+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29916 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Subtomogram average of the AnaS GV shell | |||||||||
マップデータ | AnaS GV map | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Dolichospermum flos-aquae (バクテリア) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Dutka P / Metskas LA / Hurt RC / Salahshoor H / Wang TY / Malounda D / Lu GJ / Chou TF / Shapiro MG / Jensen JJ | |||||||||
資金援助 | 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2023 タイトル: Structure of Anabaena flos-aquae gas vesicles revealed by cryo-ET. 著者: Przemysław Dutka / Lauren Ann Metskas / Robert C Hurt / Hossein Salahshoor / Ting-Yu Wang / Dina Malounda / George J Lu / Tsui-Fen Chou / Mikhail G Shapiro / Grant J Jensen / 要旨: Gas vesicles (GVs) are gas-filled protein nanostructures employed by several species of bacteria and archaea as flotation devices to enable access to optimal light and nutrients. The unique physical ...Gas vesicles (GVs) are gas-filled protein nanostructures employed by several species of bacteria and archaea as flotation devices to enable access to optimal light and nutrients. The unique physical properties of GVs have led to their use as genetically encodable contrast agents for ultrasound and MRI. Currently, however, the structure and assembly mechanism of GVs remain unknown. Here we employ cryoelectron tomography to reveal how the GV shell is formed by a helical filament of highly conserved GvpA subunits. This filament changes polarity at the center of the GV cylinder, a site that may act as an elongation center. Subtomogram averaging reveals a corrugated pattern of the shell arising from polymerization of GvpA into a β sheet. The accessory protein GvpC forms a helical cage around the GvpA shell, providing structural reinforcement. Together, our results help explain the remarkable mechanical properties of GVs and their ability to adopt different diameters and shapes. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29916.map.gz | 2.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-29916-v30.xml emd-29916.xml | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_29916.png | 103 KB | ||
マスクデータ | emd_29916_msk_1.map | 18.1 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_29916_half_map_1.map.gz emd_29916_half_map_2.map.gz | 13.5 MB 13.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29916 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29916 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29916.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | AnaS GV map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.687 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_29916_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: AnaS GV map (half2)
ファイル | emd_29916_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | AnaS GV map (half2) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: AnaS GV map (half1)
ファイル | emd_29916_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | AnaS GV map (half1) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Stripped Gas vesicles
全体 | 名称: Stripped Gas vesicles |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Stripped Gas vesicles
超分子 | 名称: Stripped Gas vesicles / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Dolichospermum flos-aquae (バクテリア) |
-分子 #1: Gas vesicles protein shell
分子 | 名称: Gas vesicles protein shell / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Dolichospermum flos-aquae (バクテリア) / 株: 1403/13F |
配列 | 文字列: AVEKTNSSSS LAEVIDRILD KGIVIDAWVR VSLVGIELLA IEARIVIASV ETYLKYAEAV GLTQS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 10 mM Hepes, pH 7.5 |
---|---|
グリッド | モデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
抽出 | トモグラム数: 23 / 使用した粒子像数: 28887 |
---|---|
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 28887 |