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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28820 | |||||||||
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タイトル | phi-29 prohead MCP gp8 penton maturation intermediate, with associated scaffold gp7 tetramer | |||||||||
マップデータ | Phi-29 prohead MCP gp8 penton maturation intermediate, with associated scaffold gp7 tetramer | |||||||||
試料 |
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キーワード | bacteriophage (ファージ) / prohead / scaffold (足場) / HK97 fold / VIRUS (ウイルス) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral scaffold / viral procapsid / T=3 icosahedral viral capsid / virion assembly / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bacillus phage phi29 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Woodson ME / Morais MC / Jardine PJ / Zhang W / Prokhorov NS | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Scaffold Oligomers Control Prohead Expansion 著者: Woodson ME / Morais MC / Prokhorov NS / Scott SD / Zhang W / Choi KH / Jardine PJ | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28820.map.gz | 16.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28820-v30.xml emd-28820.xml | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_28820.png | 139.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-28820.cif.gz | 5.1 KB | ||
その他 | emd_28820_half_map_1.map.gz emd_28820_half_map_2.map.gz | 16.6 MB 16.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28820 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28820 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28820.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Phi-29 prohead MCP gp8 penton maturation intermediate, with associated scaffold gp7 tetramer | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.272 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_28820_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_28820_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Bacillus phage phi29
全体 | 名称: Bacillus phage phi29 (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Bacillus phage phi29
超分子 | 名称: Bacillus phage phi29 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2884424 / 生物種: Bacillus phage phi29 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 35.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: bacteriophage phi-29 major capsid protein gp 8
分子 | 名称: bacteriophage phi-29 major capsid protein gp 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MRITFNDVKT SLGITESYDI VNAIRNSQGD NFKSYVPLAT ANNVAEVGAG ILINQTVQND FITSLVDRI GLVVIRQVSL NNPLKKFKKG QIPLGRTIEE IYTDITKEKQ YDAEEAEQKV F EREMPNVK TLFHERNRQG FYHQTIQDDS LKTAFVSWGN FESFVSSIIN ...文字列: MRITFNDVKT SLGITESYDI VNAIRNSQGD NFKSYVPLAT ANNVAEVGAG ILINQTVQND FITSLVDRI GLVVIRQVSL NNPLKKFKKG QIPLGRTIEE IYTDITKEKQ YDAEEAEQKV F EREMPNVK TLFHERNRQG FYHQTIQDDS LKTAFVSWGN FESFVSSIIN AIYNSAEVDE YE YMKLLVD NYYSKGLFTT VKIDEPTSST GALTEFVKKM RATARKLTLP QGSRDWNSMA VRT RSYMED LHLIIDADLE AELDVDVLAK AFNMNRTDFL GNVTVIDGFA STGLEAVLVD KDWF MVYDN LHKMETVRNP RGLYWNYYYH VWQTLSVSRF ANAVAFVSGD VPAVTQVIVS PNIAA VKQG GQQQFTAYVR ATNAKDHKVV WSVEGGSTGT AITGDGLLSV SGNEDNQLTV KATVDI GTE DKPKLVVGEA VVSIRPNNAS GGAQA UniProtKB: Major capsid protein |
-分子 #2: bacteriophage phi-29 scaffolding protein gp 7
分子 | 名称: bacteriophage phi-29 scaffolding protein gp 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MPLKPEEHED ILNKLLDPEL AQSERTEALQ QLRVNYGSFV SEYNDLTKSH EKLAAEKDDL IVSNSKLFR QIGLTDKQEE DHKKADISET ITIEDLEAK UniProtKB: Capsid assembly scaffolding protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 98000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5593 / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 52655 |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: density from full capsid extracted with 'segger' |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) |
最終 3次元分類 | クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 500000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 204500 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
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