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- EMDB-29397: Structure of Mycobacterium smegmatis Rsh bound to a 70S translati... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29397
タイトルStructure of Mycobacterium smegmatis Rsh bound to a 70S translation initiation complex
マップデータM. smegmatis 70S-Rsh-fMet-tRNA complex
試料
  • 複合体: Mycobacterium smegmatis 70S ribosome bound to Rsh, and initiator tRNA-fMet
    • タンパク質・ペプチド: x 53種
    • RNA: x 5種
キーワードstarvation sensing / RelA/SpoT homologue / Mycobacterium (マイコバクテリウム属) / 70S initiation complex / TRANSLATION (翻訳 (生物学))
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP diphosphokinase activity / guanosine tetraphosphate biosynthetic process / GTP diphosphokinase / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / kinase activity / transferase activity / tRNA binding ...GTP diphosphokinase activity / guanosine tetraphosphate biosynthetic process / GTP diphosphokinase / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / kinase activity / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / リン酸化 / mRNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT, AH and RIS domains / HD domain / RelA/SpoT family / RelA/SpoT, TGS domain / ACT domain / Region found in RelA / SpoT proteins / RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / TGS domain ...RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT, AH and RIS domains / HD domain / RelA/SpoT family / RelA/SpoT, TGS domain / ACT domain / Region found in RelA / SpoT proteins / RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / TGS domain / ACT domain profile. / ACT domain / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / ACT-like domain / HD domain profile. / TGS domain profile. / TGS / TGS-like / HD domain / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L10 / : / Beta-grasp domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Nucleotidyltransferase superfamily / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type
類似検索 - ドメイン・相同性
AURKAIP1/COX24 domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein bS6 / 30S ribosomal protein S10 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 ...AURKAIP1/COX24 domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein bS6 / 30S ribosomal protein S10 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein bS18A / Small ribosomal subunit protein uS14A / Large ribosomal subunit protein bL33B / 50S ribosomal protein L28 / 50S ribosomal protein L31 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL34 / GTP pyrophosphokinase RelA / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL15
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Majumdar S / Sharma MR / Manjari SR / Banavali NK / Agrawal RK
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI132422 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM61576 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Starvation sensing by mycobacterial RelA/SpoT homologue through constitutive surveillance of translation.
著者: Yunlong Li / Soneya Majumdar / Ryan Treen / Manjuli R Sharma / Jamie Corro / Howard B Gamper / Swati R Manjari / Jerome Prusa / Nilesh K Banavali / Christina L Stallings / Ya-Ming Hou / ...著者: Yunlong Li / Soneya Majumdar / Ryan Treen / Manjuli R Sharma / Jamie Corro / Howard B Gamper / Swati R Manjari / Jerome Prusa / Nilesh K Banavali / Christina L Stallings / Ya-Ming Hou / Rajendra K Agrawal / Anil K Ojha /
要旨: The stringent response, which leads to persistence of nutrient-starved mycobacteria, is induced by activation of the RelA/SpoT homolog (Rsh) upon entry of a deacylated-tRNA in a translating ribosome. ...The stringent response, which leads to persistence of nutrient-starved mycobacteria, is induced by activation of the RelA/SpoT homolog (Rsh) upon entry of a deacylated-tRNA in a translating ribosome. However, the mechanism by which Rsh identifies such ribosomes in vivo remains unclear. Here, we show that conditions inducing ribosome hibernation result in loss of intracellular Rsh in a Clp protease-dependent manner. This loss is also observed in nonstarved cells using mutations in Rsh that block its interaction with the ribosome, indicating that Rsh association with the ribosome is important for Rsh stability. The cryo-EM structure of the Rsh-bound 70S ribosome in a translation initiation complex reveals unknown interactions between the ACT domain of Rsh and components of the ribosomal L7/L12 stalk base, suggesting that the aminoacylation status of A-site tRNA is surveilled during the first cycle of elongation. Altogether, we propose a surveillance model of Rsh activation that originates from its constitutive interaction with the ribosomes entering the translation cycle.
履歴
登録2023年1月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月17日-
マップ公開2023年5月17日-
更新2023年6月28日-
現状2023年6月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29397.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29397.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈M. smegmatis 70S-Rsh-fMet-tRNA complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84744 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.003
最小 - 最大-0.010060507 - 0.040820464
平均 (標準偏差)0.00013563005 (±0.0018278987)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 423.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: M. smegmatis 70S-Rsh-fMet-tRNA complex- Composite Map

ファイルemd_29397_additional_1.map
注釈M. smegmatis 70S-Rsh-fMet-tRNA complex- Composite Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: M. smegmatis 70S-Rsh-fMet-tRNA complex half map 1

ファイルemd_29397_half_map_1.map
注釈M. smegmatis 70S-Rsh-fMet-tRNA complex half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: M. smegmatis 70S-Rsh-fMet-tRNA complex half map 1

ファイルemd_29397_half_map_2.map
注釈M. smegmatis 70S-Rsh-fMet-tRNA complex half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mycobacterium smegmatis 70S ribosome bound to Rsh, and initiator ...

