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- EMDB-29606: CryoET of HIV-2 Immature Particles -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29606
タイトルCryoET of HIV-2 Immature Particles
マップデータOdd half map
試料
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE ROD) (ヒト免疫不全ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: HIV-2 Immature Gag
キーワードRetrovirus (レトロウイルス科) / Lentivirus (レンチウイルス属) / Gag / Capsid (カプシド) / HIV-2 (ヒト免疫不全ウイルス) / lattice / VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子)
生物種Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス) / Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE ROD) (ヒト免疫不全ウイルス)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.1 Å
データ登録者Talledge N / Zhang W / Mansky ML
資金援助 米国, 7件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)124279 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)118047 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-2011401 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)124165 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)007097 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)150351 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)83196 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2023
タイトル: HIV-2 Immature Particle Morphology Provides Insights into Gag Lattice Stability and Virus Maturation.
著者: Nathaniel Talledge / Huixin Yang / Ke Shi / Raffaele Coray / Guichuan Yu / William G Arndt / Shuyu Meng / Gloria C Baxter / Luiza M Mendonça / Daniel Castaño-Díez / Hideki Aihara / Louis M ...著者: Nathaniel Talledge / Huixin Yang / Ke Shi / Raffaele Coray / Guichuan Yu / William G Arndt / Shuyu Meng / Gloria C Baxter / Luiza M Mendonça / Daniel Castaño-Díez / Hideki Aihara / Louis M Mansky / Wei Zhang /
要旨: Retrovirus immature particle morphology consists of a membrane enclosed, pleomorphic, spherical and incomplete lattice of Gag hexamers. Previously, we demonstrated that human immunodeficiency virus ...Retrovirus immature particle morphology consists of a membrane enclosed, pleomorphic, spherical and incomplete lattice of Gag hexamers. Previously, we demonstrated that human immunodeficiency virus type 2 (HIV-2) immature particles possess a distinct and extensive Gag lattice morphology. To better understand the nature of the continuously curved hexagonal Gag lattice, we have used the single particle cryo-electron microscopy method to determine the HIV-2 Gag lattice structure for immature virions. The reconstruction map at 5.5 Å resolution revealed a stable, wineglass-shaped Gag hexamer structure with structural features consistent with other lentiviral immature Gag lattice structures. Cryo-electron tomography provided evidence for nearly complete ordered Gag lattice structures in HIV-2 immature particles. We also solved a 1.98 Å resolution crystal structure of the carboxyl-terminal domain (CTD) of the HIV-2 capsid (CA) protein that identified a structured helix 12 supported via an interaction of helix 10 in the absence of the SP1 region of Gag. Residues at the helix 10-12 interface proved critical in maintaining HIV-2 particle release and infectivity. Taken together, our findings provide the first 3D organization of HIV-2 immature Gag lattice and important insights into both HIV Gag lattice stabilization and virus maturation.
履歴
登録2023年1月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月24日-
マップ公開2023年5月24日-
更新2023年6月14日-
現状2023年6月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29606.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29606.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Odd half map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度
最小 - 最大-0.008679926 - 0.016046163
平均 (標準偏差)0.00026240936 (±0.0009815186)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 337.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_29606_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Even half map

ファイルemd_29606_half_map_1.map
注釈Even half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Odd half map

ファイルemd_29606_half_map_2.map
注釈Odd half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE ROD)

全体名称: Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE ROD) (ヒト免疫不全ウイルス)
要素
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE ROD) (ヒト免疫不全ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: HIV-2 Immature Gag

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超分子 #1: Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE ROD)

超分子名称: Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE ROD) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: HIV-2 VLPs generated by Gag co-overexpressed with HIV-2 Env in Hek293T cells and purified from media supernatant
NCBI-ID: 11720
生物種: Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE ROD)
ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 2100.0 Å

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分子 #1: HIV-2 Immature Gag

分子名称: HIV-2 Immature Gag / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: Rod
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGARNSVLRG KKADELERIR LRPGGKKKYR LKHIVWAANK LDRFGLAESL LESKEGCQKI LTVLDPMVP TGSENLKSLF NTVCVIWCIH AEEKVKDTEG AKQIVRRHLV AETGTAEKMP S TSRPTAPS SEKGGNYPVQ HVGGNYTHIP LSPRTLNAWV KLVEEKKFGA ...文字列:
MGARNSVLRG KKADELERIR LRPGGKKKYR LKHIVWAANK LDRFGLAESL LESKEGCQKI LTVLDPMVP TGSENLKSLF NTVCVIWCIH AEEKVKDTEG AKQIVRRHLV AETGTAEKMP S TSRPTAPS SEKGGNYPVQ HVGGNYTHIP LSPRTLNAWV KLVEEKKFGA EVVPGFQALS EG CTPYDIN QMLNCVGDHQ AAMQIIREII NEEAAEWDVQ HPIPGPLPAG QLREPRGSDI AGT TSTVEE QIQWMFRPQN PVPVGNIYRR WIQIGLQKCV RMYNPTNILD IKQGPKEPFQ SYVD RFYKS LRAEQTDPAV KNWMTQTLLV QNANPDCKLV LKGLGMNPTL EEMLTACQGV GGPGQ KARL MAEALKEVIG PAPIPFAAAQ QRKAFKCWNC GKEGHSARQC RAPRRQGCWK CGKPGH IMT NCPDRQAGFL GLGPWGKKPR NFPVAQVPQG LTPTAPPVDP AVDLLEKYMQ QGKRQRE QR ERPYKEVTED LLHLEQGETP YREPPTEDLL HLNSLFGKDQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
10.0 mMC4H11NO3Tris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン
1.0 mMC10H16N2O8Ethylenediaminetetraacetic acidエチレンジアミン四酢酸

詳細: 100 mM NaCl, 10 mM Tris-HCL pH 8.0, 1mM EDTA
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.001 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 292.15 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Leica GP2 Grid Plunger..
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Ted pella / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-8 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 63 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 1.1 e/Å2
詳細: Two second exposures with a 0.25 frames/sec rate per tilt with a 1.1 e-/Angstrom^2 dose per tilt with a total tilt series dose of 45 e-/Angstroms^2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 13378
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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