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- EMDB-2827: Structure of the mitoribosome with a hyper-rotated 37S subunit fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2827
タイトルStructure of the mitoribosome with a hyper-rotated 37S subunit from yeast
マップデータSubtomogram average of the mitoribosome with a hyper-rotated 37S subunit from yeast
試料
  • 試料: Mitoribosome with a hyper-rotated 37S subunit in isolated mitochondria from yeast
  • 複合体: 73S mitoribosome
キーワードribosome (リボソーム) / mitoribosome / mitochondria (ミトコンドリア) / Mba1 / tomography subtomogram analysis
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 40.0 Å
データ登録者Pfeffer S / Woellhaf MW / Herrmann JM / Foerster F
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Organization of the mitochondrial translation machinery studied in situ by cryoelectron tomography.
著者: Stefan Pfeffer / Michael W Woellhaf / Johannes M Herrmann / Friedrich Förster /
要旨: Whereas the structure and function of cytosolic ribosomes have been studied in great detail, we know surprisingly little about the structural basis of mitochondrial protein synthesis. Here we used ...Whereas the structure and function of cytosolic ribosomes have been studied in great detail, we know surprisingly little about the structural basis of mitochondrial protein synthesis. Here we used cryoelectron tomography and subtomogram analysis to visualize mitoribosomes in isolated yeast mitochondria, avoiding perturbations during ribosomal purification. Most mitoribosomes reside in immediate proximity to the inner mitochondrial membrane, in line with their specialization in the synthesis of hydrophobic membrane proteins. The subtomogram average of membrane-associated mitoribosomes reveals two distinct membrane contact sites, formed by the 21S rRNA expansion segment 96-ES1 and the inner membrane protein Mba1. On the basis of our data, we further hypothesize that Mba1 is not just a passive mitoribosome receptor on the inner membrane, but that it spatially aligns mitoribosomes with the membrane insertion machinery. This study reveals detailed insights into the supramolecular organization of the mitochondrial translation machinery and its association with the inner membrane in translation-competent mitochondria.
履歴
登録2014年11月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年12月24日-
マップ公開2015年1月28日-
更新2015年1月28日-
現状2015年1月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.7
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 1.7
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2827.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2827.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of the mitoribosome with a hyper-rotated 37S subunit from yeast
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.24 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.7 / ムービー #1: 1.7
最小 - 最大-8.24723721 - 11.89826107
平均 (標準偏差)0.0 (±0.99999952)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 524.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.245.245.24
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z524.000524.000524.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-40-32-96
NX/NY/NZ8165193
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-8.24711.898-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mitoribosome with a hyper-rotated 37S subunit in isolated mitocho...

全体名称: Mitoribosome with a hyper-rotated 37S subunit in isolated mitochondria from yeast
要素
  • 試料: Mitoribosome with a hyper-rotated 37S subunit in isolated mitochondria from yeast
  • 複合体: 73S mitoribosome

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超分子 #1000: Mitoribosome with a hyper-rotated 37S subunit in isolated mitocho...

超分子名称: Mitoribosome with a hyper-rotated 37S subunit in isolated mitochondria from yeast
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: 73S mitoribosome

超分子名称: 73S mitoribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: D273-10B / 別称: Baker's yeast / Organelle: Mitochondrion

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 20 mM Hepes pH 7.6, 50 mM KCl, 2 mM MgCl2
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: No staining
グリッド詳細: Lacey carbon molybdenum grids
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内湿度: 60 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot time: 4s; blot force: 0

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
日付2013年11月10日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 平均電子線量: 100 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 40.0 Å / 解像度の算出法: OTHER
ソフトウェア - 名称: PyTom, tom_toolbox, av3_toolbox
使用したサブトモグラム数: 120
詳細Tomogram reconstruction and template matching against a single particle cryo-EM reconstruction of the 73S yeast mitoribosome were accomplished using PyTom. Tomogram areas corresponding to cross correlation peaks within mitochondria were visually inspected to identify true positive matches. For the retained coordinates, unbinned subtomograms were reconstructed individually from the weighted projections and iteratively aligned using PyTom. Aligned subtomograms were classified using constrained principal component analysis.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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