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万見
- EMDB-32576: Mouse Pendrin in chloride and bicarbonate buffer in inward state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32576
タイトルMouse Pendrin in chloride and bicarbonate buffer in inward state
マップデータ
試料
  • 複合体: mouse Pendrin in chloride and bicarbonate buffer in inward state
    • タンパク質・ペプチド: Pendrin
キーワードexchange / transport / slc / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Multifunctional anion exchangers / inorganic anion transport / iodide transmembrane transporter activity / oxalate transmembrane transporter activity / sulfate transmembrane transporter activity / iodide transport / secondary active sulfate transmembrane transporter activity / regulation of pH / monoatomic anion transmembrane transporter activity / chloride:bicarbonate antiporter activity ...Multifunctional anion exchangers / inorganic anion transport / iodide transmembrane transporter activity / oxalate transmembrane transporter activity / sulfate transmembrane transporter activity / iodide transport / secondary active sulfate transmembrane transporter activity / regulation of pH / monoatomic anion transmembrane transporter activity / chloride:bicarbonate antiporter activity / bicarbonate transmembrane transporter activity / chloride transmembrane transporter activity / brush border membrane / animal organ morphogenesis / regulation of protein localization / apical plasma membrane / extracellular exosome / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Sulphate anion transporter, conserved site / SLC26A transporters signature. / SLC26A/SulP transporter / SLC26A/SulP transporter domain / Sulfate permease family / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Liu QY / Zhang X / Sun L / Chen ZG
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded81900729
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Asymmetric pendrin homodimer reveals its molecular mechanism as anion exchanger.
著者: Qianying Liu / Xiang Zhang / Hui Huang / Yuxin Chen / Fang Wang / Aihua Hao / Wuqiang Zhan / Qiyu Mao / Yuxia Hu / Lin Han / Yifang Sun / Meng Zhang / Zhimin Liu / Geng-Lin Li / Weijia Zhang ...著者: Qianying Liu / Xiang Zhang / Hui Huang / Yuxin Chen / Fang Wang / Aihua Hao / Wuqiang Zhan / Qiyu Mao / Yuxia Hu / Lin Han / Yifang Sun / Meng Zhang / Zhimin Liu / Geng-Lin Li / Weijia Zhang / Yilai Shu / Lei Sun / Zhenguo Chen /
要旨: Pendrin (SLC26A4) is an anion exchanger expressed in the apical membranes of selected epithelia. Pendrin ablation causes Pendred syndrome, a genetic disorder associated with sensorineural hearing ...Pendrin (SLC26A4) is an anion exchanger expressed in the apical membranes of selected epithelia. Pendrin ablation causes Pendred syndrome, a genetic disorder associated with sensorineural hearing loss, hypothyroid goiter, and reduced blood pressure. However its molecular structure has remained unknown, limiting our understanding of the structural basis of transport. Here, we determine the cryo-electron microscopy structures of mouse pendrin with symmetric and asymmetric homodimer conformations. The asymmetric homodimer consists of one inward-facing protomer and the other outward-facing protomer, representing coincident uptake and secretion- a unique state of pendrin as an electroneutral exchanger. The multiple conformations presented here provide an inverted alternate-access mechanism for anion exchange. The structural and functional data presented here disclose the properties of an anion exchange cleft and help understand the importance of disease-associated variants, which will shed light on the pendrin exchange mechanism.
履歴
登録2022年1月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月12日-
マップ公開2023年4月12日-
更新2023年8月16日-
現状2023年8月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32576.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32576.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.064 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.0016638802 - 1.3922924
平均 (標準偏差)0.00060599827 (±0.015322176)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 340.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : mouse Pendrin in chloride and bicarbonate buffer in inward state

全体名称: mouse Pendrin in chloride and bicarbonate buffer in inward state
要素
  • 複合体: mouse Pendrin in chloride and bicarbonate buffer in inward state
    • タンパク質・ペプチド: Pendrin

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超分子 #1: mouse Pendrin in chloride and bicarbonate buffer in inward state

超分子名称: mouse Pendrin in chloride and bicarbonate buffer in inward state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Pendrin

分子名称: Pendrin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 85.769578 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAARGGRSEP PQLAEYSCSY TVSRPVYSEL AFQQQRERRL PERRTLRDSL ARSCSCSRKR AFGVVKTLLP ILDWLPKYRV KEWLLSDII SGVSTGLVGT LQGMAYALLA AVPVQFGLYS AFFPILTYFV FGTSRHISVG PFPVVSLMVG SVVLSMAPDD H FLVPSGNG ...文字列:
MAARGGRSEP PQLAEYSCSY TVSRPVYSEL AFQQQRERRL PERRTLRDSL ARSCSCSRKR AFGVVKTLLP ILDWLPKYRV KEWLLSDII SGVSTGLVGT LQGMAYALLA AVPVQFGLYS AFFPILTYFV FGTSRHISVG PFPVVSLMVG SVVLSMAPDD H FLVPSGNG SALNSTTLDT GTRDAARVLL ASTLTLLVGI IQLVFGGLQI GFIVRYLADP LVGGFTTAAA FQVLVSQLKI VL NVSTKNY NGILSIIYTL IEIFQNIGDT NIADFIAGLL TIIVCMAVKE LNDRFKHRIP VPIPIEVIVT IIATAISYGA NLE KNYNAG IVKSIPSGFL PPVLPSVGLF SDMLAASFSI AVVAYAIAVS VGKVYATKHD YVIDGNQEFI AFGISNVFSG FFSC FVATT ALSRTAVQES TGGKTQVAGL ISAVIVMVAI VALGRLLEPL QKSVLAAVVI ANLKGMFMQV CDVPRLWKQN KTDAV IWVF TCIMSIILGL DLGLLAGLLF ALLTVVLRVQ FPSWNGLGSV PSTDIYKSIT HYKNLEEPEG VKILRFSSPI FYGNVD GFK KCINSTVGFD AIRVYNKRLK ALRRIQKLIK KGQLRATKNG IISDIGSSNN AFEPDEDVEE PEELNIPTKE IEIQVDW NS ELPVKVNVPK VPIHSLVLDC GAVSFLDVVG VRSLRMIVKE FQRIDVNVYF ALLQDDVLEK MEQCGFFDDN IRKDRFFL T VHDAILHLQN QVKSREGQDS LLETVARIRD CKDPLDLMEA EMNAEELDVQ DEAMRRLAS

UniProtKB: Pendrin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 68679

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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