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- EMDB-2761: Structural Basis of Human Parechovirus Neutralization by Human Mo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2761
タイトルStructural Basis of Human Parechovirus Neutralization by Human Monoclonal Antibodies
マップデータReconstruction of human parechovirus 1 in complex with Fab fragments of AM28 human monoclonal antibody
試料
  • 試料: Human parechovirus in complex with Fab fragment of human monoclonal antibody AM28
  • ウイルス: Human parechovirus 1 (ウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: human monoclonal antibodyモノクローナル抗体
キーワードHuman parechovirus 1 / AM28 / human monoclonal antibody (モノクローナル抗体) / HPeV1-AM28 Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nucleolus / host cell Golgi membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity ...host cell nucleolus / host cell Golgi membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Viral polyprotein, parechovirus P3B / Parechovirus Genome-linked protein / Viral polyprotein, parechovirus P3A / Picornaviridae P3A protein / LRAT domain profile. / LRAT domain / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral ...Viral polyprotein, parechovirus P3B / Parechovirus Genome-linked protein / Viral polyprotein, parechovirus P3A / Picornaviridae P3A protein / LRAT domain profile. / LRAT domain / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human parechovirus 1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 19.76 Å
データ登録者Shakeel S / Westerhuis BM / Ora A / Koen G / Bakker A / Claassen Y / Beaumont T / Wolthers K / Butcher SJ
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2015
タイトル: Structural Basis of Human Parechovirus Neutralization by Human Monoclonal Antibodies.
著者: Shabih Shakeel / Brenda M Westerhuis / Ari Ora / Gerrit Koen / Arjen Q Bakker / Yvonne Claassen / Koen Wagner / Tim Beaumont / Katja C Wolthers / Sarah J Butcher /
要旨: Since it was first recognized in 2004 that human parechoviruses (HPeV) are a significant cause of central nervous system and neonatal sepsis, their clinical importance, primarily in children, has ...Since it was first recognized in 2004 that human parechoviruses (HPeV) are a significant cause of central nervous system and neonatal sepsis, their clinical importance, primarily in children, has started to emerge. Intravenous immunoglobulin treatment is the only treatment available in such life-threatening cases and has given moderate success. Direct inhibition of parechovirus infection using monoclonal antibodies is a potential treatment. We have developed two neutralizing monoclonal antibodies against HPeV1 and HPeV2, namely, AM18 and AM28, which also cross-neutralize other viruses. Here, we present the mapping of their epitopes using peptide scanning, surface plasmon resonance, fluorescence-based thermal shift assays, electron cryomicroscopy, and image reconstruction. We determined by peptide scanning and surface plasmon resonance that AM18 recognizes a linear epitope motif including the arginine-glycine-aspartic acid on the C terminus of capsid protein VP1. This epitope is normally used by the virus to attach to host cell surface integrins during entry and is found in 3 other viruses that AM18 neutralizes. Therefore, AM18 is likely to cause virus neutralization by aggregation and by blocking integrin binding to the capsid. Further, we show by electron cryomicroscopy, three-dimensional reconstruction, and pseudoatomic model fitting that ordered RNA interacts with HPeV1 VP1 and VP3. AM28 recognizes quaternary epitopes on the capsid composed of VP0 and VP3 loops from neighboring pentamers, thereby increasing the RNA accessibility temperature for the virus-AM28 complex compared to the virus alone. Thus, inhibition of RNA uncoating probably contributes to neutralization by AM28.
IMPORTANCE: Human parechoviruses can cause mild infections to severe diseases in young children, such as neonatal sepsis, encephalitis, and cardiomyopathy. Intravenous immunoglobulin treatment is the ...IMPORTANCE: Human parechoviruses can cause mild infections to severe diseases in young children, such as neonatal sepsis, encephalitis, and cardiomyopathy. Intravenous immunoglobulin treatment is the only treatment available in such life-threatening cases. In order to develop more targeted treatment, we have searched for human monoclonal antibodies that would neutralize human parechoviruses 1 and 2, associated with mild infections such as gastroenteritis and severe infections of the central nervous system, and thus allow safe treatment. In the current study, we show how two such promising antibodies interact with the virus, modeling the atomic interactions between the virus and the antibody to propose how neutralization occurs. Both antibodies can cause aggregation; in addition, one antibody interferes with the virus recognizing its target cell, while the other, recognizing only the whole virus, inhibits the genome uncoating and replication in the cell.
履歴
登録2014年8月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年10月1日-
マップ公開2015年7月22日-
更新2015年9月9日-
現状2015年9月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 7999
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 7999
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4udf
  • 表面レベル: 7999
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4udf
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2761.jpg

emd_2761.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2761.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Reconstruction of human parechovirus 1 in complex with Fab fragments of AM28 human monoclonal antibody
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.17 Å
密度
表面レベル登録者による: 7999.0 / ムービー #1: 7999
最小 - 最大-4448.0 - 32443.0
平均 (標準偏差)3666.095458979999876 (±7633.060058590000153)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ201201201
Spacing201201201
セルA=B=C: 436.17 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z2.172.172.17
M x/y/z201201201
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z436.170436.170436.170
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS201201201
D min/max/mean-4448.00032443.0003666.095

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human parechovirus in complex with Fab fragment of human monoclon...

全体名称: Human parechovirus in complex with Fab fragment of human monoclonal antibody AM28
要素
  • 試料: Human parechovirus in complex with Fab fragment of human monoclonal antibody AM28
  • ウイルス: Human parechovirus 1 (ウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: human monoclonal antibodyモノクローナル抗体

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超分子 #1000: Human parechovirus in complex with Fab fragment of human monoclon...

超分子名称: Human parechovirus in complex with Fab fragment of human monoclonal antibody AM28
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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超分子 #1: Human parechovirus 1

超分子名称: Human parechovirus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: HPeV1
詳細: Fab fragments of human monoclonal antibody, AM28 were attached to the virus
NCBI-ID: 12063 / 生物種: Human parechovirus 1 / Sci species strain: 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: HPeV1
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES

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分子 #1: human monoclonal antibody

分子名称: human monoclonal antibody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: AM28
詳細: Fab fragments of human monoclonal antibody, AM28 were attached to the virus
コピー数: 60 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293T cells

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 10 mM Tris-HCl, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM MgCl2
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.06 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.65 µm / 倍率（公称値）: 69000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
日付2013年2月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 65
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.76 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: AUTO3DEM / 使用した粒子像数: 270
詳細Particles were selected using runethan. CTF was estimated using ctffind3 and image reconstruction done in AUTO3DEM
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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