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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28283 | |||||||||
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タイトル | Subtomogram average of T4SS of Coxiella burnetii at pH7 with an inner membrane mask | |||||||||
マップデータ | T4SS of Coxiella burnetii at pH 7 with an inner membrane mask only | |||||||||
試料 |
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キーワード | Bacterial secretion system / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | |||||||||
生物種 | Coxiella burnetii (バクテリア) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 51.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Kaplan M / Shepherd DC / Vankadari N / Kim KW / Larson CL / Przemyslaw D / Beare PA / Krzymowski E / Heinzen RA / Jensen GJ / Ghosal D | |||||||||
資金援助 | 米国, オーストラリア, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Subtomogram average of T4SS of Coxiella burnetii at pH7 with an inner membrane mask 著者: Kaplan M / Shepherd DC / Vankadari N / Kim KW / Larson CL / Przemyslaw D / Beare PA / Krzymowski E / Heinzen RA / Jensen GJ / Ghosal D | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28283.map.gz | 578.5 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28283-v30.xml emd-28283.xml | 12.2 KB 12.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_28283.png | 53.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-28283.cif.gz | 3.8 KB | ||
その他 | emd_28283_half_map_1.map.gz emd_28283_half_map_2.map.gz | 559 KB 895.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28283 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28283 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28283.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | T4SS of Coxiella burnetii at pH 7 with an inner membrane mask only | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 8.073 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Even half map
ファイル | emd_28283_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Even half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Odd half map
ファイル | emd_28283_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Odd half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : T4SS of Coxiella burnetii at pH 7 with an inner membrane mask
全体 | 名称: T4SS of Coxiella burnetii at pH 7 with an inner membrane mask |
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要素 |
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-超分子 #1: T4SS of Coxiella burnetii at pH 7 with an inner membrane mask
超分子 | 名称: T4SS of Coxiella burnetii at pH 7 with an inner membrane mask タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Coxiella burnetii (バクテリア) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 8.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 6.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.625 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
抽出 | トモグラム数: 88 / 使用した粒子像数: 726 |
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最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C13 (13回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 51.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 726 |