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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3215
タイトルSub-tomogram averaging of electron cryo-microscopic data taken from focused-ion beam milled lamellae of nuclei of Pseudorabies virus (PrV) nuclear egress complex-expressing cells
マップデータSub-tomogram average of nuclear egress complex from vesicles observed inside nuclei of cells co-expressing PrV UL31 and UL34 by focus-ion beam milling and electron cryo-tomography.
試料
  • 試料: porcine epithelial-like embryonic EFN-R kidney cells stably co-expressing PrV UL31 and UL34, the latter fused with GFP (cell line designated as BK/EF/UL31/34gfp catalogue No. RIE 1083 of the Collection of Cell Lines in Veterinary Medicine at the FLI, Greifswald-Insel Riems, Germany)
  • 細胞器官・細胞要素: Nuclear envelope核膜
キーワードalphaherpesvirinae (アルファヘルペスウイルス亜科) / herpesvirus simplex / HSV-1 (単純ヘルペスウイルス) / pseudorabies virus (オーエスキー病) / PrV / nuclear egress complex / nuclear envelope (核膜) / nucleoplasmic reticulum / inner nuclear membrane (核膜) / UL31 / UL34 / vesicle transport (小胞) / nucleo-cytoplasmic transport / nanovesicles / cryoEM (低温電子顕微鏡法) / cryoET / electron cryo-microscopy (低温電子顕微鏡法) / electron cryo-tomography / cryoFIB / focused ion beam milling / FIB-SEM
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 35.0 Å
データ登録者Hagen C / Siebert CA / Dent KC / Vasishtan D / Zeev Ben Mordehai T / Grange M / Klupp BG / Mettenleiter T / Gruenewald K
引用
ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Structural Basis of Vesicle Formation at the Inner Nuclear Membrane.
著者: Christoph Hagen / Kyle C Dent / Tzviya Zeev-Ben-Mordehai / Michael Grange / Jens B Bosse / Cathy Whittle / Barbara G Klupp / C Alistair Siebert / Daven Vasishtan / Felix J B Bäuerlein / ...著者: Christoph Hagen / Kyle C Dent / Tzviya Zeev-Ben-Mordehai / Michael Grange / Jens B Bosse / Cathy Whittle / Barbara G Klupp / C Alistair Siebert / Daven Vasishtan / Felix J B Bäuerlein / Juliana Cheleski / Stephan Werner / Peter Guttmann / Stefan Rehbein / Katja Henzler / Justin Demmerle / Barbara Adler / Ulrich Koszinowski / Lothar Schermelleh / Gerd Schneider / Lynn W Enquist / Jürgen M Plitzko / Thomas C Mettenleiter / Kay Grünewald /
要旨: Vesicular nucleo-cytoplasmic transport is becoming recognized as a general cellular mechanism for translocation of large cargoes across the nuclear envelope. Cargo is recruited, enveloped at the ...Vesicular nucleo-cytoplasmic transport is becoming recognized as a general cellular mechanism for translocation of large cargoes across the nuclear envelope. Cargo is recruited, enveloped at the inner nuclear membrane (INM), and delivered by membrane fusion at the outer nuclear membrane. To understand the structural underpinning for this trafficking, we investigated nuclear egress of progeny herpesvirus capsids where capsid envelopment is mediated by two viral proteins, forming the nuclear egress complex (NEC). Using a multi-modal imaging approach, we visualized the NEC in situ forming coated vesicles of defined size. Cellular electron cryo-tomography revealed a protein layer showing two distinct hexagonal lattices at its membrane-proximal and membrane-distant faces, respectively. NEC coat architecture was determined by combining this information with integrative modeling using small-angle X-ray scattering data. The molecular arrangement of the NEC establishes the basic mechanism for budding and scission of tailored vesicles at the INM.
#1: ジャーナル: Cell Reports / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the herpesvirus nuclear egress complex provides insights into inner nuclear membrane remodelling
著者: Zeev-Ben-Mordehai T / Weberruss M / Lorenz M / Cheleski J / Hellberg T / Whittle C / El Omari K / Vasishtan D / Dent KC Harlos K / Franzke K / Hagen C / Klupp B / Antonin W / Mettenleiter TC / Gruenewald K
履歴
登録2015年10月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年12月23日-
マップ公開2015年12月23日-
更新2015年12月23日-
現状2015年12月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.25
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3215.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3215.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sub-tomogram average of nuclear egress complex from vesicles observed inside nuclei of cells co-expressing PrV UL31 and UL34 by focus-ion beam milling and electron cryo-tomography.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 11.4 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.25 / ムービー #1: 1.25
最小 - 最大-4.83183336 - 6.67973518
平均 (標準偏差)0.11689624 (±1.27687883)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin0-630
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 729.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z11.411.411.4
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z729.600729.600729.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-6300
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-4.8326.6800.117

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : porcine epithelial-like embryonic EFN-R kidney cells stably co-ex...

