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- EMDB-27988: Yeast VO in complex with Vma12-22p purified via Vma21p-3xFLAG -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27988
タイトルYeast VO in complex with Vma12-22p purified via Vma21p-3xFLAG
マップデータ
試料
  • 複合体: Yeast VO in complex with Vma12-22p purified via Vma21p-3xFLAG
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
キーワードV-type / ATPase (ATPアーゼ) / assembly / proton (陽子) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Wang H / Bueler SA / Rubinstein JL
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT166152 カナダ
引用
ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Structural basis of V-ATPase V region assembly by Vma12p, 21p, and 22p.
著者: Hanlin Wang / Stephanie A Bueler / John L Rubinstein /
要旨: Vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases) are rotary proton pumps that acidify specific intracellular compartments in almost all eukaryotic cells. These multi-subunit enzymes consist of a ...Vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases) are rotary proton pumps that acidify specific intracellular compartments in almost all eukaryotic cells. These multi-subunit enzymes consist of a soluble catalytic V region and a membrane-embedded proton-translocating V region. V is assembled in the endoplasmic reticulum (ER) membrane, and V is assembled in the cytosol. However, V binds V only after V is transported to the Golgi membrane, thereby preventing acidification of the ER. We isolated V complexes and subcomplexes from bound to V-ATPase assembly factors Vma12p, Vma21p, and Vma22p. Electron cryomicroscopy shows how the Vma12-22p complex recruits subunits a, e, and f to the rotor ring of V while blocking premature binding of V. Vma21p, which contains an ER-retrieval motif, binds the V:Vma12-22p complex, "mature" V, and a complex that appears to contain a ring of loosely packed rotor subunits and the proteins YAR027W and YAR028W. The structures suggest that Vma21p binds assembly intermediates that contain a rotor ring and that activation of proton pumping following assembly of V with V removes Vma21p, allowing V-ATPase to remain in the Golgi. Together, these structures show how Vma12-22p and Vma21p function in V-ATPase assembly and quality control, ensuring the enzyme acidifies only its intended cellular targets.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Structural basis of V-ATPase V0 region assembly by Vma12p, 21p, and 22p
著者: Wang H / Bueler SA / Rubinstein JL
履歴
登録2022年8月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月2日-
マップ公開2022年11月2日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27988.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27988.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-1.0038811 - 2.2426622
平均 (標準偏差)0.0021221787 (±0.103563376)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 329.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27988_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27988_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Yeast VO in complex with Vma12-22p purified via Vma21p-3xFLAG

全体名称: Yeast VO in complex with Vma12-22p purified via Vma21p-3xFLAG
要素
  • 複合体: Yeast VO in complex with Vma12-22p purified via Vma21p-3xFLAG
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase assembly factor Vma12p
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase assembly factor Vma22p
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit F
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase Voa1p
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit a
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit c
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit c'
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit c''
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit d
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit e
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit f

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超分子 #1: Yeast VO in complex with Vma12-22p purified via Vma21p-3xFLAG

超分子名称: Yeast VO in complex with Vma12-22p purified via Vma21p-3xFLAG
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: V-type proton ATPase assembly factor Vma12p

分子名称: V-type proton ATPase assembly factor Vma12p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MFEIKLNDRI TEFLRKFKNS AKSNEGIDED IDLFLKRHAI PMQSLLFYVK EYRKDSDLQC SIKELLKPLE FEFKPKAVRG LHYSEDFKKK LEFLKYQEQE LEYQSMVKRS KSVFSLQEDD ELTPSQINKQ IKEQVTTVFN VLVSVISVVV AIWYWTGSST NFPVHVRLLL ...文字列:
MFEIKLNDRI TEFLRKFKNS AKSNEGIDED IDLFLKRHAI PMQSLLFYVK EYRKDSDLQC SIKELLKPLE FEFKPKAVRG LHYSEDFKKK LEFLKYQEQE LEYQSMVKRS KSVFSLQEDD ELTPSQINKQ IKEQVTTVFN VLVSVISVVV AIWYWTGSST NFPVHVRLLL CLFFGILVLV ADVVVYNSYL KKLEEAKVKE KTKVEKKKVL SKITL

