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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3133 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structures of the 50S ribosome subunit bound with HflX | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structures of the 50S ribosome subunit bound with HflX | |||||||||
試料 |
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キーワード | Ribosome rescue | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ribosomal large subunit binding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / rescue of stalled ribosome ...ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ribosomal large subunit binding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / rescue of stalled ribosome / translational termination / DnaA-L2 complex / negative regulation of translational initiation / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / response to reactive oxygen species / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / response to heat / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / GTPase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang Y / Mandava CS / Cao W / Li X / Zhang D / Li N / Zhang X / Qin Y / Mi K / Lei J ...Zhang Y / Mandava CS / Cao W / Li X / Zhang D / Li N / Zhang X / Qin Y / Mi K / Lei J / Sanyal S / Gao N | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015 タイトル: HflX is a ribosome-splitting factor rescuing stalled ribosomes under stress conditions. 著者: Yanqing Zhang / Chandra Sekhar Mandava / Wei Cao / Xiaojing Li / Dejiu Zhang / Ningning Li / Yixiao Zhang / Xiaoxiao Zhang / Yan Qin / Kaixia Mi / Jianlin Lei / Suparna Sanyal / Ning Gao / 要旨: Adverse cellular conditions often lead to nonproductive translational stalling and arrest of ribosomes on mRNAs. Here, we used fast kinetics and cryo-EM to characterize Escherichia coli HflX, a ...Adverse cellular conditions often lead to nonproductive translational stalling and arrest of ribosomes on mRNAs. Here, we used fast kinetics and cryo-EM to characterize Escherichia coli HflX, a GTPase with unknown function. Our data reveal that HflX is a heat shock-induced ribosome-splitting factor capable of dissociating vacant as well as mRNA-associated ribosomes with deacylated tRNA in the peptidyl site. Structural data demonstrate that the N-terminal effector domain of HflX binds to the peptidyl transferase center in a strikingly similar manner as that of the class I release factors and induces dramatic conformational changes in central intersubunit bridges, thus promoting subunit dissociation. Accordingly, loss of HflX results in an increase in stalled ribosomes upon heat shock. These results suggest a primary role of HflX in rescuing translationally arrested ribosomes under stress conditions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3133.map.gz | 95.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3133-v30.xml emd-3133.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3133.png | 160.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3133 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3133 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3133.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structures of the 50S ribosome subunit bound with HflX | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1659 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 50S-HflX complex
全体 | 名称: 50S-HflX complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: 50S-HflX complex
超分子 | 名称: 50S-HflX complex / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 1.5 MDa / 理論値: 1.5 MDa |
-超分子 #1: prokaryotic 50S ribosome subunit
超分子 | 名称: prokaryotic 50S ribosome subunit / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 50S subunit / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: LSU 50S |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 細胞中の位置: Cytoplasm |
分子量 | 実験値: 1.5 MDa / 理論値: 1.5 MDa |
-分子 #1: HflX
分子 | 名称: HflX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: GMPPNP was bound with HflX in the 50S-HflX complex. / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 細胞中の位置: Cytoplasm |
分子量 | 実験値: 50 KDa / 理論値: 50 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換プラスミド: pET28a |
配列 | UniProtKB: GTPase HflX |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20mM Tris-HCl, 100mM NH4Cl, 10mM MgCl2 |
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グリッド | 詳細: 200 mesh copper grid with thin carbon support, glow discharged |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 1 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.70 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
日付 | 2012年1月7日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 実像数: 6022 / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider, Relion / 使用した粒子像数: 384206 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: 3fik |
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ソフトウェア | 名称: MDFF |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | PDB-5ady: |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: MDFF |
詳細 | Atomic model of E. coli HflX was modeled from the crystal structure of Sulfolobus solfataricus HflX (PDB id: 3KXI).The homology modeling was performed with MODELLER. The model of the CTD of E. coli HflX was independently modeled by I-TASSER (template PDB code: 2WBM, residues 164-232). The switch I region disordered in the crystal structure of S. solfataricus HflX was modeled using the crystal structure of S. thermophilus NFeoB (PDB id: 3B1X) as a template. GMPPNP was derived from a previous model (PDB id: 3B1X) and docked into the atomic model of the E. coli HflX. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | PDB-5ady: |