全体名称: porcine epithelial-like embryonic EFN-R kidney cells stably co-expressing PrV UL31 and UL34, the latter fused with GFP (cell line designated as BK/EF/UL31/34gfp catalogue No. RIE 1083 of the ...名称: porcine epithelial-like embryonic EFN-R kidney cells stably co-expressing PrV UL31 and UL34, the latter fused with GFP (cell line designated as BK/EF/UL31/34gfp catalogue No. RIE 1083 of the Collection of Cell Lines in Veterinary Medicine at the FLI, Greifswald-Insel Riems, Germany)
要素
  • 試料: porcine epithelial-like embryonic EFN-R kidney cells stably co-expressing PrV UL31 and UL34, the latter fused with GFP (cell line designated as BK/EF/UL31/34gfp catalogue No. RIE 1083 of the Collection of Cell Lines in Veterinary Medicine at the FLI, Greifswald-Insel Riems, Germany)
  • 細胞器官・細胞要素: Nuclear envelope核膜

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超分子 #1000: porcine epithelial-like embryonic EFN-R kidney cells stably co-ex...

超分子名称: porcine epithelial-like embryonic EFN-R kidney cells stably co-expressing PrV UL31 and UL34, the latter fused with GFP (cell line designated as BK/EF/UL31/34gfp catalogue No. RIE 1083 of the ...名称: porcine epithelial-like embryonic EFN-R kidney cells stably co-expressing PrV UL31 and UL34, the latter fused with GFP (cell line designated as BK/EF/UL31/34gfp catalogue No. RIE 1083 of the Collection of Cell Lines in Veterinary Medicine at the FLI, Greifswald-Insel Riems, Germany)
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: cellular
集合状態: coat of ~500 hexamers of pUL31/pUL34 heterodimers per vesicle
Number unique components: 2

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超分子 #1: Nuclear envelope

超分子名称: Nuclear envelope / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: Inner and outer nuclear membranes
詳細: two proteins (pUL31 and pUL34) of pseudorabies virus (PrV) are co-expressed in the cells forming there the herpesviral nuclear egress complex lining as a coat perinuclear vesicles
集合状態: heterodimer / 組換発現: No
Ref INTERPROdivclassse qspanoncli ckpopupspa nclassgree n(this)spandata popltspanc lassquotlo adingbarqu otgtltimgs rcquotimgl oadinggifq uotdecodin gquotasync quotgtltsp angtdataur lajaxphp?m odetaxoamp ...
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由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 別称: Pig / 組織: Kidney / 細胞: Epithelial-like embryonic / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nuclear mebranes
分子量実験値: 60 KDa / 理論値: 60 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: no staining
グリッド詳細: glow discharged standard 3.05 mm electron microscopy 200 mesh gold grids covered with a perforated carbon foil (R2/1; Quantifoil Micro Tools GmbH, Jena, Germany); focused-ion beam milled lamella
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
Timed resolved state: two days of incubation (37 degree C, 5 % CO2) in plastic microscope slide growth chambers (mue-slide 2x9 well; Ibidi GmbH) before cryo-immobilization
手法: blotted manually with a bent strip of Whatman No. 1 filter paper from the non-coated grid side for 2 to 3 s immediately before vitrification by the gravity-driven plunging apparatus in a ...手法: blotted manually with a bent strip of Whatman No. 1 filter paper from the non-coated grid side for 2 to 3 s immediately before vitrification by the gravity-driven plunging apparatus in a ethane/propane mixture cooled by liquid nitrogen

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 52650 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -6.0 µm / 倍率（公称値）: 22500
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan GIF 2
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -50 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 52 °
詳細2048 x 2048
日付2013年4月26日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN MULTISCAN / 実像数: 35 / 平均電子線量: 114 e/Å2
詳細: electron cryo-tomographic tilt series with 3 degree spacing
ビット/ピクセル: 32
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 35.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用したサブトモグラム数: 300
詳細'Particle' positions and orientations were initially approximated by modelling intraluminal vesicles as a set of points distributed over a sphere. After orienting particles to align their primary axes (defined as normal to the vesicle membrane) to the Y-axis, iterative 3D orientation search and translational alignment was carried out using PEET according to standard methods. Particles from each vesicle were aligned and average independently. For further information please refer to the primary citation.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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