全体名称: Mycobacterium smegmatis 70S ribosome bound to Rsh, and initiator tRNA-fMet
要素
  • 複合体: Mycobacterium smegmatis 70S ribosome bound to Rsh, and initiator tRNA-fMet
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33 2リボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • RNA: fMet tRNA (77-MER)
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • RNA: 5S rRNA (118-MER)
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein eL31
    • RNA: 23S rRNA (3119-MER)
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L10
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L11
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • RNA: 16S rRNA (1511-MER)
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S22
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • RNA: mRNA伝令RNA
    • タンパク質・ペプチド: GTP pyrophosphokinase RelA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18 1リボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14

+
超分子 #1: Mycobacterium smegmatis 70S ribosome bound to Rsh, and initiator ...

超分子名称: Mycobacterium smegmatis 70S ribosome bound to Rsh, and initiator tRNA-fMet
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#58

+
分子 #1: 50S ribosomal protein L33 2

分子名称: 50S ribosomal protein L33 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 6.484445 KDa
配列文字列:
ARNEIRPIVK LRSTAGTGYT YVTRKNRRND PDRIVLRKYD PVLRRHVEFR EER

+
分子 #2: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 8.729995 KDa
配列文字列:
SAHCQVTGRG PGFGNSVSHS HRRTPRRWDP NIQNKTYYLP SEGRRIRLRV SAKGIKVIDR DGIEAVVARM RARGEKV

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 9.379874 KDa
配列文字列:
PRSLKKGPFV DDHLLKKVDV QNEKNTKQVI KTWSRRSTII PDFIGHTFAV HDGRKHVPVF VTEAMVGHKL GEFAPTRTFK GH

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 13.374481 KDa
配列文字列:
ARLVGVDLPR DKRMEIALTY IYGIGRTRSN EILAATGIDK NMRTKDLTDD QVTVLRDYIE GNLKVEGDLR REVQADIRRK IEIGCYQGL RHRRGLPVRG QRTKTNARTR KGPKRTI

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 15.498937 KDa
配列文字列:
MLIPRKVKHR KQHHPEQRGI ASGGTSVSFG DYGIQALEHA YITNRQIESA RIAINRHIKR GGKVWINIFP DRPLTKKPAE TRMGSGKGS PEWWVANVKP GRVLFELSYP DEKTARDALT RAIHKLPIKA RIVTREE

+
分子 #8: 50S ribosomal protein eL31

分子名称: 50S ribosomal protein eL31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 2.710179 KDa
配列文字列:
AKRGRKKRDR KHSKANHGKR PNA

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 30.008379 KDa
配列文字列: GIRKYKPTTP GRRGASVSDF AEITRSTPEK SLVRPLHGKG GRNAHGRITT RHKGGGHKRA YRVIDFRRHD KDGVNAKVAH IEYDPNRTA NIALLHYLDG EKRYIIAPQG LKQGDVIESG ANADIKPGNN LPLRNIPAGT VIHAVELRPG GGAKLARSAG V SIQLLGKE ...文字列:
GIRKYKPTTP GRRGASVSDF AEITRSTPEK SLVRPLHGKG GRNAHGRITT RHKGGGHKRA YRVIDFRRHD KDGVNAKVAH IEYDPNRTA NIALLHYLDG EKRYIIAPQG LKQGDVIESG ANADIKPGNN LPLRNIPAGT VIHAVELRPG GGAKLARSAG V SIQLLGKE GTYAALRMPS GEIRRVDVRC RATVGEVGNA EQSNINWGKA GRMRWKGKRP TVRGVVMNPV DHPHGGGEGK TS GGRHPVS PWGKPEGRTR KPNKPSDKLI VRRRRTGK

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 22.621902 KDa
配列文字列: ARKGILGTKL GMTQVFDENN KVVPVTVVKA GPNVVTRIRT TERDGYSAVQ LAYGEISPRK VIKPVAGQFA AAGVNPRRHV AELRLDDEA AVAEYEVGQE LTAEIFSDGA YVDVTGTSKG KGFAGTMKRH GFRGQGAAHG AQAVHRRPGS IGGCATPGRV F KGTRMSGR ...文字列:
ARKGILGTKL GMTQVFDENN KVVPVTVVKA GPNVVTRIRT TERDGYSAVQ LAYGEISPRK VIKPVAGQFA AAGVNPRRHV AELRLDDEA AVAEYEVGQE LTAEIFSDGA YVDVTGTSKG KGFAGTMKRH GFRGQGAAHG AQAVHRRPGS IGGCATPGRV F KGTRMSGR MGNDRVTTQN LKVHKVDAEN GVLLIKGAIP GRNGGLVVVR SAIKRG

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分子 #12: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 22.346301 KDa
配列文字列: TLKVDVKTPA GKTDGSVELP AELFDVEPNI ALMHQVVTAQ LAAKRQGTHS TKTRGEVSGG GKKPYRQKGT GRARQGSTRA PQFTGGGTV HGPKPRDYSQ RTPKKMIAAA LRGALSDRAR NDRIHAVTEL VEGQTPSTKS AKTFLGTLTE NKKVLVVIGR T DEVGAKSV ...文字列:
TLKVDVKTPA GKTDGSVELP AELFDVEPNI ALMHQVVTAQ LAAKRQGTHS TKTRGEVSGG GKKPYRQKGT GRARQGSTRA PQFTGGGTV HGPKPRDYSQ RTPKKMIAAA LRGALSDRAR NDRIHAVTEL VEGQTPSTKS AKTFLGTLTE NKKVLVVIGR T DEVGAKSV RNLPGVHVIS PDQLNTYDVL NADDVVFSVE ALNAYISANS K