+
分子 #2: V-type proton ATPase assembly factor Vma22p

分子名称: V-type proton ATPase assembly factor Vma22p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MSETRMAQNM DTTDEQYLRL IELLSNYDST LEQLQKGFQD GYIQLSRSNY YNKDSLRGNY GEDYWDETYI GQLMATVEEK NSKVVVEIVK RKAQDKQEKK EEEDNKLTQR KKGTKPEKQK TQSHKLKQDY DPILMFGGVL SVPSSLRQSQ TSFKGCIPLI AQLINYKNEI LTLVETLSEQ E

+
分子 #3: V-type proton ATPase subunit F

分子名称: V-type proton ATPase subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MAEKRTLIAV IADEDTTTGL LLAGIGQITP ETQEKNFFVY QEGKTTKEEI TDKFNHFTEE RDDIAILLIN QHIAENIRAR VDSFTNAFPA ILEIPSKDHP YDPEKDSVLK RVRKLFGE

+
分子 #4: V-type proton ATPase Voa1p

分子名称: V-type proton ATPase Voa1p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MVFGQLYALF IFTLSCCISK TVQADSSKES SSFISFDKES NWDTISTISS TADVISSVDS AIAVFEFDNF SLLDNLMIDE EYPFFNRFFA NDVSLTVHDD SPLNISQSLS PIMEQFTVDE LPESASDLLY EYSLDDKSIV LFKFTSDAYD LKKLDEFIDS CLSFLEDKSG ...文字列:
MVFGQLYALF IFTLSCCISK TVQADSSKES SSFISFDKES NWDTISTISS TADVISSVDS AIAVFEFDNF SLLDNLMIDE EYPFFNRFFA NDVSLTVHDD SPLNISQSLS PIMEQFTVDE LPESASDLLY EYSLDDKSIV LFKFTSDAYD LKKLDEFIDS CLSFLEDKSG DNLTVVINSL GWAFEDEDGD DEYATEETLS HHDNNKGKEG DDDILSSIWT EGLLMCLIVS ALLLFILIVA LSWISNLDIT YGALEKSTNP IKKNN

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分子 #5: V-type proton ATPase subunit a

分子名称: V-type proton ATPase subunit a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MAEKEEAIFR SAEMALVQFY IPQEISRDSA YTLGQLGLVQ FRDLNSKVRA FQRTFVNEIR RLDNVERQYR YFYSLLKKHD IKLYEGDTDK YLDGSGELYV PPSGSVIDDY VRNASYLEER LIQMEDATDQ IEVQKNDLEQ YRFILQSGDE FFLKGDNTDS TSYMDEDMID ...文字列:
MAEKEEAIFR SAEMALVQFY IPQEISRDSA YTLGQLGLVQ FRDLNSKVRA FQRTFVNEIR RLDNVERQYR YFYSLLKKHD IKLYEGDTDK YLDGSGELYV PPSGSVIDDY VRNASYLEER LIQMEDATDQ IEVQKNDLEQ YRFILQSGDE FFLKGDNTDS TSYMDEDMID ANGENIAAAI GASVNYVTGV IARDKVATLE QILWRVLRGN LFFKTVEIEQ PVYDVKTREY KHKNAFIVFS HGDLIIKRIR KIAESLDANL YDVDSSNEGR SQQLAKVNKN LSDLYTVLKT TSTTLESELY AIAKELDSWF QDVTREKAIF EILNKSNYDT NRKILIAEGW IPRDELATLQ ARLGEMIARL GIDVPSIIQV LDTNHTPPTF HRTNKFTAGF QSICDCYGIA QYREINAGLP TIVTFPFMFA IMFGDMGHGF LMTLAALSLV LNEKKINKMK RGEIFDMAFT GRYIILLMGV FSMYTGFLYN DIFSKTMTIF KSGWKWPDHW KKGESITATS VGTYPIGLDW AWHGTENALL FSNSYKMKLS ILMGFIHMTY SYFFSLANHL YFNSMIDIIG NFIPGLLFMQ GIFGYLSVCI VYKWAVDWVK DGKPAPGLLN MLINMFLSPG TIDDELYPHQ AKVQVFLLLM ALVCIPWLLL VKPLHFKFTH KKKSHEPLPS TEADASSEDL EAQQLISAMD ADDAEEEEVG SGSHGEDFGD IMIHQVIHTI EFCLNCVSHT ASYLRLWALS LAHAQLSSVL WTMTIQIAFG FRGFVGVFMT VALFAMWFAL TCAVLVLMEG TSAMLHSLRL HWVESMSKFF VGEGLPYEPF AFEYKDMEVA VASASSSASS

