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- EMDB-29711: Neuraminidase of B/Massachusetts/02/2012 (Yamagata) in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29711
タイトルNeuraminidase of B/Massachusetts/02/2012 (Yamagata) in complex with 4 FNI17 Fab molecules
マップデータ
試料
  • 複合体: 4 FNI17 Fabs in complex with tetrameric NA protein from B/Massachusetts/02/2012 (Yamagata) strain
    • タンパク質・ペプチド: FNI17 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: FNI17 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Neuraminidaseノイラミニダーゼ
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードviral glycoprotein / antibody (抗体) / Fab / influenza (インフルエンザ) / virus (ウイルス) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / ノイラミニダーゼ / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 34 / ノイラミニダーゼ / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ノイラミニダーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Dang HV / Snell G
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: A pan-influenza antibody inhibiting neuraminidase via receptor mimicry.
著者: Corey Momont / Ha V Dang / Fabrizia Zatta / Kevin Hauser / Caihong Wang / Julia di Iulio / Andrea Minola / Nadine Czudnochowski / Anna De Marco / Kaitlin Branch / David Donermeyer / Siddhant ...著者: Corey Momont / Ha V Dang / Fabrizia Zatta / Kevin Hauser / Caihong Wang / Julia di Iulio / Andrea Minola / Nadine Czudnochowski / Anna De Marco / Kaitlin Branch / David Donermeyer / Siddhant Vyas / Alex Chen / Elena Ferri / Barbara Guarino / Abigail E Powell / Roberto Spreafico / Samantha S Yim / Dale R Balce / Istvan Bartha / Marcel Meury / Tristan I Croll / David M Belnap / Michael A Schmid / William Timothy Schaiff / Jessica L Miller / Elisabetta Cameroni / Amalio Telenti / Herbert W Virgin / Laura E Rosen / Lisa A Purcell / Antonio Lanzavecchia / Gyorgy Snell / Davide Corti / Matteo Samuele Pizzuto /
要旨: Rapidly evolving influenza A viruses (IAVs) and influenza B viruses (IBVs) are major causes of recurrent lower respiratory tract infections. Current influenza vaccines elicit antibodies ...Rapidly evolving influenza A viruses (IAVs) and influenza B viruses (IBVs) are major causes of recurrent lower respiratory tract infections. Current influenza vaccines elicit antibodies predominantly to the highly variable head region of haemagglutinin and their effectiveness is limited by viral drift and suboptimal immune responses. Here we describe a neuraminidase-targeting monoclonal antibody, FNI9, that potently inhibits the enzymatic activity of all group 1 and group 2 IAVs, as well as Victoria/2/87-like, Yamagata/16/88-like and ancestral IBVs. FNI9 broadly neutralizes seasonal IAVs and IBVs, including the immune-evading H3N2 strains bearing an N-glycan at position 245, and shows synergistic activity when combined with anti-haemagglutinin stem-directed antibodies. Structural analysis reveals that D107 in the FNI9 heavy chain complementarity-determinant region 3 mimics the interaction of the sialic acid carboxyl group with the three highly conserved arginine residues (R118, R292 and R371) of the neuraminidase catalytic site. FNI9 demonstrates potent prophylactic activity against lethal IAV and IBV infections in mice. The unprecedented breadth and potency of the FNI9 monoclonal antibody supports its development for the prevention of influenza illness by seasonal and pandemic viruses.
履歴
登録2023年2月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月31日-
マップ公開2023年5月31日-
更新2023年6月28日-
現状2023年6月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29711.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29711.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.14
最小 - 最大-0.18550974 - 0.6349805
平均 (標準偏差)0.0023227981 (±0.023404801)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 262.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_29711_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_29711_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_29711_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_29711_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 4 FNI17 Fabs in complex with tetrameric NA protein from B/Massach...

全体名称: 4 FNI17 Fabs in complex with tetrameric NA protein from B/Massachusetts/02/2012 (Yamagata) strain
要素
  • 複合体: 4 FNI17 Fabs in complex with tetrameric NA protein from B/Massachusetts/02/2012 (Yamagata) strain
    • タンパク質・ペプチド: FNI17 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: FNI17 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Neuraminidaseノイラミニダーゼ
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: 4 FNI17 Fabs in complex with tetrameric NA protein from B/Massach...

超分子名称: 4 FNI17 Fabs in complex with tetrameric NA protein from B/Massachusetts/02/2012 (Yamagata) strain
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of FNI17 IgG1 antibody
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 0.42 kDa/nm

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分子 #1: FNI17 Fab heavy chain

分子名称: FNI17 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.580527 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKRPGSSVKV SCKPSGGTFS NNVISWVRQA PGQGLEWMGG IIPTSGIANY AQKFQGRVAI IADKSTSTVY MALSSLRSE DSAVYFCARA RSDYFNRDLG WEDYYFENWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS ...文字列:
QVQLVQSGAE VKRPGSSVKV SCKPSGGTFS NNVISWVRQA PGQGLEWMGG IIPTSGIANY AQKFQGRVAI IADKSTSTVY MALSSLRSE DSAVYFCARA RSDYFNRDLG WEDYYFENWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKRVEP KSC

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分子 #2: FNI17 Fab light chain

分子名称: FNI17 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.479061 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EIVMTQSPAT LSVSPGERAT LSCRASQSVG SSLVWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATGVPA RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDFAVYYCQ HYNNWPPWTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
EIVMTQSPAT LSVSPGERAT LSCRASQSVG SSLVWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATGVPA RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDFAVYYCQ HYNNWPPWTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #3: Neuraminidase

分子名称: Neuraminidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: B/Massachusetts/02/2012 (Yamagata) / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 55.145559 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DHHHHHHGSG LNDIFEAQKI EWHEGSIINE TADDIVYRLT VIIDDRYESL KNLITLRADR LEMIINDNV STILASGLVP RGSGSLPEPE WTYPRLSCPG STFQKALLIS PHRFGEIKGN SAPLIIREPF IACGPTECKH F ALTHYAAQ ...文字列:
METDTLLLWV LLLWVPGSTG DHHHHHHGSG LNDIFEAQKI EWHEGSIINE TADDIVYRLT VIIDDRYESL KNLITLRADR LEMIINDNV STILASGLVP RGSGSLPEPE WTYPRLSCPG STFQKALLIS PHRFGEIKGN SAPLIIREPF IACGPTECKH F ALTHYAAQ PGGYYNGTRE DRNKLRHLIS VKLGKIPTVE NSIFHMAAWS GSACHDGKEW TYIGVDGPDS NALLKIKYGE AY TDTYHSY AKNILRTQES ACNCIGGDCY LMITDGPASG VSECRFLKIR EGRIIKEIFP TGRVKHTEEC TCGFASNKTI ECA CRDNRY TAKRPFVKLN VETDTAEIRL MCTETYLDTP RPNDGSITGP CESDGDKGSG GIKGGFVHQR MASKIGRWYS RTMS KTKRM GMGLYVKYDG DPWTDSEALA LSGVMVSMEE PGWYSFGFEI KDKKCDVPCI GIEMVHDGGK TTWHSAATAI YCLMG SGQL LWDTVTGVDM AL

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分子 #4: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 8 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
50.0 mMC4H11NO3Trisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
10.0 mMCaCl2calcium chloride

詳細: 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, pH 8.0
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 52.61 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 177249

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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