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 20.588701 KDa
配列文字列:
KALPRLKQRY REEIREALQQ EFNYANVMQI PGVVKVVVNM GVGDAARDAK LINGAINDLA LITGQKPEVR RARKSIAQFK LREGMPIGA RVTLRGDRMW EFLDRLISIA LPRIRDFRGL SPKQFDGTGN YTFGLNEQSM FHEIDVDSID RPRGMDITVV T TATNDAEG RALLRALGFP FKEN

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 19.165934 KDa
配列文字列:
SRIGKQPVPV PSGVDVTING QNLSVKGPKG TLTLDVAEPI SVSRAEDGAI VVTRPDDERR SRSLHGLSRT LIANLVTGVT EGYTQKMEI FGVGYRVQLK GQNLEFALGY SHPVLIEAPE GITFAVESPT KFSVSGIDKQ KVGQISAVIR RLRRPDPYKG K GVRYEGEQ IRRKVGKT

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 15.949253 KDa
配列文字列:
MKLILTAEVE HLGAAGDTVE VKDGYGRNYL LPRGLAIVAS RGAERQAEEI RRARESKVIR DIEHANELKT ALEGLGDVTL SVNAAGDTG KLFGSVTAAD VVNAIKKAGG PNLDKRTVQL AKAHIKSVGT HPVTVKLHTG VEAKVSLNVV AQ

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L10

分子名称: 50S ribosomal protein L10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 13.095021 KDa
配列文字列:
MAKADKATAV ADIAEQFKAS TATVVTEYRG LTVANLAELR RALGDSATYT VAKNTLVKRA ASEAGIEGLD ELFAGPTAIA FVKGEAVDA AKAIKKFAKD NKALVIKGGY MDGKALSVAD VEKIADL

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L11

分子名称: 50S ribosomal protein L11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 14.109185 KDa
配列文字列:
LIKLQIQAGQ ANPAPPVGPA LGQHGVNIME FCKAYNAATE SQRGNVIPVE ITVYEDRSFT FALKTPPAAK LLLKAAGVQK GSGEPHKTK VAKVTWDQVR EIAETKKADL NANDIDAAAK IIAGTARSMG ITVE

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 16.015493 KDa
配列文字列:
PTYTPKAGDT TRSWYVIDAS DVVLGRLASA AATLLRGKHK PTFTPNVDGG DFVIVINADK IAVSGDKLTK KFAYRHSGYP GGLRKRTIG ELLEKHPTRV VENAIIGMLP HNKLGRQIQK KLKVYAGPDH PHAAQQPIPF EIKQVAQ

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 13.400625 KDa
配列文字列:
MIQQESRLKV ADNTGAKEIL CIRVLGGSSR RYAGIGDVIV ATVKDAIPGG NVKRGDVVKA VVVRTVKERR RADGSYIKFD ENAAVIIKN DNDPRGTRIF GPVGRELREK KFMKIVSLAP EVL

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 15.383968 KDa
配列文字列:
VIKLHDLKPA PGEKKAKTRV GRGEGSKGKT AGRGTKGTKA RKNVPVMFEG GQMPIHMRLP KLKGFKNRFR TEYQVVNVGD INKAFPQGG TVGVDELVAK GLVRKNSLVK VLGDGKLTVK VDVTANKFSG SAREAITAAG GSATEL

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 13.210346 KDa
配列文字列:
PKPTKGPRLG GSSSHQSALL ANLATSLFEH GRIKTTEPKA RALRPYAEKL ITHAKKGALH NRREVMKKIR DKDVVHTLFA EIGPFYADR NGGYTRIIKV ENRKGDNAPM AVIELVREK

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 13.580531 KDa
配列文字列:
AHKPVGQNIS EVRRNARLRR HARLRKKVAG TAEVPRLVVN RSARHIHVQL VNDLNGTTLA AASSIEADVR AIDGDKKAHS VRVGQLIAE RAKAAGVETV VFDRGGYTYG GRIAALADAA REAGLKF

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 12.892806 KDa
配列文字列:
MNTLDFVDQA SLRDDIPTFS PGDTVNVHVK VIEGSKERIQ VFKGVVIRRQ GGGISETFTV RKESYGVGVE RTFPVHSPNI DHIDVLTRG DVRRAKLYYL RELRGKKAKI KEKR

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 14.035175 KDa
配列文字列:
ARVKRALNAQ KKRRTVLKAS KGYRGQRSRL YRKAKEQQLH SLTYAYRDRR ARKGEFRKLW ISRINAAARA NDITYNRLIQ GLKAAGVEV DRKNLAELAV SDPAAFTALV DVARAALPED VNAPS

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 10.72444 KDa
配列文字列:
TYAIVKTGGK QYKVAAGDVV KVEKLDSEPG ASVSLPVALV VDGANVTSKA DDLAKVAVTA EVLEHTKGPK IRIHKFKNKT GYHKRQGHR QQLTVLKVTG I

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 12.408192 KDa
配列文字列:
EFPSATAKAR YVRVSATKAR RVIDLVRGKS VEEALDILRW APQAASEPVA KVIASAAANA QNNEGLDPST LVVATVYADE GPTAKRIRP RAQGRAFRIR KRTSHITVIV ESRPP

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 10.748448 KDa
配列文字列:
ATITDPRDII LAPVISEKSY GLIEDNVYTF VVHPDSNKTQ IKIAIEKIFD VKVDSVNTAN RQGKRKRTRT GFGKRKSTKR AIVKLAAGS KPIDLFGA

