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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3116 | |||||||||
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タイトル | A Spiral Scaffold Underlies Cytoadherent Knobs in Plasmodium falciparum-Infected Erythrocytes | |||||||||
マップデータ | Cryo-tomogram of detergent-extracted cytoskeleton of P. falciparum-infected erythrocyte, schiztont stage, showing knob skeletons. Map has been NAD and high-pass filtered to remove background gradient. | |||||||||
試料 |
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キーワード | malaria (マラリア) / Plasmodium (マラリア原虫) / knobs / cytoadherence / KAHRP / erythrocyte (赤血球) / skeleton (骨格) / schizont / blood (血液) | |||||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Watermeyer JM / Hale VL / Hackett F / Clare DK / Cutts EE / Vakonakis I / Fleck RA / Blackman MJ / Saibil HR | |||||||||
引用 | ジャーナル: Blood / 年: 2016 タイトル: A spiral scaffold underlies cytoadherent knobs in Plasmodium falciparum-infected erythrocytes. 著者: Jean M Watermeyer / Victoria L Hale / Fiona Hackett / Daniel K Clare / Erin E Cutts / Ioannis Vakonakis / Roland A Fleck / Michael J Blackman / Helen R Saibil / 要旨: Much of the virulence of Plasmodium falciparum malaria is caused by cytoadherence of infected erythrocytes, which promotes parasite survival by preventing clearance in the spleen. Adherence is ...Much of the virulence of Plasmodium falciparum malaria is caused by cytoadherence of infected erythrocytes, which promotes parasite survival by preventing clearance in the spleen. Adherence is mediated by membrane protrusions known as knobs, whose formation depends on the parasite-derived, knob-associated histidine-rich protein (KAHRP). Knobs are required for cytoadherence under flow conditions, and they contain both KAHRP and the parasite-derived erythrocyte membrane protein PfEMP1. Using electron tomography, we have examined the 3-dimensional structure of knobs in detergent-insoluble skeletons of P falciparum 3D7 schizonts. We describe a highly organized knob skeleton composed of a spiral structure coated by an electron-dense layer underlying the knob membrane. This knob skeleton is connected by multiple links to the erythrocyte cytoskeleton. We used immuno-electron microscopy (EM) to locate KAHRP in these structures. The arrangement of membrane proteins in the knobs, visualized by high-resolution freeze-fracture scanning EM, is distinct from that in the surrounding erythrocyte membrane, with a structure at the apex that likely represents the adhesion site. Thus, erythrocyte knobs in P falciparum infection contain a highly organized skeleton structure underlying a specialized region of membrane. We propose that the spiral and dense coat organize the cytoadherence structures in the knob, and anchor them into the erythrocyte cytoskeleton. The high density of knobs and their extensive mechanical linkage suggest an explanation for the rigidification of the cytoskeleton in infected cells, and for the transmission to the cytoskeleton of shear forces experienced by adhering cells. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3116.map.gz | 319.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3116-v30.xml emd-3116.xml | 9.6 KB 9.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-3116.tif | 348.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3116 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3116 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3116.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 770 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-tomogram of detergent-extracted cytoskeleton of P. falciparum-infected erythrocyte, schiztont stage, showing knob skeletons. Map has been NAD and high-pass filtered to remove background gradient. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 10.78 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Detergent-resistant skeleton of P. falciparum schizont
全体 | 名称: Detergent-resistant skeleton of P. falciparum schizont |
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要素 |
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-超分子 #1000: Detergent-resistant skeleton of P. falciparum schizont
超分子 | 名称: Detergent-resistant skeleton of P. falciparum schizont タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Cytoskeleton with knobs
超分子 | 名称: Cytoskeleton with knobs / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 詳細: Mature schizonts were lysed and detergent-extracted on EM grids, then plunge-frozen. 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) / 株: 3D7 / 別称: malaria parasite / 細胞: schizont / 細胞中の位置: erythrocyte cytoskeleton |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | 詳細: 300 mesh copper grid with lacy carbon support and thin carbon overlay |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 8.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 8.0 µm |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Gatan Quantum |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt series - Axis1 - Min angle: -69 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 53 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 2 ° |
詳細 | counting mode |
日付 | 2014年8月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 平均電子線量: 53 e/Å2 詳細: Images were the average of 6 subframes recorded by the direct electron detector |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: each image |
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最終 再構成 | ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 62 |