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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29950 | |||||||||
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タイトル | SARS-Cov2 S protein structure in complex with neutralizing monoclonal antibody 002-S21B10 | |||||||||
マップデータ | Composite map of antibody 002-S21B10 bound to SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer. | |||||||||
試料 |
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キーワード | antibody (抗体) / spike / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / viral protein-immune system complex (ウイルス性) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Patel A / Ortlund EA | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Elucidating the mechanism of SARS-CoV-2 Omicron variant escape from a RBD class-3 human antibody 著者: Patel A / Kumar S / Lai L / Chakravarthy C / Valanparambil R / Keen M / Laughlin ZT / Frank F / Cheedarla N / Verkerke HP / Neish AS / Roback JD / Davis CW / Wrammert J / Ahmed R / Suthar MS ...著者: Patel A / Kumar S / Lai L / Chakravarthy C / Valanparambil R / Keen M / Laughlin ZT / Frank F / Cheedarla N / Verkerke HP / Neish AS / Roback JD / Davis CW / Wrammert J / Ahmed R / Suthar MS / Murali-Krishna K / Chandele A / Ortlund EA | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29950.map.gz | 255.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29950-v30.xml emd-29950.xml | 19 KB 19 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_29950.png | 117.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-29950.cif.gz | 7.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29950 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29950 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8gdrMC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29950.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Composite map of antibody 002-S21B10 bound to SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0582 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Antibody 002-S21B10 bound to spike glycoprotein trimer
全体 | 名称: Antibody 002-S21B10 bound to spike glycoprotein trimer |
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要素 |
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-超分子 #1: Antibody 002-S21B10 bound to spike glycoprotein trimer
超分子 | 名称: Antibody 002-S21B10 bound to spike glycoprotein trimer タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#3 |
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-超分子 #2: Antibody 002-S21B10
超分子 | 名称: Antibody 002-S21B10 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: Spike glycoprotein trimer
超分子 | 名称: Spike glycoprotein trimer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
分子量 | 理論値: 128.766031 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GTQCVNLTTR TQLPPAYTNS FTRGVYYPDK VFRSSVLHST QDLFLPFFSN VTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASTEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNDPF L GVYYHKNN ...文字列: MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GTQCVNLTTR TQLPPAYTNS FTRGVYYPDK VFRSSVLHST QDLFLPFFSN VTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASTEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNDPF L GVYYHKNN KSWMESEFRV YSSANNCTFE YVSQPFLMDL EGKQGNFKNL REFVFKNIDG YFKIYSKHTP INLVRDLPQG FS ALEPLVD LPIGINITRF QTLLALHRSY LTPGDSSSGW TAGAAAYYVG YLQPRTFLLK YNENGTITDA VDCALDPLSE TKC TLKSFT VEKGIYQTSN FRVQPTESIV RFPNITNLCP FGEVFNATRF ASVYAWNRKR ISNCVADYSV LYNSASFSTF KCYG VSPTK LNDLCFTNVY ADSFVIRGDE VRQIAPGQTG KIADYNYKLP DDFTGCVIAW NSNNLDSKVG GNYNYLYRLF RKSNL KPFE RDISTEIYQA GSTPCNGVEG FNCYFPLQSY GFQPTNGVGY QPYRVVVLSF ELLHAPATVC GPKKSTNLVK NKCVNF NFN GLTGTGVLTE SNKKFLPFQQ FGRDIADTTD AVRDPQTLEI LDITPCSFGG VSVITPGTNT SNQVAVLYQD VNCTEVP VA IHADQLTPTW RVYSTGSNVF QTRAGCLIGA EHVNNSYECD IPIGAGICAS YQTQTNSPSG AGSVASQSII AYTMSLGA E NSVAYSNNSI AIPTNFTISV TTEILPVSMT KTSVDCTMYI CGDSTECSNL LLQYGSFCTQ LNRALTGIAV EQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGFN FSQILPDPSK PSKRSPIEDL LFNKVTLADA GFIKQYGDCL GDIAARDLIC AQKFNGLTVL PPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFGA GPALQIPFPM QMAYRFNGIG VTQNVLYENQ KLIANQFNSA IGKIQDSLSS T PSALGKLQ DVVNQNAQAL NTLVKQLSSN FGAISSVLND ILSRLDPPEA EVQIDRLITG RLQSLQTYVT QQLIRAAEIR AS ANLAATK MSECVLGQSK RVDFCGKGYH LMSFPQSAPH GVVFLHVTYV PAQEKNFTTA PAICHDGKAH FPREGVFVSN GTH WFVTQR NFYEPQIITT DNTFVSGNCD VVIGIVNNTV YDPLQPELDS FK UniProtKB: スパイクタンパク質 |
-分子 #2: Monoclonal antibody 002-S21B10 heavy chain variable domain
分子 | 名称: Monoclonal antibody 002-S21B10 heavy chain variable domain タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.113283 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QITLKESGPT LVKSTQTLTL TCTFSGFSLS TYGVGVGWIR QPPGKALEWL ALIYWDDDKR YTPSLKSRLT ITKDTSKNQV VLTMTNMDP LDTATYYCAQ HTVPTIFDYW GQGTLVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG ...文字列: QITLKESGPT LVKSTQTLTL TCTFSGFSLS TYGVGVGWIR QPPGKALEWL ALIYWDDDKR YTPSLKSRLT ITKDTSKNQV VLTMTNMDP LDTATYYCAQ HTVPTIFDYW GQGTLVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKRVE PKSCDK |
-分子 #3: Monoclonal antibody 002-S21B10 light chain variable domain
分子 | 名称: Monoclonal antibody 002-S21B10 light chain variable domain タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 22.86132 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QSALTQPASV SGSPEQSITI SCSGTSRDIG GYNYVAWYQH HPGKAPKLMI YEVSNRPSGV SNRFSGSKSG NMASLTISGL QAEDKADYY CTSYTTGSTV VFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP ...文字列: QSALTQPASV SGSPEQSITI SCSGTSRDIG GYNYVAWYQH HPGKAPKLMI YEVSNRPSGV SNRFSGSKSG NMASLTISGL QAEDKADYY CTSYTTGSTV VFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 28 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9054 / 平均電子線量: 54.37 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 1021598 |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 3次元分類 | クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 255399 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 326424 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 100.25 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-8gdr: |