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 11.228946 KDa
配列文字列:
MKVHKGDTVL VISGKDKGAK GKVLVAYPDR NKVLVEGVNR IKKHTAVSAN ERGASSGGIV TQEAPIHVSN VMVVDSDGKP TRVGYRIDD ETGKKVRIAK TNGKDI

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 20.331725 KDa
配列文字列: TANIPNKLTA NVRTRTGKGA SRQARRDGKV PAVLYGHGTD PQHLELNARD FAAVLRSHGT NAILTLDIEG TEQLALTKAL DVHPIRRNI QHADLLVVQR GEKVTVEVTV LVEGDATPGT LVTQDANTIE IEAEALSIPE QLTVSVEGVE AGTQITAGQI S LPEGVNLI ...文字列:
TANIPNKLTA NVRTRTGKGA SRQARRDGKV PAVLYGHGTD PQHLELNARD FAAVLRSHGT NAILTLDIEG TEQLALTKAL DVHPIRRNI QHADLLVVQR GEKVTVEVTV LVEGDATPGT LVTQDANTIE IEAEALSIPE QLTVSVEGVE AGTQITAGQI S LPEGVNLI SDPELLVVNV VEAPSAEALE EEGA

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 8.322479 KDa
配列文字列:
SSSRNGRDSA AQRLGVKRFG GQVVKAGEIL VRQRGTHFHP GVNVGRGGDD TLFALAPGAV EFGAKRGRKT VNIVPVARP

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 7.590576 KDa
配列文字列:
GTTPGELREL TDDELKDKLR ESKEELFNLR FQMATGQLSN NRRLRTVRQE IARVYTVLRE RELG

+
分子 #32: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 6.761772 KDa
配列文字列:
AELKITQVRS TIGARWKQRE SLRTLGLKKI RQSVVREDNA QTRGLINTVH HLVEVEEVG

+
分子 #33: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 6.050149 KDa
配列文字列:
AVPKRRMSRA NTRSRRAQWK AEAPGLVTVS VAGQQRKVPR RLLKAARLGL VDLD

+
分子 #34: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 5.391384 KDa
配列文字列:
AKGKRTFQPN NRRRARVHGF RLRMRTRAGR AIVANRRSKG RRALTA

+
分子 #35: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 7.16731 KDa
配列文字列:
PKAKTHSGAS KRFRRTGTGK IVRQKANRRH LLEHKPTKRT RRLDGRTTVS AADNSRINKL LNG

+
分子 #36: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 4.341277 KDa
配列文字列:
MKVNPSVKPI CDKCRVIRRH GRVMVICSDP RHKQRQG

+
分子 #38: 30S ribosomal protein S22

分子名称: 30S ribosomal protein S22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 4.033104 KDa
配列文字列:
GSVIKKRRKR MSKKKHRKLL RRTRVQRRKL GK

+
分子 #39: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 23.61715 KDa
配列文字列: GQKINPHGFR LGITTEWKSR WYADKQYKDY VKEDVAIRKL LATGLERAGI ADVEIERTRD RVRVDIHTAR PGIVIGRRGT EADRIRADL EKLTGKQVQL NILEVKNPES QAQLVAQGVA EQLSNRVAFR RAMRKAIQSA MRQPNVKGIR VQCSGRLGGA E MSRSEFYR ...文字列:
GQKINPHGFR LGITTEWKSR WYADKQYKDY VKEDVAIRKL LATGLERAGI ADVEIERTRD RVRVDIHTAR PGIVIGRRGT EADRIRADL EKLTGKQVQL NILEVKNPES QAQLVAQGVA EQLSNRVAFR RAMRKAIQSA MRQPNVKGIR VQCSGRLGGA E MSRSEFYR EGRVPLHTLR ADIDYGLYEA KTTFGRIGVK VWIYKGDIVG

+
分子 #40: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 23.28459 KDa
配列文字列: ARYTGPATRK SRRLGVDLVG GDQSFEKRPY PPGQHGRARI KESEYRQQLQ EKQKARFSYG VMEKQFRRYY EEANRQPGKT GDNLLRILE SRLDNVVYRA GLARTRRMAR QLVSHGHFLV NGVKVDIPSY RVSQYDIIDV KEKSLNTLPF QIARETAGER P IPSWLQVV ...文字列:
ARYTGPATRK SRRLGVDLVG GDQSFEKRPY PPGQHGRARI KESEYRQQLQ EKQKARFSYG VMEKQFRRYY EEANRQPGKT GDNLLRILE SRLDNVVYRA GLARTRRMAR QLVSHGHFLV NGVKVDIPSY RVSQYDIIDV KEKSLNTLPF QIARETAGER P IPSWLQVV GERQRILVHQ LPERAQIDVP LTEQLIVELY SK

+
分子 #41: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 18.481439 KDa
配列文字列:
NYIERVVSIN RVSKVVKGGR RFSFTALVIV GDGKGMVGVG YGKAKEVPAA IAKGVEEARK NFFRVPLIGS TITHPVQGEA AAGVVMLRP ASPGTGVIAG GAARAVLECA GVHDILAKSL GSDNAINVVH ATVAALKLLQ RPEEVAARRG LPIEDVAPAG M LKARRESE ALAAAAAREG SA

