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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30314 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF PHOTOSYNTHETIC LH1-RC SUPER-COMPLEX OF THIORHODOVIBRIO STRAIN 970 | |||||||||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / electron transfer activity / membrane => GO:0016020 / iron ion binding ...: / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / electron transfer activity / membrane => GO:0016020 / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Thiorhodovibrio sp. 970 (紅色硫黄細菌) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.82 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Tani K / Kanno R / Makino Y / Hall M / Takenouchi M / Imanishi M / Yu L-J / Overmann J / Madigan MT / Kimura Y ...Tani K / Kanno R / Makino Y / Hall M / Takenouchi M / Imanishi M / Yu L-J / Overmann J / Madigan MT / Kimura Y / Mizoguchi A / Humbel BM / Wang-Otomo Z-Y | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 6件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structure of a Ca-bound photosynthetic LH1-RC complex containing multiple αβ-polypeptides. 著者: Kazutoshi Tani / Ryo Kanno / Yuki Makino / Malgorzata Hall / Mizuki Takenouchi / Michie Imanishi / Long-Jiang Yu / Jörg Overmann / Michael T Madigan / Yukihiro Kimura / Akira Mizoguchi / ...著者: Kazutoshi Tani / Ryo Kanno / Yuki Makino / Malgorzata Hall / Mizuki Takenouchi / Michie Imanishi / Long-Jiang Yu / Jörg Overmann / Michael T Madigan / Yukihiro Kimura / Akira Mizoguchi / Bruno M Humbel / Zheng-Yu Wang-Otomo / 要旨: The light-harvesting-reaction center complex (LH1-RC) from the purple phototrophic bacterium Thiorhodovibrio strain 970 exhibits an LH1 absorption maximum at 960 nm, the most red-shifted absorption ...The light-harvesting-reaction center complex (LH1-RC) from the purple phototrophic bacterium Thiorhodovibrio strain 970 exhibits an LH1 absorption maximum at 960 nm, the most red-shifted absorption for any bacteriochlorophyll (BChl) a-containing species. Here we present a cryo-EM structure of the strain 970 LH1-RC complex at 2.82 Å resolution. The LH1 forms a closed ring structure composed of sixteen pairs of the αβ-polypeptides. Sixteen Ca ions are present in the LH1 C-terminal domain and are coordinated by residues from the αβ-polypeptides that are hydrogen-bonded to BChl a. The Ca-facilitated hydrogen-bonding network forms the structural basis of the unusual LH1 redshift. The structure also revealed the arrangement of multiple forms of α- and β-polypeptides in an individual LH1 ring. Such organization indicates a mechanism of interplay between the expression and assembly of the LH1 complex that is regulated through interactions with the RC subunits inside. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30314.map.gz | 229.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30314-v30.xml emd-30314.xml | 27.4 KB 27.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_30314_fsc.xml | 14 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_30314.png | 192.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30314 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30314 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30314.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : light-harvesting-reaction center complex from the purple phototro...
+超分子 #1: light-harvesting-reaction center complex from the purple phototro...
+分子 #1: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
+分子 #2: L subunit of the reaction center
+分子 #3: Reaction center protein M chain
+分子 #4: Photosynthetic reaction center, subunit H, bacterial
+分子 #5: Alpha subunit 1 of light-harvesting 1 complex
+分子 #6: Antenna complex alpha/beta subunit
+分子 #7: Antenna complex alpha/beta subunit
+分子 #8: Antenna complex alpha/beta subunit
+分子 #9: LHC domain-containing protein
+分子 #10: Alpha subunit 2 of light-harvesting 1 complex
+分子 #11: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
+分子 #12: MAGNESIUM ION
+分子 #13: CALCIUM ION
+分子 #14: DIACYL GLYCEROL
+分子 #15: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...
+分子 #16: BACTERIOCHLOROPHYLL A
+分子 #17: BACTERIOPHEOPHYTIN A
+分子 #18: Ubiquinone-8
+分子 #19: Octadecane
+分子 #20: FE (III) ION
+分子 #21: MENAQUINONE 8
+分子 #22: CARDIOLIPIN
+分子 #23: (6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},24~...
+分子 #24: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP |
詳細 | This sample was monodisperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 30.6 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |