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万見
- EMDB-2716: Dynactin 3D structure: Implications for assembly and dynein binding -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2716
タイトルDynactin 3D structure: Implications for assembly and dynein binding
マップデータRandom conical tilt 3D reconstruction of negatively stained dynactin complex
試料
  • 試料: The dynactin complex
  • タンパク質・ペプチド: p150Glued
  • タンパク質・ペプチド: p50/dynamitin
  • タンパク質・ペプチド: p24
  • タンパク質・ペプチド: Arp1
  • タンパク質・ペプチド: Arp11
  • タンパク質・ペプチド: actinアクチン
  • タンパク質・ペプチド: p25
  • タンパク質・ペプチド: p27
  • タンパク質・ペプチド: p62
キーワードdynein (ダイニン) / microtubule (微小管) / actin (アクチン) / single particle analysis (単粒子解析法)
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 34.0 Å
データ登録者Imai H / Narita A / Maeda Y / Schroer TA
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2014
タイトル: Dynactin 3D structure: implications for assembly and dynein binding.
著者: Hiroshi Imai / Akihiro Narita / Yuichiro Maéda / Trina A Schroer /
要旨: The multisubunit protein complex, dynactin, is an essential component of the cytoplasmic dynein motor. High-resolution structural work on dynactin and the dynein/dynactin supercomplex has been ...The multisubunit protein complex, dynactin, is an essential component of the cytoplasmic dynein motor. High-resolution structural work on dynactin and the dynein/dynactin supercomplex has been limited to small subunits and recombinant fragments that do not report fully on either ≈1MDa assembly. In the present study, we used negative-stain electron microscopy and image analysis based on random conical tilt reconstruction to obtain a three-dimensional (3D) structure of native vertebrate dynactin. The 35-nm-long dynactin molecule has a V-shaped shoulder at one end and a flattened tip at the other end, both offset relative to the long axis of the actin-related protein (Arp) backbone. The shoulder projects dramatically away from the Arp filament core in a way that cannot be appreciated in two-dimensional images, which has implications for the mechanism of dynein binding. The 3D structure allows the helical parameters of the entire Arp filament core, which includes the actin capping protein, CP, to be determined for the first time. This structure exhibits near identity to F-actin and can be well fitted into the dynactin envelope. Molecular fitting of modeled CP-Arp polymers into the envelope shows that the filament contains between 7 and 9 Arp protomers and is capped at both ends. In the 7 Arp model, which agrees best with measured Arp stoichiometry and other structural information, actin capping protein (CP) is not present at the distal tip of the structure, unlike what is seen in the other models. The 3D structure suggests a mechanism for dynactin assembly and length specification.
履歴
登録2014年7月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年8月6日-
マップ公開2014年8月13日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.001968
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.001968
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2716-EMD...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2716.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Random conical tilt 3D reconstruction of negatively stained dynactin complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.5 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.001968 / ムービー #1: 0.001968
最小 - 最大-0.00096521 - 0.01285007
平均 (標準偏差)0.00016198 (±0.00095364)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ8080160
Spacing8080160
セルA: 280.0 Å / B: 280.0 Å / C: 560.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.53.53.5
M x/y/z8080160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z280.000280.000560.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ442626
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS8080160
D min/max/mean-0.0010.0130.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The dynactin complex

全体名称: The dynactin complex
要素
  • 試料: The dynactin complex
  • タンパク質・ペプチド: p150Glued
  • タンパク質・ペプチド: p50/dynamitin
  • タンパク質・ペプチド: p24
  • タンパク質・ペプチド: Arp1
  • タンパク質・ペプチド: Arp11
  • タンパク質・ペプチド: actinアクチン
  • タンパク質・ペプチド: p25
  • タンパク質・ペプチド: p27
  • タンパク質・ペプチド: p62

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超分子 #1000: The dynactin complex

超分子名称: The dynactin complex / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Experimental weight (MDa) 1.11 + 0.12 megadaltons (mean+SD; n=151) scanning transmission electron microscopy (STEM) analysis (Schafer et al., 1994 J. Cell Biol.126: 403-412.) Theoretical ...詳細: Experimental weight (MDa) 1.11 + 0.12 megadaltons (mean+SD; n=151) scanning transmission electron microscopy (STEM) analysis (Schafer et al., 1994 J. Cell Biol.126: 403-412.) Theoretical weight (MDa) 0.95-1.04 megadaltons. (see table I of Imai et al., 2014 J. Mol. Biol.)
集合状態: Two p150Glued, Four p50/dynamitin, two p24, five, six or seven Arp1, one actin, one Arp11, one p25, one p27, one p62
Number unique components: 9

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分子 #1: p150Glued

分子名称: p150Glued / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 集合状態: Dimer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: Embryo Brain

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分子 #2: p50/dynamitin

分子名称: p50/dynamitin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 集合状態: Tetramer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: Embryo Brain

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分子 #3: p24

分子名称: p24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 集合状態: Dimer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: Embryo Brain

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分子 #4: Arp1

分子名称: Arp1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: Embryo Brain

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分子 #5: Arp11

分子名称: Arp11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: Embryo Brain

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分子 #6: actin

分子名称: actin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: Embryo Brain

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分子 #7: p25

分子名称: p25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: Embryo Brain

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分子 #8: p27

分子名称: p27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: Embryo Brain

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分子 #9: p62

分子名称: p62 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: Embryo Brain

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.015 mg/mL
緩衝液pH: 7.1
詳細: 35 mM Pipes-KOH, 5 mM MgSO4, 1 mM EGTA, and 0.5 mM EDTA, ~30 mM KCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Dynactin complex was negatively stained with 1% uranyl acetate on glow-discharged carbon grids.
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010HC
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 20000
試料ステージ試料ホルダー: room temperature, high tilt holder / 試料ホルダーモデル: JEOL / Tilt angle max: 60
日付2008年1月19日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / 平均電子線量: 18 e/Å2
Tilt angle min0

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 34.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Eos, SPIDER
詳細: Images of the dynactin structure were divided into two groups and reconstructed into two 3D maps that were compared by Fourier Shell Correlation (Van Heel, 1987).
使用した粒子像数: 3637
詳細Random conical tilt reconstruction

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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