+
分子 #42: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 10.991637 KDa
配列文字列:
MRPYEIMVIL DPTLDERTVA PSLETFLNVI RKDGGTVDKV DIWGRRRLAY EIAKHAEGIY AVIDVKAEPA TVSELDRQLN LNESVLRTK VLRTDKH

+
分子 #43: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 17.52918 KDa
配列文字列:
PRKGPAPKRP LVNDPVYGSQ LVTQLVNKVL LEGKKSLAER IVYGALEQAR EKTGTDPVVT LKRALDNVKP ALEVRSRRVG GATYQVPVE VRPDRSTTLA LRWLVNFSRQ RREKTMVERL ANEILDASNG LGASVKRRED THKMAEANRA FAHYRW

+
分子 #44: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 14.361442 KDa
配列文字列:
TMTDPIADFL TRLRNANSAY HDEVTLPHSK LKANIAEILK REGYISDYRT EDARVGKSLV VQLKYGPSRE RSIAGLRRVS KPGLRVYAK STNLPRVLGG LGVAIISTSS GLLTDRQAAR QGVGGEVLAY VW

+
分子 #45: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 14.093392 KDa
配列文字列:
PIQTVGRRKE AVVRVRLVPG TGQFNLDGRT LENYFPNKVH QQLIKAPLVT VDRVDQFDIY AHLDGGGPSG QAGALRLAIA RALILVQPE DRPALKKAGF LTRDPRAIER KKYGLKKARK APQYSKR

+
分子 #46: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 11.252039 KDa
配列文字列:
GQKIRIRLKA YDHEAIDASA RKIVETVTRT GASVVGPVPL PTEKNVYCVI RSPHKYKDSR EHFEMRTHKR LIDILDPTPK TVDALMRID LPASVDVNIQ

+
分子 #47: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 12.151729 KDa
配列文字列:
KNVPHGAAHI KSTFNNTIVS ITDPQGNVIA WASSGHVGFK GSRKSTPFAA QLAAENAARK AQEHGVKKVD VFVKGPGSGR ETAIRSLQA AGLEVGTISD VTPQPHNGCR PPKRRR

+
分子 #48: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 13.678093 KDa
配列文字列:
PTIQQLVRKG RRDKIAKVKT AALKGSPQRR GVCTRVYTTT PKKPNSALRK VARVKLTSQV EVTAYIPGEG HNLQEHSMVL VRGGRVKDL PGVRYKIIRG SLDTQGVKNR KQARSRYGAK KEK

+
分子 #49: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 10.2369 KDa
配列文字列:
ALTAEQKKEI LGQYGLHDTD TGSPEAQVAL LTKRIQDLTE HLKVHKHDHH SRRGLLLLVG RRRRLLKYVA QVDVARYRSL IERLGLRR

+
分子 #50: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 12.635652 KDa
配列文字列:
AVKIKLTRLG KIRNPQYRII VADARTRRDG RAIEVIGRYH PKEEPSLIQI DSERAQYWLG VGAQPTEPVL ALLKITGDWQ KFKGLPGAE GTLKVKEPKP SKLDLFNAAL AEAE

+
分子 #51: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 10.680461 KDa
配列文字列:
QKGPKYTPAA EKPRGRRKTA IGYVVSDKMQ KTIVVELEDR KSHPLYGKII RTTKKVKAHD ENGEAGIGDR VSLMETRPLS ATKRWRLVE ILEKA

+
分子 #52: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 52 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 9.424908 KDa
配列文字列:
ANIKSQIKRI RTNERRRLRN QSVKSSLRTA IRGFREAVDA GDKDKASELL HATSRKLDKA ASKGVIHPNQ AANKKSALAL ALNKL

+
分子 #53: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 53 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 25.576547 KDa
配列文字列: MAVVTMKQLL DSGAHFGHQT RRWNPKMKRF IFTDRNGIYI IDLQQTLTYI DKAYEFVKET VAHGGTVLFV GTKKQAQESI AEEATRVGM PYVNQRWLGG MLTNFSTVHK RLQRLKELEA MEQTGGFEGR TKKEILMLTR EKNKLERSLG GIRDMQKVPS A VWVVDTNK ...文字列:
MAVVTMKQLL DSGAHFGHQT RRWNPKMKRF IFTDRNGIYI IDLQQTLTYI DKAYEFVKET VAHGGTVLFV GTKKQAQESI AEEATRVGM PYVNQRWLGG MLTNFSTVHK RLQRLKELEA MEQTGGFEGR TKKEILMLTR EKNKLERSLG GIRDMQKVPS A VWVVDTNK EHIAVGEARK LGIPVIAILD TNCDPDVVDY PIPGNDDAIR SAALLTKVIA SAVAEGLQAR

