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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2962 | |||||||||
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タイトル | Cryo-electron microscopy structure of the unoccupied population of CCT5 complexes after incubation with mHtt | |||||||||
マップデータ | Single particle tomography reconstruction of unoccupied CCT5 complex after incubation with mutant huntington. | |||||||||
試料 |
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キーワード | chaperonin / Huntington's disease (ハンチントン病) / protein aggregation (タンパク質凝集) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of protein localization to Cajal body / positive regulation of establishment of protein localization to telomere / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / chaperonin-containing T-complex / Folding of actin by CCT/TriC / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / binding of sperm to zona pellucida / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / beta-tubulin binding ...positive regulation of protein localization to Cajal body / positive regulation of establishment of protein localization to telomere / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / chaperonin-containing T-complex / Folding of actin by CCT/TriC / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / binding of sperm to zona pellucida / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / beta-tubulin binding / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / mRNA 3'-UTR binding / ATP-dependent protein folding chaperone / response to virus / mRNA 5'-UTR binding / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / G-protein beta-subunit binding / unfolded protein binding / フォールディング / cell body / 微小管 / protein stabilization / 中心体 / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Darrow MC / Sergeeva OA / Isas JM / Galaz-Montoya J / King JA / Langen R / Schmid MF / Chiu W | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2014 タイトル: Biochemical characterization of mutants in chaperonin proteins CCT4 and CCT5 associated with hereditary sensory neuropathy. 著者: Oksana A Sergeeva / Meme T Tran / Cameron Haase-Pettingell / Jonathan A King / 要旨: Hereditary sensory neuropathies are a class of disorders marked by degeneration of the nerve fibers in the sensory periphery neurons. Recently, two mutations were identified in the subunits of the ...Hereditary sensory neuropathies are a class of disorders marked by degeneration of the nerve fibers in the sensory periphery neurons. Recently, two mutations were identified in the subunits of the eukaryotic cytosolic chaperonin TRiC, a protein machine responsible for folding actin and tubulin in the cell. C450Y CCT4 was identified in a stock of Sprague-Dawley rats, whereas H147R CCT5 was found in a human Moroccan family. As with many genetically identified mutations associated with neuropathies, the underlying molecular basis of the mutants was not defined. We investigated the biochemical properties of these mutants using an expression system in Escherichia coli that produces homo-oligomeric rings of CCT4 and CCT5. Full-length versions of both mutant protein chains were expressed in E. coli at levels approaching that of the WT chains. Sucrose gradient centrifugation revealed chaperonin-sized complexes of both WT and mutant chaperonins, but with reduced recovery of C450Y CCT4 soluble subunits. Electron microscopy of negatively stained samples of C450Y CCT4 revealed few ring-shaped species, whereas WT CCT4, H147R CCT5, and WT CCT5 revealed similar ring structures. CCT5 complexes were assayed for their ability to suppress aggregation of and refold the model substrate γd-crystallin, suppress aggregation of mutant huntingtin, and refold the physiological substrate β-actin in vitro. H147R CCT5 was not as efficient in chaperoning these substrates as WT CCT5. The subtle effects of these mutations are consistent with the homozygous disease phenotype, in which most functions are carried out during development and adulthood, but some selective function is lost or reduced. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2962.map.gz | 1.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2962-v30.xml emd-2962.xml | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_2962.tif | 128.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2962 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2962 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2962.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Single particle tomography reconstruction of unoccupied CCT5 complex after incubation with mutant huntington. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.704 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Unoccupied CCT5 complex after incubation with mutant huntingtin e...
全体 | 名称: Unoccupied CCT5 complex after incubation with mutant huntingtin exon 1. |
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要素 |
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-超分子 #1000: Unoccupied CCT5 complex after incubation with mutant huntingtin e...
超分子 | 名称: Unoccupied CCT5 complex after incubation with mutant huntingtin exon 1. タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 16 CCT5 subunits make up one CCT5 complex. / Number unique components: 1 |
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-分子 #1: chaperonin containing TCP1, subunit 5 (epsilon) complex
分子 | 名称: chaperonin containing TCP1, subunit 5 (epsilon) complex タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: CCT5 Complex / 集合状態: Hexadecamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: cytoplasm |
分子量 | 実験値: 1.0 MDa / 理論値: 960 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: RIL / 組換プラスミド: pET21b |
配列 | UniProtKB: T-complex protein 1 subunit epsilon GO: chaperonin-containing T-complex, フォールディング InterPro: Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.8 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1% glycerol |
グリッド | 詳細: 200 mesh Quantifoil copper grid R 2/2 holey carbon support, glow discharged |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 95 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III 手法: 1x or 2x double sided blotting for 1 or 2 seconds each blot before plunging. |
-電子顕微鏡法 #1
顕微鏡 | JEOL 2200FS |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 倍率(公称値): 25000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Gatan エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 25.0 eV |
試料ステージ | 試料ホルダー: LN2 cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -55 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 55 ° |
温度 | 平均: 95 K |
Microscopy ID | 1 |
日付 | 2014年2月12日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 平均電子線量: 2.0 e/Å2 / カメラ長: 1200 |
-電子顕微鏡法 #2
顕微鏡 | JEOL 2200FS |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 倍率(公称値): 25000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Gatan エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 25.0 eV |
試料ステージ | 試料ホルダー: LN2 cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -55 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 55 ° |
温度 | 平均: 95 K |
Microscopy ID | 2 |
日付 | 2013年10月31日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 平均電子線量: 2.0 e/Å2 / カメラ長: 1200 |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, EMAN2 / 使用したサブトモグラム数: 300 |
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詳細 | Subvolumes were manually selected using IMOD for coordinates and EMAN2 for boxing. Further processing was completed in EMAN2. |