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- EMDB-29304: The structure of a 50S ribosomal subunit in the Lyme disease path... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29304
タイトルThe structure of a 50S ribosomal subunit in the Lyme disease pathogen Borreliella burgdorferi
マップデータBorreliella burgdorferi 50S ribosomal subunit
試料
  • 複合体: 50S ribosomal subunitProkaryotic large ribosomal subunit
    • RNA: x 2種
    • タンパク質・ペプチド: x 32種
  • リガンド: x 1種
キーワードhibernating ribosome / bacterial (細菌) / pathogen (病原体) / 50S / translation (翻訳 (生物学)) / RIBOSOME (リボソーム)
機能・相同性
機能・相同性情報


primary metabolic process / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム ...primary metabolic process / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L31 type B / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal ...Ribosomal protein L31 type B / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L14P, bacterial-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL31B / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 ...Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL31B / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Ribosomal subunit interface protein / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3
類似検索 - 構成要素
生物種Borreliella burgdorferi (バクテリア) / Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Sharma MR / Manjari SR / Agrawal EK / Keshavan P / Koripella RK / Majumdar S / Marcinkiewicz AL / Lin YP / Agrawal RK / Banavali NK
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM61576 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The structure of a hibernating ribosome in a Lyme disease pathogen.
著者: Manjuli R Sharma / Swati R Manjari / Ekansh K Agrawal / Pooja Keshavan / Ravi K Koripella / Soneya Majumdar / Ashley L Marcinkiewicz / Yi-Pin Lin / Rajendra K Agrawal / Nilesh K Banavali /
要旨: The spirochete bacterial pathogen Borrelia (Borreliella) burgdorferi (Bbu) affects more than 10% of the world population and causes Lyme disease in about half a million people in the US annually. ...The spirochete bacterial pathogen Borrelia (Borreliella) burgdorferi (Bbu) affects more than 10% of the world population and causes Lyme disease in about half a million people in the US annually. Therapy for Lyme disease includes antibiotics that target the Bbu ribosome. Here we present the structure of the Bbu 70S ribosome obtained by single particle cryo-electron microscopy at 2.9 Å resolution, revealing a bound hibernation promotion factor protein and two genetically non-annotated ribosomal proteins bS22 and bL38. The ribosomal protein uL30 in Bbu has an N-terminal α-helical extension, partly resembling the mycobacterial bL37 protein, suggesting evolution of bL37 and a shorter uL30 from a longer uL30 protein. Its analogy to proteins uL30m and mL63 in mammalian mitochondrial ribosomes also suggests a plausible evolutionary pathway for expansion of protein content in mammalian mitochondrial ribosomes. Computational binding free energy predictions for antibiotics reflect subtle distinctions in antibiotic-binding sites in the Bbu ribosome. Discovery of these features in the Bbu ribosome may enable better ribosome-targeted antibiotic design for Lyme disease treatment.
履歴
登録2022年12月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月8日-
マップ公開2023年11月8日-
更新2023年11月8日-
現状2023年11月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29304.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29304.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Borreliella burgdorferi 50S ribosomal subunit
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0961 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.30854878 - 0.78340226
平均 (標準偏差)-0.0021739956 (±0.038717087)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 493.245 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_29304_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Borreliella burgdorferi 50S ribosomal subunit half map B

ファイルemd_29304_half_map_1.map
注釈Borreliella burgdorferi 50S ribosomal subunit half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Borreliella burgdorferi 50S ribosomal subunit half map A

ファイルemd_29304_half_map_2.map
注釈Borreliella burgdorferi 50S ribosomal subunit half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 50S ribosomal subunit

全体名称: 50S ribosomal subunitProkaryotic large ribosomal subunit
要素
  • 複合体: 50S ribosomal subunitProkaryotic large ribosomal subunit
    • RNA: 23S ribosomal RNA23SリボソームRNA
    • RNA: 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L10
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L11
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein uL30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31 type Bリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein bL38
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: 50S ribosomal subunit

超分子名称: 50S ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#34
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi (バクテリア) / 株: B31

+
分子 #1: 23S ribosomal RNA

分子名称: 23S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 948.648188 KDa
配列文字列: UGGUCAAAGU AAUAAGAGUC UAUGGUGAAU GCCUAGGAGC UUUAAGGCGA AGAAGGUCGU GGUAAGCUGC GAAAAGCUUG GGGGAGAAG CAAACAUUUA UUGAUCCCAA GAUUACCGAA UGGAGUAAUC CAGCUAGCAA GAUGCUAGCU AUCUAUUAUU U AAAUAAUA ...文字列:
UGGUCAAAGU AAUAAGAGUC UAUGGUGAAU GCCUAGGAGC UUUAAGGCGA AGAAGGUCGU GGUAAGCUGC GAAAAGCUUG GGGGAGAAG CAAACAUUUA UUGAUCCCAA GAUUACCGAA UGGAGUAAUC CAGCUAGCAA GAUGCUAGCU AUCUAUUAUU U AAAUAAUA GAGGCGAUAC CAGGGGAAGU GAACCAUCUA AGUACCCUGA GGAAAAGAAA UCAAAGAGAU UCCCUUAGUA GU GGCGAGC GAAAAGGGAG UAGCCCAAAC UUUAAAUGUG UCAAGCUGCA GAGCGUUGCA UUUAUGGGGU UGUAGGACGU UUA GGCUUA GUCUGUAAUA AGCAAAAAAG UUACAAAAUA UUUAUAUAGA AGAAUAAUCU GGAAAGUUUA ACCAAAGAAG GUGA UAGUC CUGUAAUUUA AAUGUAAAUA UCUUUUUAAA AUGUUCCUGA GUAGGACGAG GCACGAGAAA CCUUGUUUGA AGCUG GGGA GACCACUCUC CAAGGCUAAA UACUAGAAAG CUACCGAUAG AGAAGAGUAC CGUGAGGGAA AGGUGAAAAG AACCCC GGG AGGGGAGUGA AAUAGAACUG AAACCGUAGA CUUACAAGCA GUCAAAGCCG UAAUUUAUUG CGGUGAUGGC GUGCCUU UU GCAUAAUGAA CCUGCGAGUU AUCAUGUCUA GCAAGAUUAA AGCAUAGAAG UGCUGGAGUC GAAGCGAAAG CGAGUCUU A AAAGGGCGAU UUAGUUAGAU GUGGUAGACC CGAAGCCGAG UGAUCUAUUU AUGGCCAGGC UGAAGCUUGG GUAAAACCA AGUGGAGGGC CGAACUCUAG UCUGUUUAAA AAGGCAGGGA UGAGCUGUGA AUAGGAGUGA AAGGCUAAAC AAACUCGGAG AUAGCUGGU UCUCCCCGAA AUGGAUUUAA GUUCAGCCUU AUUUUAGUUU AAUAGAGGUA GAGCACUAAU UGAGCUAGGG C CUGUCAAA GGGUACCAAA CUCAGUUAAA CUCCGAAUGC UAUUAAAUGA UGAAUAGGAG UGAGACUAUG GGCGAUAAGG UU CAUAGUC GAGAGGGAAA CAACCCAGAC CAACAGCUAA GGUCUCAAAA AUGUGUUAAG UGGAAAAGGA GGUUUAGGUA CGU AAACAG CCAGGAGGUU GGCUUAGAAG CAGCCAUACC UUUAAAGAGU GCGUAAUAGC UCACUGGUCG AGUACUUAAG CGCC GAUAA UGUAACGGGG CUAAACACAU UACCGAAGCU UUGGAUCUUA ACGAAAGUUA AGAUGGUAGG GGAGCGUUCU GUAAG CCAG AGAAGUUAAG CUGGAAAGUU UGAUGGAGGU AUCAGAAGUG AGAAUGCAGG UAUGAGUAAC GAAAAAAUGG GUGAGA UUC CCAUUCGCCG AAAACCUAAG GUUUCCUGGG UAAAGGUCGU CUUCCCAGGG UUAGUCGGCC CCUAAGGCAA AGCUGAA AA GUGUAGUCGA UGGGAAACGG GUUAAUAUUC CCGUACCUCU UAUAGUUUCG AUGGAGUGAC GCAUGAGGUU AACUACUG C UAGGCGAUGG UUGUCCUAGU UUAAGCAUUA AGGCGAUGAU CUUAAUAGGA AAAUCCGUUA AGAGAGCUAA GAUGUGAUG AUGAGUGCUA UUUAGGUAGC AUGAAAUGUA GGUAGUCAAG GUGCCAAGAA AUAGCUUCUA AGGUUAGGCU AUAAGGGACC GUACCGCAA ACCGACACAG GUAGGUGGGA UGAAAAUUCU AAGGCGCGCG AGAGAAUCCA CGUUAAGGAA CUCUGCAAAA U ACGUACGU AACUUCGGGA UAAGUACGAC CUAAGCAAUU AGGUAGCAUA AAAAUGGUCC AAACGACUGU UUACCAAAAA CA CAGGUCU CUGCAAAUCU GUAAAGAGAA GUAUAGGGAC UGACACCUGC CCGGUGCUGG AAGGUUAAGA GGAGAUGUUA GUU UAUGCG AAGCAUUGAA UUUAAGCCCC AGUAAACGGC GGCCGUAACU AUAACGGUCC UAAGGUAGCG AAAUUCCUUG UCGG GUAAG UUCCGACCCG CACGAAUGGU GUAACGAUUU GGACGCUGUC UCAACGUGGA GCUCGGUGAA AUUGAAGUAU CGGUG AAGA UGCCGAUUAC UUGUGGUUAG ACGGAAAGAC CCCGUGAACC UUUACUAUAG CUUGGUAUUG AGAUUUGAUU AAAUAU GUG UAGGAUAGGU GGGAGACUUU GAAGCUAUCU CGUCAGGGGU AGUGGAGUCA AUCUUGAAAU ACCACCCUUG UUUAAUU AG GUUUCUAACU UAUAGAAAUA UGAGGAGAGU GCCAGGUGGG UAGUUUGACU GGGGCGGUCG CCUCCUAAAG AGUAACGG A GGUGCGCAAA GGUUACCUUA GAGUGGUUGG AAAUCACUCU GUAAGUGUAA AGGCAUAAGG UAGCUUAACU GUAAGACUG ACAAGUCGAA CAGAUACGAA AGUAGGUCUU AGUGAUCUGG CGGUGGCAAG UGGAAGCGCC GUCACUUAAC GAAUAAAAGG UACUCCGGG GAUAACAGGC UUAUCCUUCC CAAGAGUUCA CAUCGACGGA AGGGUUUGGC ACCUCGAUGU CGGCUCAUCG C AUCCUAGG GCUGGAGCAG GUCCUAAGGG UAUGGCUGUU CGCCAUUUAA AGCGGUACGC GAGCUGGGUU CAGAACGUCG UG AGACAGU UUGGUCCCUA UCUGCCACAA GCGUUGGAUA UUUGAGAGGA GCUAUCUUUA GUACGAGAGG ACCGAGAUGG ACG AACCUC UAGUGUGCCA GUUAUCCUGC CAAGGGUAAG UGCUGGGUAG CUACGUUCGG AAAGGAUAAC CGCUGAAAGC AUCU AAGUG GGAAGCCUUC CUCAAGAUGA GAUAUCCUUU AAGGGUCCUG GAAGAAUACC AGGUUGAUAG GUUAGAAGUG UAAGU AUAG CAAUAUAUUA AGCUGACUAA UACUAAUUAC CCGUAUCUUU GGCCA

GENBANK: GENBANK: AE000783.1

+
分子 #2: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 36.188477 KDa
配列文字列:
CCCUGGUGGU UAAAGAAAAG AGGAAACACC UGUUAUCAUU CCGAACACAG AAGUUAAGCU CUUAUUCGCU GAUGGUACUG CGAGUUCGC GGGAGAGUAG GUUAUUGCCA GGG

GENBANK: GENBANK: AE000783.1

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 30.65557 KDa
配列文字列: MGIKTYKPKT SSLRYKTTLS FDDLSKGNDP LKSLTKGKKF KSGRDSSGRI SIRRRGGGHK RKYRLIDFNR RDKFSIPARV ASIEYDPNR SANIALLVYK DGEKRYIISP KGIKVGDVLE SGPNAPIKIG NALPLENIPI GRTVHNIELN VGKGGQLIRS A GGYAMILA ...文字列:
MGIKTYKPKT SSLRYKTTLS FDDLSKGNDP LKSLTKGKKF KSGRDSSGRI SIRRRGGGHK RKYRLIDFNR RDKFSIPARV ASIEYDPNR SANIALLVYK DGEKRYIISP KGIKVGDVLE SGPNAPIKIG NALPLENIPI GRTVHNIELN VGKGGQLIRS A GGYAMILA SDGNYVTVKL SSGEMRLIFK KCIATIGEIG NEDYANISIG KAGKSRWLGR RPKVRGVAMN PVDHPHGGGE GK TSGGRHP VSPWGQPTKG YKTRKKKRYS DKFIIKRRNK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 22.265965 KDa
配列文字列: MLGLIGKKVG MTQIFQKNGI VVPVTVIEFQ PNYIIGKKTV DRDGYSALIA GSVDLKSSKV SKPIKGQYKS LKDIEPKRYV IELKGLDGY DAGDEIKVDV FKSVKYVDVT GTTKGKGFQG AMKRHNFSGG PSSHGSKFHR HLGGTGQATT PARTFKGTKM A GRMAGNQQ ...文字列:
MLGLIGKKVG MTQIFQKNGI VVPVTVIEFQ PNYIIGKKTV DRDGYSALIA GSVDLKSSKV SKPIKGQYKS LKDIEPKRYV IELKGLDGY DAGDEIKVDV FKSVKYVDVT GTTKGKGFQG AMKRHNFSGG PSSHGSKFHR HLGGTGQATT PARTFKGTKM A GRMAGNQQ TIQNLEVVLI DEEKRALLVK GAVPGAKGSF VVVKKSKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 23.535393 KDa
配列文字列: MERKVFSKDG KEIGTINLDD RVFNIEISHG SIYNAIKNEL SNLRVGTSST KTRSEVRGSS KKPWKQKGTG RARVGTKRNP VWIGGGIAL GPKPRDYSYR LPKKVKKLAF KSVLSLRAAD ENSFKVIENF NVESGKTKDL ALIIKNFASF NGKVVILLGN D DQMIKRAG ...文字列:
MERKVFSKDG KEIGTINLDD RVFNIEISHG SIYNAIKNEL SNLRVGTSST KTRSEVRGSS KKPWKQKGTG RARVGTKRNP VWIGGGIAL GPKPRDYSYR LPKKVKKLAF KSVLSLRAAD ENSFKVIENF NVESGKTKDL ALIIKNFASF NGKVVILLGN D DQMIKRAG KNIRDLKILS FDKLRVVDLF YAKNLIALES AVNKLNEFYI K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 20.445861 KDa
配列文字列:
MNYVPELKKY YKDSVIKELV KEFEYKSIMQ VPKLEKIVIS VGVGEAVRNK KLLDSAVLEL AQITGQKAVK TKAKKAIAGF KIRQGQEIG AKVTLRGNAM YEFLYKLIHL ALPRVKDFRG INGDAFDGNG NYSFGITEQI IFSEIDYDKI ERISGLNITI V TTASNDKE SKALLLKFGM PFSN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 19.972275 KDa
配列文字列:
MSRIGRLPIK IPDAVKVDVK DNLVIVEGIR GRLVQDIKDS INVKVENGSV IVDRVLNDKK AKAYHGLYRS LIFNMVKGVT EGFSKSLTI NGIGYRVEQQ GNSLFLSLGY STQFEYVIPD GISVKLDGNT KISVEGIDKF KVGQVAAEIR SLKKPEPYKG K GIKYDNEV IRRKVGKSGV KK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 17.121998 KDa
配列文字列:
MKVILKEDFI NLGKEGDTVE VRDGFARNYL LPKGFAVFSN KHNIEIFNQK RRSILKKQEA KKQMANDLKS KLDLVKLEFF MKSNDSGKL FHSINSLNIA DELLKLGFDI ERKKIDIHHG TLKTFGTYDV TIKLYEGISS IIKVEIKKE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL9

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L10

分子名称: 50S ribosomal protein L10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 18.086355 KDa
配列文字列:
MSAKINAKKL EMFDLLKQFI DSKQNLFFLD YRGLNVAQLT ELRNKIEGEH GSLKVVKNNI MKMVLKEKNI NVVDSCLVGP TVVVTALEE ANVIAKIFYD FVKSSTLKVK GGFVLGEFYD EAKVQAYSKL PTKKESISLF ASVLKAPVSK LARTLKALAD V KN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL10

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L11

分子名称: 50S ribosomal protein L11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 14.731271 KDa
配列文字列:
KAISWIKLQV PAAQAAPGAK IGQALGPHGV SGPQFVKEFN ERTAKMDPGI VVPVIITVYS DKSFSFIVKT PPASILIKKA IGIESGSKK SNTDKVGTIS KEKLMEIARI KMSDLNAKSE SAAFKIIAGS ARSMGVEVEK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL11

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 16.594471 KDa
配列文字列:
NKITNNDTIW IKPKTVEKKW YVIDAADRIL GKVAVDVVKI LRGKHKAYYT PHQDLGDNVI IINASKVKLT GKKYQQKLYY RHSRYPGGL YSDTFRTLSE RKPCAPLEIA IKGMLPKGPL GRNLFRNLKV FSGSEHTLKA QNPIKL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 13.465821 KDa
配列文字列:
MIQMQTYLTI ADNTGGKVAQ CIKVLGGSKR RYAKIGDIIT IVVKQAIPNS SVKKGDVYKA VIVRTSKEVR RKNGTYVRFD DNACVILDA NLSPRGKRVF GPVARELRDA NFMKVVSLAS EVI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 16.072958 KDa
配列文字列:
MFNLLKPKGA SKRRKIVGRG PGSGLGKTSG RGQKGQKARN TSPRLGFEGG QTPLYRRLPR KGFSNSDYKL EYAIVNLGDI DKKFKDGQV VNYDTLLENK LIKKKNKKIK ILSNGKLTKK VSFEVSKISK SAESLVIKIG CTIQLV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 15.598465 KDa
配列文字列:
MLSPKKVKYR KKQRGRLSGE AQKGNKISFG EYGLVSLETN FITARQIEAA RIAMTRKIKR GGRVWIRIFP DIPYTKKPAE TRMGKGKGG VDHWNAPVKL GTVMFEMSGV VEELAQEAMS LASSKLPVKT MFVVRRDLR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 14.308107 KDa
配列文字列:
MKTKLGFNRL SRKSSHRRAL LKNMVISFFK HEKISSTKTK LFEVKRFAER LITRAKVDTV HNRRELSKFI HDKHILNKLF TKISPVFRQ RSGGYTRMIK LGKRYGDAAE MAILELVEKP LK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 13.753123 KDa
配列文字列:
MKKIKEAEQR KLRRKKRIKD KIGRGVASRP RITVFKSNRY FYAQVIDDSK GHTIASISTI EKSLNLGKNI DDVKKLGEVL AKRLKEKNI NNLIFDRNGY KYHGLIASFA TSLREFGINI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 13.544148 KDa
配列文字列:
MDLIRKIEAQ NKKNEAFVFN VGDTVRVVYK IIEGSNERLQ SFEGIVISFQ NKGIGKTFLI RKISSGIGVE KIFPVYSPII EKVEVLRRG KVRRAKLYYM RNRIGKAAMK IKERLTIK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 13.415998 KDa
配列文字列:
ARAKNGTVHV ARRKRILKKT KGFWGTKKSN YKKAKDTLRK GMMYATRDRK VRKRDFRRLW ISRISAALSD TGVTYSRFIE GLLKSNIKI NRKILSNLAI EDVEAFKKIV LEIRR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 12.204228 KDa
配列文字列:
MYALVEINGK QYKAIEGEFL KIDKISPVEK DKLEFNSVLL INKDGEVKIG KPYVVNSLIR CTYKEDKKDK KVVSYRYRRR KSSERKVGH RQTYSYILVD EIVF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 13.150511 KDa
配列文字列:
LVNRRYTAKG KNLPSSPKKV RPIADNIRGE SYIKAIAVLC SMPNKGAKLL EKVVKSAASN AMYHNKNLSE DMIFVKTVMV DDGRRRKKI WPRARGRADR LVNRNCHIFV EVDEKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 11.164223 KDa
配列文字列:
MKAYDIIVSP MLTEKTNTQR ESINVYVFKV NKRANKKEVG AAIKELFNVT PVSCNLLNIK SKAKVVVSRK GYPIGKGKTS SWKKAYVYL KKEDKIDIF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 11.467756 KDa
配列文字列:
MKTKLKIGDS VKILSGKDRG RIGKIASINR KKNKVIVESC NMVKKVIKAR TPQEKGRIID KEAAIDISNV MIFVKGTSSR LGIRFENNE KIRYLKKNGQ RI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 20.347449 KDa
配列文字列:
ENSRVLSCQY RSSFGSSNAR RIRAKSEIPA VVYGQGKDVS HLRIKSSEFN KKFAKFTDNT VLILDDGKLE RCVFVKDAAE NIASKLIYH IDFYEVDRNV ELEKYVPIKL IGASIGVKEG GILTVLKEQV KVRSLPLDLP EFIELDLTPV NKGDSVLLKD L VLPSNVRL AENDENLEVV IIK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL25

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 8.104452 KDa
配列文字列:
GSSKNGRDSI SKRLGVKRSG GQFVKAGEII VRQRGTKFHK GKNVGLGRDY TIFALSSGKV EFKTLKGRKY VSIV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 10.069145 KDa
配列文字列:
ARKCEITGKK TMFGNNVPRK GLAKKKGGAG QHIGVKTKRT FKVNLINKKF FIPNLGRSVS IKVSANALRS ISKIGLDAFL KKNCKKIEN FL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 7.915463 KDa
配列文字列:
MKNFKNFTLE DMKAKRLELK KEYLDLRFKS VVGHVENPLK KREIRRDIAR LNTMICEYEL GIRKV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #27: 50S ribosomal protein uL30

分子名称: 50S ribosomal protein uL30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 11.661239 KDa
配列文字列:
IKRKLRLQLK KARFNASRSR SKNKCFIKRM ENNRKIISKN NINVQVFLVR SLIGKLNKKV KVLKALGLNK IGDKKVHFLN ESIKGMLNE TINMILLSEV M

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L31 type B

分子名称: 50S ribosomal protein L31 type B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 9.318736 KDa
配列文字列:
MRKDIHPKNN LVVFKDGSNG AMFLTKSTLN SKETIKYIDG KEYPLVTVEI TSKSHPFYTG QQKFVDAAGR IDKFNKRYKK S

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL31B

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 6.960201 KDa
配列文字列:
AVPKFKPSKS RSRTRRSINM RKKIPQFQEC SNCGNLGVRH RICLKCGYYR NNQYLEIGL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 6.100251 KDa
配列文字列:
AVELISLICE ETGIRNYTTT KNRRNKQEKL ELMKYCPKLR KHTLHKEGKI K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 6.0594 KDa
配列文字列:
MKRTYQPSRV KRNRKFGFRA RMKTKGGRLI LSRRRAKGRM KLTVSDEKKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #32: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 7.840516 KDa
配列文字列:
MANKMKTRKS AKKRYSFTVN GKVKYKKQNL RHILTKKSSK RKRNLRKSGN LSCFEVKRIK TLLPYG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #33: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 4.418586 KDa
配列文字列:
MKVRVSVKPI CEKCKVIKRK GVLRIICDNL KHKQRQK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36

+
分子 #34: 50S ribosomal protein bL38

分子名称: 50S ribosomal protein bL38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
分子量理論値: 5.351283 KDa
配列文字列:
RVGSKELISR WGGKIIMKSK FENGKIKHYA ECQTSKNTAR KPRDLF

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #35: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
30.0 mMNH4ClAmmonium chloride
10.0 mMMgCl2Magnesium chloride

詳細: HMA-10 buffer
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.001 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8200000000000001 µm
倍率（公称値）: 105000
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 30 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4661 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 67.527 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 541319
初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 使用した粒子像数: 12449
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 2
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8fmw:
The structure of a hibernating ribosome in the Lyme disease pathogen

PDB-8fn2:
The structure of a 50S ribosomal subunit in the Lyme disease pathogen Borreliella burgdorferi

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る