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- EMDB-28189: SARS-CoV-2 Spike in complex with biparatopic nanobody BP10 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28189
タイトルSARS-CoV-2 Spike in complex with biparatopic nanobody BP10
マップデータSARS-CoV-2 Spike in complex with biparatopic nanobody BP10
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 Spike in complex with biparatopic nanobody BP10
    • 複合体: SARS-CoV-2 Spike
      • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 Spike
    • 複合体: BP10 Biparatopic Nanobody
      • タンパク質・ペプチド: BP10 Biparatopic Nanobody
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / Vicugna pacos (アルパカ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.19 Å
データ登録者Pymm PG / Glukhova A / Tham WH
資金援助 オーストラリア, 1件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: iScience / 年: 2022
タイトル: Biparatopic nanobodies targeting the receptor binding domain efficiently neutralize SARS-CoV-2.
著者: Phillip Pymm / Samuel J Redmond / Olan Dolezal / Francesca Mordant / Ester Lopez / James P Cooney / Kathryn C Davidson / Ebene R Haycroft / Chee Wah Tan / Rebecca Seneviratna / Samantha L ...著者: Phillip Pymm / Samuel J Redmond / Olan Dolezal / Francesca Mordant / Ester Lopez / James P Cooney / Kathryn C Davidson / Ebene R Haycroft / Chee Wah Tan / Rebecca Seneviratna / Samantha L Grimley / Damian F J Purcell / Stephen J Kent / Adam K Wheatley / Lin-Fa Wang / Andrew Leis / Alisa Glukhova / Marc Pellegrini / Amy W Chung / Kanta Subbarao / Adam P Uldrich / Wai-Hong Tham / Dale I Godfrey / Nicholas A Gherardin /
要旨: The development of therapeutics to prevent or treat COVID-19 remains an area of intense focus. Protein biologics, including monoclonal antibodies and nanobodies that neutralize virus, have potential ...The development of therapeutics to prevent or treat COVID-19 remains an area of intense focus. Protein biologics, including monoclonal antibodies and nanobodies that neutralize virus, have potential for the treatment of active disease. Here, we have used yeast display of a synthetic nanobody library to isolate nanobodies that bind the receptor-binding domain (RBD) of SARS-CoV-2 and neutralize the virus. We show that combining two clones with distinct binding epitopes within the RBD into a single protein construct to generate biparatopic reagents dramatically enhances their neutralizing capacity. Furthermore, the biparatopic nanobodies exhibit enhanced control over clinically relevant RBD variants that escaped recognition by the individual nanobodies. Structural analysis of biparatopic binding to spike (S) protein revealed a unique binding mode whereby the two nanobody paratopes bridge RBDs encoded by distinct S trimers. Accordingly, biparatopic nanobodies offer a way to rapidly generate powerful viral neutralizers with enhanced ability to control viral escape mutants.
履歴
登録2022年9月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月28日-
マップ公開2022年12月28日-
更新2022年12月28日-
現状2022年12月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28189.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28189.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 488.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SARS-CoV-2 Spike in complex with biparatopic nanobody BP10
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.24
最小 - 最大-0.8165962 - 1.5224991
平均 (標準偏差)-0.0003756255 (±0.036487352)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ504504504
Spacing504504504
セルA=B=C: 665.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: SARS-CoV-2 Spike in complex with biparatopic nanobody BP10

ファイルemd_28189_half_map_1.map
注釈SARS-CoV-2 Spike in complex with biparatopic nanobody BP10
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: SARS-CoV-2 Spike in complex with biparatopic nanobody BP10

ファイルemd_28189_half_map_2.map
注釈SARS-CoV-2 Spike in complex with biparatopic nanobody BP10
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 Spike in complex with biparatopic nanobody BP10

全体名称: SARS-CoV-2 Spike in complex with biparatopic nanobody BP10
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 Spike in complex with biparatopic nanobody BP10
    • 複合体: SARS-CoV-2 Spike
      • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 Spike
    • 複合体: BP10 Biparatopic Nanobody
      • タンパク質・ペプチド: BP10 Biparatopic Nanobody

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超分子 #1: SARS-CoV-2 Spike in complex with biparatopic nanobody BP10