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分子 #6: V-type proton ATPase subunit c

分子名称: V-type proton ATPase subunit c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MTELCPVYAP FFGAIGCASA IIFTSLGAAY GTAKSGVGIC ATCVLRPDLL FKNIVPVIMA GIIAIYGLVV SVLVCYSLGQ KQALYTGFIQ LGAGLSVGLS GLAAGFAIGI VGDAGVRGSS QQPRLFVGMI LILIFAEVLG LYGLIVALLL NSRATQDVVC

+
分子 #7: V-type proton ATPase subunit c'

分子名称: V-type proton ATPase subunit c' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MSTQLASNIY APLYAPFFGF AGCAAAMVLS CLGAAIGTAK SGIGIAGIGT FKPELIMKSL IPVVMSGILA IYGLVVAVLI AGNLSPTEDY TLFNGFMHLS CGLCVGFACL SSGYAIGMVG DVGVRKYMHQ PRLFVGIVLI LIFSEVLGLY GMIVALILNT RGSE

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分子 #8: V-type proton ATPase subunit c''

分子名称: V-type proton ATPase subunit c'' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MNKESKDDDM SLGKFSFSHF LYYLVLIVVI VYGLYKLFTG HGSDINFGKF LLRTSPYMWA NLGIALCVGL SVVGAAWGIF ITGSSMIGAG VRAPRITTKN LISIIFCEVV AIYGLIIAIV FSSKLTVATA ENMYSKSNLY TGYSLFWAGI TVGASNLICG IAVGITGATA ...文字列:
MNKESKDDDM SLGKFSFSHF LYYLVLIVVI VYGLYKLFTG HGSDINFGKF LLRTSPYMWA NLGIALCVGL SVVGAAWGIF ITGSSMIGAG VRAPRITTKN LISIIFCEVV AIYGLIIAIV FSSKLTVATA ENMYSKSNLY TGYSLFWAGI TVGASNLICG IAVGITGATA AISDAADSAL FVKILVIEIF GSILGLLGLI VGLLMAGKAS EFQ

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分子 #9: V-type proton ATPase subunit d

分子名称: V-type proton ATPase subunit d / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MEGVYFNIDN GFIEGVVRGY RNGLLSNNQY INLTQCDTLE DLKLQLSSTD YGNFLSSVSS ESLTTSLIQE YASSKLYHEF NYIRDQSSGS TRKFMDYITY GYMIDNVALM ITGTIHDRDK GEILQRCHPL GWFDTLPTLS VATDLESLYE TVLVDTPLAP YFKNCFDTAE ...文字列:
MEGVYFNIDN GFIEGVVRGY RNGLLSNNQY INLTQCDTLE DLKLQLSSTD YGNFLSSVSS ESLTTSLIQE YASSKLYHEF NYIRDQSSGS TRKFMDYITY GYMIDNVALM ITGTIHDRDK GEILQRCHPL GWFDTLPTLS VATDLESLYE TVLVDTPLAP YFKNCFDTAE ELDDMNIEII RNKLYKAYLE DFYNFVTEEI PEPAKECMQT LLGFEADRRS INIALNSLQS SDIDPDLKSD LLPNIGKLYP LATFHLAQAQ DFEGVRAALA NVYEYRGFLE TGNLEDHFYQ LEMELCRDAF TQQFAISTVW AWMKSKEQEV RNITWIAECI AQNQRERINN YISVY

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分子 #10: V-type proton ATPase subunit e

分子名称: V-type proton ATPase subunit e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MSSFYTVVGV FIVVSAMSVL FWIMAPKNNQ AVWRSTVILT LAMMFLMWAI TFLCQLHPLV APRRSDLRPE FAE

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分子 #11: V-type proton ATPase subunit f

分子名称: V-type proton ATPase subunit f / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MRPVVSTGKA WCCTVLSAFG VVILSVIAHL FNTNHESFVG SINDPEDGPA VAHTVYLAAL VYLVFFVFCG FQVYLARRKP SIELR

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER/RHODIUM
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 49.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 17884
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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