+
分子 #55: GTP pyrophosphokinase RelA

分子名称: GTP pyrophosphokinase RelA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 55 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 88.057672 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MVDEPGKGQA VQSPPAVPET VPKPPSGTAP TTTPAAPSTS SETARISASR RVRARLARRM TAQRSAINPV LEPLVAVHRE IYPKADLQL LQRAYEVAEK RHADQLRKSG DPYITHPLAV ANILAELGMD TTTLVAALLH DTVEDTGYSL EALTADFGSE V GHLVDGVT ...文字列:
MVDEPGKGQA VQSPPAVPET VPKPPSGTAP TTTPAAPSTS SETARISASR RVRARLARRM TAQRSAINPV LEPLVAVHRE IYPKADLQL LQRAYEVAEK RHADQLRKSG DPYITHPLAV ANILAELGMD TTTLVAALLH DTVEDTGYSL EALTADFGSE V GHLVDGVT KLDKVVLGSA AEGETIRKMI IAMARDPRVL VIKVADRLHN MRTMRFLPPE KQARKARETL EVIAPLAHRL GM ATVKWEL EDLAFAILHP KKYEEIVRLV ADRAPSRDTY LAKVRAEIGV ALSAMKINAV VEGRPKHYWS IYQKMIVKGR DFD DIHDLV GVRILCDEIR DCYAAVGVVH SLWQPMAGRF KDYIAQPRYG VYQSLHTTVV GPEGKPLEVQ IRTREMHRTA EYGI AAHWR YKEAKGRNGV PHSHAAAEID DMAWMRQLLD WQREAADPGE FLESLRYDLA TQEIFVFTPK GDVITLPAGS TPVDF AYAV HTEVGHRCIG ARVNGRLVAL ERKLENGEVV EVFTSKAPNA GPSRDWQGFV VSPRAKTKIR QWFAKERREE ALESGK DAI AREVRRGGLP LQRLMNAETM GALARELRYQ DVSALYTAVG EGHVSARHVV QRLLAQFGGD DAAEDELAER STPATMP MR QRSNDDTGVA VPGAPGVLTK LAKCCTPVPG DTIMGFVTRG GGVSVHRTDC TNAESLQQQS ERIIEVNWAP SPSSVFLV A IQVEALDRHR LLSDVTRVLA DEKVNILSAS VTTSNDRVAI SRFTFEMGDP KHLGHLLSVV RNVEGVYDVY RVTSAA

+
分子 #56: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 56 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 9.141198 KDa
配列文字列:
MKPGIHPDYH PVVFQDAATG AQFLTRSTAT STRTIEWPTP SGPKTYPLIV VDVTSDSHPF WTGSARHIDS AGQVEKFRRR YG

+
分子 #57: 30S ribosomal protein S18 1

分子名称: 30S ribosomal protein S18 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 57 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 9.449175 KDa
配列文字列:
MMAVKKSRKR TAATELKKPR RNQLEALGVT TIDYKDVAVL RTFLSERGKI RSRHVTGLTP QQQRQVATAI KNAREMALLP MAGP

+
分子 #58: 30S ribosomal protein S14

分子名称: 30S ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 58 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 11.66153 KDa
配列文字列:
AKKSKIVKNE QRRELVQRYA ERRAELKRTI RDPASSPERR AAAVSALQRL PRDSSPVRLR NRDVVDGRPR GHLRKFGLSR VRVREMAHR GELPGVRKAS W

+
分子 #3: fMet tRNA (77-MER)

分子名称: fMet tRNA (77-MER) / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 24.78073 KDa
配列文字列:
CGCGGGGUGG AGCAGCUCGG UAGCUCGCUG GGCUCAUAAC CCAGAGGUCG CAGGUUCGAA UCCUGUCCCC GCUACCA

+
分子 #5: 5S rRNA (118-MER)

分子名称: 5S rRNA (118-MER) / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 38.061816 KDa
配列文字列:
GUUACGGCGG UCCAUAGCGG CAGGGAAACG CCCGGUCCCA UCCCGAACCC GGAAGCUAAG CCUGCCAGCG CCGAUGAUAC UACCCAUCC GGGUGGAAAA GUAGGACACC GCCGAACAC

+
分子 #9: 23S rRNA (3119-MER)