超分子名称: SARS-CoV-2 Spike in complex with biparatopic nanobody BP10
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 1 MDa

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超分子 #2: SARS-CoV-2 Spike

超分子名称: SARS-CoV-2 Spike / タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)

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超分子 #3: BP10 Biparatopic Nanobody

超分子名称: BP10 Biparatopic Nanobody / タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)

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分子 #1: SARS-CoV-2 Spike

分子名称: SARS-CoV-2 Spike / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASTEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNDPF LGVYYHKNNK SWMESEFRVY SSANNCTFEY ...文字列:
MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASTEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNDPF LGVYYHKNNK SWMESEFRVY SSANNCTFEY VSQPFLMDLE GKQGNFKNLR EFVFKNIDGY FKIYSKHTPI NLVRDLPQGF SALEPLVDLP IGINITRFQT LLALHRSYLT PGDSSSGWTA GAAAYYVGYL QPRTFLLKYN ENGTITDAVD CALDPLSETK CTLKSFTVEK GIYQTSNFRV QPTESIVRFP NITNLCPFGE VFNATRFASV YAWNRKRISN CVADYSVLYN SASFSTFKCY GVSPTKLNDL CFTNVYADSF VIRGDEVRQI APGQTGKIAD YNYKLPDDFT GCVIAWNSNN LDSKVGGNYN YLYRLFRKSN LKPFERDIST EIYQAGSTPC NGVEGFNCYF PLQSYGFQPT NGVGYQPYRV VVLSFELLHA PATVCGPKKS TNLVKNKCVN FNFNGLTGTG VLTESNKKFL PFQQFGRDIA DTTDAVRDPQ TLEILDITPC SFGGVSVITP GTNTSNQVAV LYQDVNCTEV PVAIHADQLT PTWRVYSTGS NVFQTRAGCL IGAEHVNNSY ECDIPIGAGI CASYQTQTNS PASVGSVASQ SIIAYTMSLG AENSVAYSNN SIAIPTNFTI SVTTEILPVS MTKTSVDCTM YICGDSTECS NLLLQYGSFC TQLNRALTGI AVEQDKNTQE VFAQVKQIYK TPPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSFIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFGA GAALQIPFAM QMAYRFNGIG VTQNVLYENQ KLIANQFNSA IGKIQDSLSS TASALGKLQD VVNQNAQALN TLVKQLSSNF GAISSVLNDI LSRLDPPEAE VQIDRLITGR LQSLQTYVTQ QLIRAAEIRA SANLAATKMS ECVLGQSKRV DFCGKGYHLM SFPQSAPHGV VFLHVTYVPA QEKNFTTAPA ICHDGKAHFP REGVFVSNGT HWFVTQRNFY EPQIITTDNT FVSGNCDVVI GIVNNTVYDP LQPELDSFKE ELDKYFKNHT SPDVDLGDIS GINASVVNIQ KEIDRLNEVA KNLNESLIDL QELGKYEQ

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分子 #2: BP10 Biparatopic Nanobody

分子名称: BP10 Biparatopic Nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVESGGG LVQAGGSLRL SCAASGIIFG RNAMGWYRQA PGKERELVAA ITRNGGSTYY ADSVKGRFTI SRDNAKNTVY LQMNSLKPED TAVYYCNADP YIATYDYWGQ GTQVTVSSGG GGSGGGGSQV QLVESGGGLV QAGGSLRLSC AASGSTFWFY AMGWYRQAPG ...文字列:
QVQLVESGGG LVQAGGSLRL SCAASGIIFG RNAMGWYRQA PGKERELVAA ITRNGGSTYY ADSVKGRFTI SRDNAKNTVY LQMNSLKPED TAVYYCNADP YIATYDYWGQ GTQVTVSSGG GGSGGGGSQV QLVESGGGLV QAGGSLRLSC AASGSTFWFY AMGWYRQAPG KERELVAAIS YSGSSTYYAD SVKGRFTISR DNAKNTVYLQ MNSLKPEDTA VYYCAKRNGV SYNYLALTNE EYDYWGQGTQ VTVSS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 14126
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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