粒子像数: 12316 |