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- EMDB-29932: The Extracellular Domain of Integrin AlphaIIbBeta3 in Intermediat... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29932
タイトルThe Extracellular Domain of Integrin AlphaIIbBeta3 in Intermediate State
マップデータ
試料
  • 複合体: The extracellular domain of Integrin alphaIIbBeta3 in inactive state
    • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-IIb
    • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-3Integrin beta 3
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードIntegrin (インテグリン) / CELL ADHESION (細胞接着)
機能・相同性
機能・相同性情報


tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / maintenance of postsynaptic specialization structure / regulation of extracellular matrix organization / platelet alpha granule membrane ...tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / maintenance of postsynaptic specialization structure / regulation of extracellular matrix organization / platelet alpha granule membrane / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / fibrinogen binding / glycinergic synapse / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / blood coagulation, fibrin clot formation / negative regulation of lipid transport / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / Elastic fibre formation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / cell-substrate junction assembly / mesodermal cell differentiation / angiogenesis involved in wound healing / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / platelet-derived growth factor receptor binding / filopodium membrane / extracellular matrix binding / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / regulation of bone resorption / wound healing, spreading of epidermal cells / apoptotic cell clearance / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / integrin complex / Molecules associated with elastic fibres / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / positive regulation of leukocyte migration / cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of cell-matrix adhesion / smooth muscle cell migration / microvillus membrane / Syndecan interactions / negative chemotaxis / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / cell-substrate adhesion / protein disulfide isomerase activity / positive regulation of smooth muscle cell migration / activation of protein kinase activity / positive regulation of osteoblast proliferation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / PECAM1 interactions / lamellipodium membrane / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / fibronectin binding / ECM proteoglycans / positive regulation of bone resorption / positive regulation of T cell migration / Integrin cell surface interactions / coreceptor activity / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / 着床 / positive regulation of endothelial cell proliferation / cell adhesion molecule binding / Integrin signaling / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / positive regulation of endothelial cell migration / protein kinase C binding / response to activity / Signal transduction by L1 / integrin-mediated signaling pathway / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / MAP2K and MAPK activation / wound healing / 細胞接着 / 血小板 / 凝固・線溶系 / ruffle membrane / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of angiogenesis / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / regulation of protein localization
類似検索 - 分子機能
Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily ...Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha cytoplasmic region / EGF-like domain, extracellular / EGF様ドメイン / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin beta-3 / Integrin alpha-IIb
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Huo T / Wu H / Wang Z
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL162842 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Full-length αIIbβ3 cryo-EM structure reveals intact integrin initiate-activation intrinsic architecture.
著者: Tong Huo / Hongjiang Wu / Zeinab Moussa / Mehmet Sen / Valerie Dalton / Zhao Wang /
要旨: Integrin αIIbβ3 is the key receptor regulating platelet retraction and accumulation and a proven drug-target for antithrombotic therapies. Here we resolve the cryo-EM structures of the full-length ...Integrin αIIbβ3 is the key receptor regulating platelet retraction and accumulation and a proven drug-target for antithrombotic therapies. Here we resolve the cryo-EM structures of the full-length αIIbβ3, which covers three distinct states along the activation pathway. Firstly, we obtain the αIIbβ3 structure at 3 Å resolution in the inactive state, revealing the overall topology of the heterodimer with the transmembrane (TM) helices and the ligand-binding domain tucked in a specific angle proximity to the TM region. After the addition of a Mn agonist, we resolve two coexisting structures representing two new states between inactive and active state. Our structures show conformational changes of the αIIbβ3 activating trajectory and a unique twisting of the integrin legs, which is required for platelets accumulation. Our structure provides direct structural evidence for how the lower legs are involved in full-length integrin activation mechanisms and offers a new strategy to target the αIIbβ3 lower leg.
履歴
登録2023年3月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月6日-
マップ公開2024年3月6日-
更新2024年4月17日-
現状2024年4月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29932.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29932.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.483
最小 - 最大-2.590932 - 4.2499733
平均 (標準偏差)-0.0005770166 (±0.04918115)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 342.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_29932_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_29932_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The extracellular domain of Integrin alphaIIbBeta3 in inactive state

全体名称: The extracellular domain of Integrin alphaIIbBeta3 in inactive state
要素
  • 複合体: The extracellular domain of Integrin alphaIIbBeta3 in inactive state
    • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-IIb
    • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-3Integrin beta 3
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: The extracellular domain of Integrin alphaIIbBeta3 in inactive state

超分子名称: The extracellular domain of Integrin alphaIIbBeta3 in inactive state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Integrin alpha-IIb

分子名称: Integrin alpha-IIb / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 113.467508 KDa
配列文字列: MARALCPLQA LWLLEWVLLL LGPCAAPPAW ALNLDPVQLT FYAGPNGSQF GFSLDFHKDS HGRVAIVVGA PRTLGPSQEE TGGVFLCPW RAEGGQCPSL LFDLRDETRN VGSQTLQTFK ARQGLGASVV SWSDVIVACA PWQHWNVLEK TEEAEKTPVG S CFLAQPES ...文字列:
MARALCPLQA LWLLEWVLLL LGPCAAPPAW ALNLDPVQLT FYAGPNGSQF GFSLDFHKDS HGRVAIVVGA PRTLGPSQEE TGGVFLCPW RAEGGQCPSL LFDLRDETRN VGSQTLQTFK ARQGLGASVV SWSDVIVACA PWQHWNVLEK TEEAEKTPVG S CFLAQPES GRRAEYSPCR GNTLSRIYVE NDFSWDKRYC EAGFSSVVTQ AGELVLGAPG GYYFLGLLAQ APVADIFSSY RP GILLWHV SSQSLSFDSS NPEYFDGYWG YSVAVGEFDG DLNTTEYVVG APTWSWTLGA VEILDSYYQR LHRLRGEQMA SYF GHSVAV TDVNGDGRHD LLVGAPLYME SRADRKLAEV GRVYLFLQPR GPHALGAPSL LLTGTQLYGR FGSAIAPLGD LDRD GYNDI AVAAPYGGPS GRGQVLVFLG QSEGLRSRPS QVLDSPFPTG SAFGFSLRGA VDIDDNGYPD LIVGAYGANQ VAVYR AQPV VKASVQLLVQ DSLNPAVKSC VLPQTKTPVS CFNIQMCVGA TGHNIPQKLS LNAELQLDRQ KPRQGRRVLL LGSQQA GTT LNLDLGGKHS PICHTTMAFL RDEADFRDKL SPIVLSLNVS LPPTEAGMAP AVVLHGDTHV QEQTRIVLDC GEDDVCV PQ LQLTASVTGS PLLVGADNVL ELQMDAANEG EGAYEAELAV HLPQGAHYMR ALSNVEGFER LICNQKKENE TRVVLCEL G NPMKKNAQIG IAMLVSVGNL EEAGESVSFQ LQIRSKNSQN PNSKIVLLDV PVRAEAQVEL RGNSFPASLV VAAEEGERE QNSLDSWGPK VEHTYELHNN GPGTVNGLHL SIHLPGQSQP SDLLYILDIQ PQGGLQCFPQ PPVNPLKVDW GLPIPSPSPI HPAHHKRDR RQIFLPEPEQ PSRLQDPVLV SCDSAPCTVV QCDLQEMARG QRAMVTVLAF LWLPSLYQRP LDQFVLQSHA W FNVSSLPY AVPPLSLPRG EAQVWTQLLR ACEERAIPIW WVLVGVLGGL LLLTILVLAM WKVGFFKRNR PPLEEDDEEG E

UniProtKB: Integrin alpha-IIb

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分子 #2: Integrin beta-3

分子名称: Integrin beta-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 87.156797 KDa
配列文字列: MRARPRPRPL WATVLALGAL AGVGVGGPNI CTTRGVSSCQ QCLAVSPMCA WCSDEALPLG SPRCDLKENL LKDNCAPESI EFPVSEARV LEDRPLSDKG SGDSSQVTQV SPQRIALRLR PDDSKNFSIQ VRQVEDYPVD IYYLMDLSYS MKDDLWSIQN L GTKLATQM ...文字列:
MRARPRPRPL WATVLALGAL AGVGVGGPNI CTTRGVSSCQ QCLAVSPMCA WCSDEALPLG SPRCDLKENL LKDNCAPESI EFPVSEARV LEDRPLSDKG SGDSSQVTQV SPQRIALRLR PDDSKNFSIQ VRQVEDYPVD IYYLMDLSYS MKDDLWSIQN L GTKLATQM RKLTSNLRIG FGAFVDKPVS PYMYISPPEA LENPCYDMKT TCLPMFGYKH VLTLTDQVTR FNEEVKKQSV SR NRDAPEG GFDAIMQATV CDEKIGWRND ASHLLVFTTD AKTHIALDGR LAGIVQPNDG QCHVGSDNHY SASTTMDYPS LGL MTEKLS QKNINLIFAV TENVVNLYQN YSELIPGTTV GVLSMDSSNV LQLIVDAYGK IRSKVELEVR DLPEELSLSF NATC LNNEV IPGLKSCMGL KIGDTVSFSI EAKVRGCPQE KEKSFTIKPV GFKDSLIVQV TFDCDCACQA QAEPNSHRCN NGNGT FECG VCRCGPGWLG SQCECSEEDY RPSQQDECSP REGQPVCSQR GECLCGQCVC HSSDFGKITG KYCECDDFSC VRYKGE MCS GHGQCSCGDC LCDSDWTGYY CNCTTRTDTC MSSNGLLCSG RGKCECGSCV CIQPGSYGDT CEKCPTCPDA CTFKKEC VE CKKFDRGALH DENTCNRYCR DEIESVKELK DTGKDAVNCT YKNEDDCVVR FQYYEDSSGK SILYVVEEPE CCKGPDIL V VLLSVMGAIL LIGLAALLIW KLLITIHDRK EFAKFEEERA RAKWDTANNP LYKEATSTFT NITYRGT

UniProtKB: Integrin beta-3

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分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 170937

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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