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- EMDB-3194: Helical reconstruction of amphiphysin N-BAR with a membrane tube ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3194
タイトルHelical reconstruction of amphiphysin N-BAR with a membrane tube radius of 131 Angstrom by cryo-electron microscopy
マップデータReconstruction of amphiphysin N-BAR with a radius of 131 Angstrom
試料
  • 試料: Amphiphysin N-BAR with a membrane tube radius of 131 Angstrom
  • タンパク質・ペプチド: Amphiphysin N-BAR
キーワードamphiphysin / N-BAR (Xバー理論) / amphiphysin/BIN1 / BIN1
機能・相同性
機能・相同性情報


rhabdomere membrane biogenesis / 細胞小器官 / rhabdomere development / Clathrin-mediated endocytosis / Neutrophil degranulation / regulation of muscle contraction / エキソサイトーシス / 分裂溝 / phospholipid binding / protein localization ...rhabdomere membrane biogenesis / 細胞小器官 / rhabdomere development / Clathrin-mediated endocytosis / Neutrophil degranulation / regulation of muscle contraction / エキソサイトーシス / 分裂溝 / phospholipid binding / protein localization / シナプス / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Amphiphysin / Amphiphysin / BAR domain / BAR domain profile. / BAR / BAR domain / AH/BAR domain superfamily / SH3ドメイン / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily ...Amphiphysin / Amphiphysin / BAR domain / BAR domain profile. / BAR / BAR domain / AH/BAR domain superfamily / SH3ドメイン / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.9 Å
データ登録者Adam J / Basnet N / Mizuno N
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Structural insights into the cooperative remodeling of membranes by amphiphysin/BIN1.
著者: Julia Adam / Nirakar Basnet / Naoko Mizuno /
要旨: Amphiphysin2/BIN1 is a crescent-shaped N-BAR protein playing a key role in forming deeply invaginated tubes in muscle T-tubules. Amphiphysin2/BIN1 structurally stabilizes tubular formations in ...Amphiphysin2/BIN1 is a crescent-shaped N-BAR protein playing a key role in forming deeply invaginated tubes in muscle T-tubules. Amphiphysin2/BIN1 structurally stabilizes tubular formations in contrast to other N-BAR proteins involved in dynamic membrane scission processes; however, the molecular mechanism of the stabilizing effect is poorly understood. Using cryo-EM, we investigated the assembly of the amphiphysin/BIN1 on a membrane tube. We found that the N-BAR domains self-assemble on the membrane surface in a highly cooperative manner. Our biochemical assays and 3D reconstructions indicate that the N-terminal amphipathic helix H0 plays an important role in the initiation of the tube assembly and further in organizing BAR-mediated polymerization by locking adjacent N-BAR domains. Mutants that lack H0 or the tip portion, which is also involved in interactions of the neighboring BAR unit, lead to a disruption of the polymer organization, even though tubulation can still be observed. The regulatory region of amphiphysin/BIN1 including an SH3 domain does not have any apparent involvement in the polymer lattice. Our study indicates that the H0 helix and the BAR tip are necessary for efficient and organized self-assembly of amphiphysin/N-BAR.
履歴
登録2015年10月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年10月28日-
マップ公開2015年10月28日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.000642
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.000642
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

3194_emdb135...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3194.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of amphiphysin N-BAR with a radius of 131 Angstrom
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.000642 / ムービー #1: 0.000642
最小 - 最大-0.00232225 - 0.00542195
平均 (標準偏差)0.00000324 (±0.0006241)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 546.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.821.821.82
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z546.000546.000546.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0020.0050.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Amphiphysin N-BAR with a membrane tube radius of 131 Angstrom

全体名称: Amphiphysin N-BAR with a membrane tube radius of 131 Angstrom
要素
  • 試料: Amphiphysin N-BAR with a membrane tube radius of 131 Angstrom
  • タンパク質・ペプチド: Amphiphysin N-BAR

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超分子 #1000: Amphiphysin N-BAR with a membrane tube radius of 131 Angstrom

超分子名称: Amphiphysin N-BAR with a membrane tube radius of 131 Angstrom
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: polymer / Number unique components: 1

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分子 #1: Amphiphysin N-BAR

分子名称: Amphiphysin N-BAR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Amph N-BAR / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: Fruit Fly / 細胞中の位置: T-Tubules
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換株: Gold / 組換プラスミド: pEC
配列UniProtKB: Amphiphysin / InterPro: Amphiphysin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Hepes, 500 mM NaCl, 1 mM EDTA, 1 mM DTT
グリッド詳細: Quantifoil R 2/1, Cu, 300 mesh grids
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: 10 s of manual blotting before plunging
詳細20 uM of Amph N-BAR protein was incubated with 720 uM liposomes at RT.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 62000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF 200
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
日付2014年8月19日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 271 / 平均電子線量: 30 e/Å2
詳細: every image is average of 30 frames recorded by the direct electron detector
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Phases of individual images are flipped
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 3.84 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 56.01 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.9 Å / 解像度の算出法: OTHER
ソフトウェア - 名称: BSOFT, EMAN2, Relion, SPIDER, IHRSR
詳細: For the reconstruction 692 segmented particles were used. The particles were 2D classified by Relion and for the reconstruction the helical symmetry was applied using IHRSR.
詳細Helix handedness is not confirmed by sub-tomogram averaging. Used programs: BSOFT software package, particle picking by EMAN2 with e2helixboxer, 2D classification by Relion, 3D helical reconstruction by IHRSR implemented into SPIDER.

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1uru

ソフトウェア名称: Chimera
詳細The amphiphysin N-BAR dimer was fitted by manual docking using Chimera.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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