分子名称: 23S rRNA (3119-MER) / タイプ: rna / ID: 9 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 1.01183475 MDa
配列文字列: AAGUGUUUAA GGGCGCAUGG UGGAUGCCUU GGCACUGGGA GCCGAUGAAG GACGUAGGAG GCUGCGAUAA GCCUCGGGGA GCUGUCAAC CGAGCGUUGA UCCGAGGAUG UCCGAAUGGG GAAACCCGGC ACGAGUGAUG UCGUGUCACC AGGCGCUGAA U AUAUAGGC ...文字列:
AAGUGUUUAA GGGCGCAUGG UGGAUGCCUU GGCACUGGGA GCCGAUGAAG GACGUAGGAG GCUGCGAUAA GCCUCGGGGA GCUGUCAAC CGAGCGUUGA UCCGAGGAUG UCCGAAUGGG GAAACCCGGC ACGAGUGAUG UCGUGUCACC AGGCGCUGAA U AUAUAGGC GUCUGGGGGG AACGCGGGGA AGUGAAACAU CUCAGUACCC GUAGGAAGAG AAAACAAAAU GUGAUUCCGU GA GUAGUGG CGAGCGAAAG CGGAGGAUGG CUAAACCGUA UGCAUGUGAU ACCGGGUAGG GGUUGUGUGU GCGGGGUUGU GGG ACCUAU CUUUCCGGCU CUACCUGGCU GGAGGGCAGU GAGAAAAUGU UGUGGUUAGC GGAAAUGGCU UGGGAUGGCC UGCC GUAGA CGGUGAGAGC CCGGUACGUG AAAACCCGAC GUCUGUCUUG AUGGUGUUCC CGAGUAGCAG CGGGCCCGUG GAAUC UGCU GUGAAUCUGC CGGGACCACC CGGUAAGCCU GAAUACUUCC CAGUGACCGA UAGCGGAUUA GUACCGUGAG GGAAUG GUG AAAAGUACCC CGGGAGGGGA GUGAAAGAGU ACCUGAAACC GUGCGCUUAC AAUCCGUCAG AGCCCUCGAC GUGUCGU GG GGUGAUGGCG UGCCUUUUGA AGAAUGAGCC UGCGAGUCAG GGACAUGUCG CGAGGUUAAC CCGGGUGGGG UAGCCGCA G CGAAAGCGAG UCUGAAUAGG GCGUAUCCAC ACAAGAGUGU GUGGUGUAGU GGUGUGUUCU GGACCCGAAG CGGAGUGAU CUACCCAUGG CCAGGGUGAA GCGCGGGUAA GACCGCGUGG AGGCCCGAAC CCACUUAGGU UGAAGACUGA GGGGAUGAGC UGUGGGUAG GGGUGAAAGG CCAAUCAAAC UCCGUGAUAG CUGGUUCUCC CCGAAAUGCA UUUAGGUGCA GCGUCGCAUG U UUCUUGCC GGAGGUAGAG CUACUGGAUG GCCGAUGGGC CCCACAGGGU UACUGACGUC AGCCAAACUC CGAAUGCCGG UA AGUCCAA GAGUGCGGCA GUGAGACGGC GGGGGAUAAG CUCCGUGCGU CGAGAGGGAA ACAGCCCAGA UCGCCGGCUA AGG CCCCUA AGCGUGUGCU AAGUGGAAAA GGAUGUGCAG UCGCGAAGAC AACCAGGAGG UUGGCUUAGA AGCAGCCACC CUUG AAAGA GUGCGUAAUA GCUCACUGGU CAAGUGAUUG UGCGCCGAUA AUGUAGCGGG GCUCAAGCAC ACCGCCGAAG CCGCG GCAG CCAACGUGUU GGCUGGGUAG GGGAGCGUCC UGCAUCCGGU GAAGCCGCCG AGUGAUCGAG UGGUGGAGGG UGUGGG AGU GAGAAUGCAG GCAUGAGUAG CGAUUAGGCA AGUGAGAACC UUGCCCGCCG AAAGACCAAG GGUUCCUGGG CCAGGCC AG UCCGCCCAGG GUGAGUCGGG ACCUAAGGCG AGGCCGACAG GCGUAGUCGA UGGACAACGG GUUGAUAUUC CCGUACCC G UGUAUGUGCG UCCAUGAUGA AUCAGCGGUA CUAACCAUCC AAAACCACCG UGACCGCACC UUUCGGGGUG UGGCGUUGG UGGGGCUGCA UGGGACCUUC GUUGGUAGUA GUCAAGCGAU GGGGUGACGC AGGAAGGUAG CCGUACCGGU CAGUGGUAAU ACCGGGGUA AGCCUGUAGG GAGUCAGAUA GGUAAAUCCG UCUGGCAUAU AUCCUGAGAG GUGAUGCAUA GCCGAGUGAG G CGAAUUCG GUGAUCCUAU GCUGCCGAGA AAAGCCUCUA GCGAGGACAU ACACGGCCCG UACCCCAAAC CAACACAGGU GG UCAGGUA GAGAAUACUA AGGCGUACGA GUGAACUAUG GUUAAGGAAC UCGGCAAAAU GCCCCCGUAA CUUCGGGAGA AGG GGGACC CACAUGGCGU GUAAGCCUUU ACGGCCCAAG CGUGAGUGGG UGGCACAAAC CAGUGAGAAG CGACUGUUUA CUAA AAACA CAGGUCCGUG CGAAGUCGCA AGACGAUGUA UACGGACUGA CGCCUGCCCG GUGCUGGAAG GUUAAGAGGA CCCGU UAAC UCCCUUUGGG GGUGAAGCGG AGAAUUUAAG CCCCAGUAAA CGGCGGUGGU AACUAUAACC AUCCUAAGGU AGCGAA AUU CCUUGUCGGG UAAGUUCCGA CCUGCACGAA UGGCGUAACG ACUUCUCAAC UGUCUCAACC AUAGACUCGG CGAAAUU GC ACUACGAGUA AAGAUGCUCG UUACGCGCGG CAGGACGAAA AGACCCCGGG ACCUUCACUA CAACUUGGUA UUGGUGCU C GAUACGGUUU GUGUAGGAUA GGUGGGAGAC UGUGAAGCUC ACACGCCAGU GUGGGUGGAG UCGUUGUUGA AAUACCACU CUGAUCGUAU UGGGCCUCUA ACCUCGGACC GUAUAUCCGG UUCAGGGACA GUGCCUGGUG GGUAGUUUAA CUGGGGCGGU UGCCUCCUA AAAUGUAACG GAGGCGCCCA AAGGUUCCCU CAACCUGGAC GGCAAUCAGG UGUUGAGUGU AAGUGCACAA G GGAGCUUG ACUGCGAGAC GGACAUGUCG AGCAGGGACG AAAGUCGGGA CUAGUGAUCC GGCACCUCUG AGUGGAAGGG GU GUCGCUC AACGGAUAAA AGGUACCCCG GGGAUAACAG GCUGAUCUUC CCCAAGAGUC CAUAUCGACG GGAUGGUUUG GCA CCUCGA UGUCGGCUCG UCGCAUCCUG GGGCUGGAGC AGGUCCCAAG GGUUGGGCUG UUCGCCCAUU AAAGCGGCAC GCGA GCUGG GUUUAGAACG UCGUGAGACA GUUCGGUCUC UAUCCGCCGC GCGCGUCAGA AGCUUGAGGA AACCUGUCCC UAGUA CGAG AGGACCGGGA CGGACGAACC UCUGGUAUAC CAGUUGUCCC ACCAGGGGCA CGGCUGGAUA GCCACGUUCG GACAGG AUA ACCGCUGAAA GCAUCUAAGC GGGAAACCUC UUCCAAGACC AGGCUUCUCA CCCUCUAGGA GGGAUAAGGC CCCCCGC AG ACCACGGGAU UGAUAGACCA GACCUGGAAG CCUAGUAAUA GGUGCAGGGA ACUGGCACUA ACCGGCCGAA AACUUAC

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分子 #37: 16S rRNA (1511-MER)

分子名称: 16S rRNA (1511-MER) / タイプ: rna / ID: 37 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 490.111719 KDa
配列文字列: UUUGGAGAGU UUGAUCCUGG CUCAGGACGA ACGCUGGCGG CGUGCUUAAC ACAUGCAAGU CGAACGGAAA GGCCCUUUCG GGGGUACUC GAGUGGCGAA CGGGUGAGUA ACACGUGGGU GAUCUGCCCU GCACUUUGGG AUAAGCCUGG GAAACUGGGU C UAAUACCG ...文字列:
UUUGGAGAGU UUGAUCCUGG CUCAGGACGA ACGCUGGCGG CGUGCUUAAC ACAUGCAAGU CGAACGGAAA GGCCCUUUCG GGGGUACUC GAGUGGCGAA CGGGUGAGUA ACACGUGGGU GAUCUGCCCU GCACUUUGGG AUAAGCCUGG GAAACUGGGU C UAAUACCG AAUACACCCU GCUGGUCGCA UGGCCUGGUA GGGGAAAGCU UUUGCGGUGU GGGAUGGGCC CGCGGCCUAU CA GCUUGUU GGUGGGGUGA UGGCCUACCA AGGCGACGAC GGGUAGCCGG CCUGAGAGGG UGACCGGCCA CACUGGGACU GAG AUACGG CCCAGACUCC UACGGGAGGC AGCAGUGGGG AAUAUUGCAC AAUGGGCGCA AGCCUGAUGC AGCGACGCCG CGUG AGGGA UGACGGCCUU CGGGUUGUAA ACCUCUUUCA GCACAGACGA AGCGCAAGUG ACGGUAUGUG CAGAAGAAGG ACCGG CCAA CUACGUGCCA GCAGCCGCGG UAAUACGUAG GGUCCGAGCG UUGUCCGGAA UUACUGGGCG UAAAGAGCUC GUAGGU GGU UUGUCGCGUU GUUCGUGAAA ACUCACAGCU UAACUGUGGG CGUGCGGGCG AUACGGGCAG ACUAGAGUAC UGCAGGG GA GACUGGAAUU CCUGGUGUAG CGGUGGAAUG CGCAGAUAUC AGGAGGAACA CCGGUGGCGA AGGCGGGUCU CUGGGCAG U AACUGACGCU GAGGAGCGAA AGCGUGGGGA GCGAACAGGA UUAGAUACCC UGGUAGUCCA CGCCGUAAAC GGUGGGUAC UAGGUGUGGG UUUCCUUCCU UGGGAUCCGU GCCGUAGCUA ACGCAUUAAG UACCCCGCCU GGGGAGUACG GCCGCAAGGC UAAAACUCA AAGGAAUUGA CGGGGGCCCG CACAAGCGGC GGAGCAUGUG GAUUAAUUCG AUGCAACGCG AAGAACCUUA C CUGGGUUU GACAUGCACA GGACGCCGGC AGAGAUGUCG GUUCCCUUGU GGCCUGUGUG CAGGUGGUGC AUGGCUGUCG UC AGCUCGU GUCGUGAGAU GUUGGGUUAA GUCCCGCAAC GAGCGCAACC CUUGUCUCAU GUUGCCAGCA CGUUAUGGUG GGG ACUCGU GAGAGACUGC CGGGGUCAAC UCGGAGGAAG GUGGGGAUGA CGUCAAGUCA UCAUGCCCCU UAUGUCCAGG GCUU CACAC AUGCUACAAU GGCCGGUACA AAGGGCUGCG AUGCCGUGAG GUGGAGCGAA UCCUUUCAAA GCCGGUCUCA GUUCG GAUC GGGGUCUGCA ACUCGACCCC GUGAAGUCGG AGUCGCUAGU AAUCGCAGAU CAGCAACGCU GCGGUGAAUA CGUUCC CGG GCCUUGUACA CACCGCCCGU CACGUCAUGA AAGUCGGUAA CACCCGAAGC CGGUGGCCUA ACCCUUGUGG AGGGAGC CG UCGAAGGUGG GAUCGGCGAU UGGGACGAAG UCGUAACAAG GUAGCCGUAC CGGAAGGUGC GGCUGGAUC

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分子 #54: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 54 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 6.502976 KDa
配列文字列:
AGGAGGUAAA AAUGUUCAAA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 66.59 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1928609
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6dzi

初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0-beta-2)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0-beta-2)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0-beta-2) / 使用した粒子像数: 36321
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8fr8:
Structure of Mycobacterium smegmatis Rsh bound to a 70S translation initiation complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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