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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27659 | ||||||||||||
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タイトル | cryoEM map of de novo hallucinated homooligomer of C18-C6 symmetry, design HALC18-6_265. | ||||||||||||
マップデータ | EM map | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | De novo protein design (De novo) / Computational protein design / Machine learning (機械学習) / Hallucination / homo-oligomers / DE NOVO PROTEIN (De novo) | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.31 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wicky BIM / Milles LF / Courbet AC / Baker D | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Hallucinating symmetric protein assemblies. 著者: B I M Wicky / L F Milles / A Courbet / R J Ragotte / J Dauparas / E Kinfu / S Tipps / R D Kibler / M Baek / F DiMaio / X Li / L Carter / A Kang / H Nguyen / A K Bera / D Baker / 要旨: Deep learning generative approaches provide an opportunity to broadly explore protein structure space beyond the sequences and structures of natural proteins. Here, we use deep network hallucination ...Deep learning generative approaches provide an opportunity to broadly explore protein structure space beyond the sequences and structures of natural proteins. Here, we use deep network hallucination to generate a wide range of symmetric protein homo-oligomers given only a specification of the number of protomers and the protomer length. Crystal structures of seven designs are very similar to the computational models (median root mean square deviation: 0.6 angstroms), as are three cryo-electron microscopy structures of giant 10-nanometer rings with up to 1550 residues and symmetry; all differ considerably from previously solved structures. Our results highlight the rich diversity of new protein structures that can be generated using deep learning and pave the way for the design of increasingly complex components for nanomachines and biomaterials. #1: ジャーナル: BioRxiv / 年: 2022 タイトル: Hallucinating protein assemblies 著者: Wicky BIM / Milles LF / Courbet A / Baker D | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27659.map.gz | 117.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27659-v30.xml emd-27659.xml | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_27659_fsc.xml emd_27659_fsc_2.xml emd_27659_fsc_3.xml | 10.5 KB 5.9 KB 5.9 KB | 表示 表示 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_27659.png | 54.4 KB | ||
マスクデータ | emd_27659_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-27659.cif.gz | 4.8 KB | ||
その他 | emd_27659_half_map_1.map.gz emd_27659_half_map_2.map.gz | 116.1 MB 116.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27659 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27659 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27659.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | EM map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.16 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_27659_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_27659_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_27659_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : De novo hallucinated homooligomer of C18-C6 symmetry, design HALC...
全体 | 名称: De novo hallucinated homooligomer of C18-C6 symmetry, design HALC18-6_265. |
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要素 |
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-超分子 #1: De novo hallucinated homooligomer of C18-C6 symmetry, design HALC...
超分子 | 名称: De novo hallucinated homooligomer of C18-C6 symmetry, design HALC18-6_265. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: HALC18-6_265
分子 | 名称: HALC18-6_265 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: NIKIPNPKDL SELLKKLGEG LKGLPNLKTL TLTLSNIELP EDADLSPGAE GLGEGLKGLP NLETLTFTIS NIKIPNPKD LSELLKKLGE GLKGLPNLKT LTLTLSNIEL PEDADLSPGA EGLGEGLKGL PNLETLTFTI S NIKIPNPK DLSELLKKLG EGLKGLPNLK ...文字列: NIKIPNPKDL SELLKKLGEG LKGLPNLKTL TLTLSNIELP EDADLSPGAE GLGEGLKGLP NLETLTFTIS NIKIPNPKD LSELLKKLGE GLKGLPNLKT LTLTLSNIEL PEDADLSPGA EGLGEGLKGL PNLETLTFTI S NIKIPNPK DLSELLKKLG EGLKGLPNLK TLTLTLSNIE LPEDADLSPG AEGLGEGLKG LPNLETLTFT IS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8.4 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |