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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3022 | |||||||||
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タイトル | Structure of the type IV pilus machinery from Thermus thermophilus in the closed state | |||||||||
マップデータ | Subtomogram average (from unfiltered tomograms) of the Thermus thermophilus type IV pilus machinery in the closed state. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Electron cryo-tomography / subtomogram averaging / type IV pilus / DNA transporter / bacterial secretion / T. thermophilus | |||||||||
生物種 | Thermus thermophilus HB27 (バクテリア) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 35.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Gold VAM / Salzer R / Averhoff B / Kuehlbrandt W | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2015 タイトル: Structure of a type IV pilus machinery in the open and closed state. 著者: Vicki A M Gold / Ralf Salzer / Beate Averhoff / Werner Kühlbrandt / 要旨: Proteins of the secretin family form large macromolecular complexes, which assemble in the outer membrane of Gram-negative bacteria. Secretins are major components of type II and III secretion ...Proteins of the secretin family form large macromolecular complexes, which assemble in the outer membrane of Gram-negative bacteria. Secretins are major components of type II and III secretion systems and are linked to extrusion of type IV pili (T4P) and to DNA uptake. By electron cryo-tomography of whole Thermus thermophilus cells, we determined the in situ structure of a T4P molecular machine in the open and the closed state. Comparison reveals a major conformational change whereby the N-terminal domains of the central secretin PilQ shift by ~30 Å, and two periplasmic gates open to make way for pilus extrusion. Furthermore, we determine the structure of the assembled pilus. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3022.map.gz | 1.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3022-v30.xml emd-3022.xml | 9.2 KB 9.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3022.tif | 755.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3022 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3022 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3022_validation.pdf.gz | 201.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3022_full_validation.pdf.gz | 200.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3022_validation.xml.gz | 4.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3022 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3022 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3022.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Subtomogram average (from unfiltered tomograms) of the Thermus thermophilus type IV pilus machinery in the closed state. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 8.417 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Type IV pilus machinery in the closed state (unfiltered)
全体 | 名称: Type IV pilus machinery in the closed state (unfiltered) |
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要素 |
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-超分子 #1000: Type IV pilus machinery in the closed state (unfiltered)
超分子 | 名称: Type IV pilus machinery in the closed state (unfiltered) タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: The type IV pilus machinery is a hetero-oligomer, formed of at least 10 different proteins Number unique components: 1 |
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-分子 #1: Type IV pilus machinery
分子 | 名称: Type IV pilus machinery / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus HB27 (バクテリア) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Tris, 100 mM EDTA |
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グリッド | 詳細: 300 mesh copper grid with quantifoil support film (R2/2), glow discharged |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 20 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER 手法: Cell solutions were mixed 1:1 (v/v) with 10 nm ProteinA-gold particles. 3 microlitres of sample were applied to grids and blotted on one side for ~5s before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected on the K2 camera at magnification used for imaging |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
日付 | 2014年9月27日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 平均電子線量: 140 e/Å2 詳細: Each image in every tilt series is a drift corrected sum of 3-5 frames |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 11640 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 7.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 倍率(公称値): 33000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Nitrogen cooled 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | C12 symmetry was applied to the masked central PilQ core by rotation of each subvolume by 30 degrees (360 degrees/12) prior to alignment search. |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C12 (12回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 35.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, (ETOMO, &, PEET), Spider 詳細: Resolution estimate was calculated using a mask to exclude the membrane and peptidoglycan 使用したサブトモグラム数: 3984 |