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万見
- EMDB-27903: Design of Diverse Asymmetric Pockets in de novo Homo-oligomeric P... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27903
タイトルDesign of Diverse Asymmetric Pockets in de novo Homo-oligomeric Proteins
マップデータSharpened Map
試料
  • 複合体: SG135
    • タンパク質・ペプチド: SG135
生物種Escherichia coli (大腸菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.85 Å
データ登録者Gerben S / Borst AJ / Baker D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Design of Diverse Asymmetric Pockets in Homo-oligomeric Proteins.
著者: Stacey R Gerben / Andrew J Borst / Derrick R Hicks / Isabelle Moczygemba / David Feldman / Brian Coventry / Wei Yang / Asim K Bera / Marcos Miranda / Alex Kang / Hannah Nguyen / David Baker /
要旨: A challenge for design of protein-small-molecule recognition is that incorporation of cavities with size, shape, and composition suitable for specific recognition can considerably destabilize protein ...A challenge for design of protein-small-molecule recognition is that incorporation of cavities with size, shape, and composition suitable for specific recognition can considerably destabilize protein monomers. This challenge can be overcome through binding pockets formed at homo-oligomeric interfaces between folded monomers. Interfaces surrounding the central homo-oligomer symmetry axes necessarily have the same symmetry and so may not be well suited to binding asymmetric molecules. To enable general recognition of arbitrary asymmetric substrates and small molecules, we developed an approach to designing asymmetric interfaces at off-axis sites on homo-oligomers, analogous to those found in native homo-oligomeric proteins such as glutamine synthetase. We symmetrically dock curved helical repeat proteins such that they form pockets at the asymmetric interface of the oligomer with sizes ranging from several angstroms, appropriate for binding a single ion, to up to more than 20 Å across. Of the 133 proteins tested, 84 had soluble expression in , 47 had correct oligomeric states in solution, 35 had small-angle X-ray scattering (SAXS) data largely consistent with design models, and 8 had negative-stain electron microscopy (nsEM) 2D class averages showing the structures coming together as designed. Both an X-ray crystal structure and a cryogenic electron microscopy (cryoEM) structure are close to the computational design models. The nature of these proteins as homo-oligomers allows them to be readily built into higher-order structures such as nanocages, and the asymmetric pockets of these structures open rich possibilities for small-molecule binder design free from the constraints associated with monomer destabilization.
履歴
登録2022年8月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月25日-
マップ公開2023年1月25日-
更新2023年1月25日-
現状2023年1月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27903.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27903.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened Map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.434
最小 - 最大-1.5376469 - 2.2144988
平均 (標準偏差)0.0010285008 (±0.06110269)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 184.79999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened Map

ファイルemd_27903_additional_1.map
注釈Unsharpened Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_27903_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_27903_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SG135

全体名称: SG135
要素
  • 複合体: SG135
    • タンパク質・ペプチド: SG135

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超分子 #1: SG135

超分子名称: SG135 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: SG135

分子名称: SG135 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Deleted loop consisting of residues 173-179 due to lack of confident map density
コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 23.521809 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: DREIKEEARK LIREAIELLQ KGDPRAKEIL RQAILILLAI RLLEEMEENI EKAEKLGNEE LSELAKRAIK LVREALELLK EGDPRAEEI LKLALKIIKA ILLLLEMYEN IKQAEELGDE DLSELAKIAI RLVRQALKLL QEGDPRAEEI LEIALRIIKL I LQLLFLKQ ...文字列:
DREIKEEARK LIREAIELLQ KGDPRAKEIL RQAILILLAI RLLEEMEENI EKAEKLGNEE LSELAKRAIK LVREALELLK EGDPRAEEI LKLALKIIKA ILLLLEMYEN IKQAEELGDE DLSELAKIAI RLVRQALKLL QEGDPRAEEI LEIALRIIKL I LQLLFLKQ RIEEAKKKGD QQFVFEAEEK IRRIVEELFK LLEG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 63.56 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2944810
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: Removed large number over over-represented views from initial set of particles.
使用した粒子像数: 855664
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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