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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3139 | |||||||||
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タイトル | Electron cryo-microscopy of PrgJ/NAIP2/full-length NLRC4 inflammasome with pseudo c12 symmetry | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of PrgJ/NAIP2/full-length NLRC4 inflammasome with pseudo c12 symmetry | |||||||||
試料 |
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キーワード | inflammasome (インフラマソーム) / NLRC4 / NAIP | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) / Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Hu ZH / Zhou Q / Zhang CL / Fan SL / Cheng W / Zhao Y / Shao F / Wang HW / Sui SF / Chai JJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2015 タイトル: Structural and biochemical basis for induced self-propagation of NLRC4. 著者: Zehan Hu / Qiang Zhou / Chenlu Zhang / Shilong Fan / Wei Cheng / Yue Zhao / Feng Shao / Hong-Wei Wang / Sen-Fang Sui / Jijie Chai / 要旨: Responding to stimuli, nucleotide-binding domain and leucine-rich repeat-containing proteins (NLRs) oligomerize into multiprotein complexes, termed inflammasomes, mediating innate immunity. ...Responding to stimuli, nucleotide-binding domain and leucine-rich repeat-containing proteins (NLRs) oligomerize into multiprotein complexes, termed inflammasomes, mediating innate immunity. Recognition of bacterial pathogens by NLR apoptosis inhibitory proteins (NAIPs) induces NLR family CARD domain-containing protein 4 (NLRC4) activation and formation of NAIP-NLRC4 inflammasomes. The wheel-like structure of a PrgJ-NAIP2-NLRC4 complex determined by cryogenic electron microscopy at 6.6 angstrom reveals that NLRC4 activation involves substantial structural reorganization that creates one oligomerization surface (catalytic surface). Once activated, NLRC4 uses this surface to catalyze the activation of an inactive NLRC4, self-propagating its active conformation to form the wheel-like architecture. NAIP proteins possess a catalytic surface matching the other oligomerization surface (receptor surface) of NLRC4 but not those of their own, ensuring that one NAIP is sufficient to initiate NLRC4 oligomerization. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3139.map.gz | 14.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3139-v30.xml emd-3139.xml | 11.4 KB 11.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3139_fsc.xml | 5.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3139.png | 364.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3139 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3139 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3139.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of PrgJ/NAIP2/full-length NLRC4 inflammasome with pseudo c12 symmetry | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.64 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : PrgJ/NAIP2/full-length NLRC4 inflammasome
全体 | 名称: PrgJ/NAIP2/full-length NLRC4 inflammasome |
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要素 |
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-超分子 #1000: PrgJ/NAIP2/full-length NLRC4 inflammasome
超分子 | 名称: PrgJ/NAIP2/full-length NLRC4 inflammasome / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: pseudo c12 symmetry / Number unique components: 3 |
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分子量 | 実験値: 1.2 MDa / 理論値: 1.2 MDa |
-分子 #1: NLRC4
分子 | 名称: NLRC4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: IPAF / コピー数: 11 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: mouse |
分子量 | 実験値: 100 KDa / 理論値: 100 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組換細胞: sf21 / 組換プラスミド: pFastBac 1 |
-分子 #2: PrgJ
分子 | 名称: PrgJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組換細胞: sf21 / 組換プラスミド: pFastBac 1 |
-分子 #3: NAIP2
分子 | 名称: NAIP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: House mouse |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組換細胞: sf21 / 組換プラスミド: pFastBac 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 10 mM Tris-HCl pH 8.0, 100 mM NaCl and 10 mM DTT |
グリッド | 詳細: 200 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 110 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 1 second |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 37879 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 22,500 times magnification |
日付 | 2014年10月24日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 300 / 平均電子線量: 46 e/Å2 詳細: Every image is the average of 32 frames recorded by the direct electron detector |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each micrograph |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C12 (12回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.1 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, RELION1.3 / 使用した粒子像数: 1278 |
FSC曲線 (解像度の算出) |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |