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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28993 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Cascade-DNA-TniQ-TnsC complex in type I-B CAST system | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | CRISPR (CRISPR) / DNA recognition (DNA型鑑定) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Peltigera membranacea (ウスバイヌツメゴケ) / Nostoc sp. 'Peltigera membranacea cyanobiont' 210A (バクテリア) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å | |||||||||
データ登録者 | Chang L / Wang S | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2023 タイトル: Molecular mechanism for Tn7-like transposon recruitment by a type I-B CRISPR effector. 著者: Shukun Wang / Clinton Gabel / Romana Siddique / Thomas Klose / Leifu Chang / 要旨: Tn7-like transposons have co-opted CRISPR-Cas systems to facilitate the movement of their own DNA. These CRISPR-associated transposons (CASTs) are promising tools for programmable gene knockin. A key ...Tn7-like transposons have co-opted CRISPR-Cas systems to facilitate the movement of their own DNA. These CRISPR-associated transposons (CASTs) are promising tools for programmable gene knockin. A key feature of CASTs is their ability to recruit Tn7-like transposons to nuclease-deficient CRISPR effectors. However, how Tn7-like transposons are recruited by diverse CRISPR effectors remains poorly understood. Here, we present the cryo-EM structure of a recruitment complex comprising the Cascade complex, TniQ, TnsC, and the target DNA in the type I-B CAST from Peltigera membranacea cyanobiont 210A. Target DNA recognition by Cascade induces conformational changes in Cas6 and primes TniQ recruitment through its C-terminal domain. The N-terminal domain of TniQ is bound to the seam region of the TnsC spiral heptamer. Our findings provide insights into the diverse mechanisms for the recruitment of Tn7-like transposons to CRISPR effectors and will aid in the development of CASTs as gene knockin tools. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28993.map.gz | 16.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28993-v30.xml emd-28993.xml | 24.8 KB 24.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_28993.png | 134.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-28993.cif.gz | 7.3 KB | ||
その他 | emd_28993_half_map_1.map.gz emd_28993_half_map_2.map.gz | 200.2 MB 200.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28993 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28993 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8fcuMC 8fcjC 8fcvC 8fcwC 8fcxC 8fd2C 8fd3C 8ff4C 8ff5C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28993.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.054 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_28993_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_28993_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Cascade-DNA-TniQ-TnsC complex
+超分子 #1: Cascade-DNA-TniQ-TnsC complex
+分子 #1: Type I-B CRISPR-associated protein Cas5
+分子 #2: Type I-B CRISPR-associated protein Cas6
+分子 #3: Type I-B CRISPR-associated protein Cas7
+分子 #4: Type I-MYXAN CRISPR-associated Cas8a1/Cmx1
+分子 #5: Type I-B CRISPR-associated protein Cas11
+分子 #9: TniQ
+分子 #10: TnsC
+分子 #6: RNA
+分子 #7: Target DNA strand
+分子 #8: Non-target DNA strand
+分子 #11: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #12: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 54.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 96534 |