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万見
- EMDB-2703: Cryo-EM structure of the mammalian 60S ribosomal subunit in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2703
タイトルCryo-EM structure of the mammalian 60S ribosomal subunit in complex with eIF6
マップデータmammalian 60S ribosomal subunit in complex with eIF6
試料
  • 試料: mammalian 60S ribosomal subunit in complex with eIF6
  • 複合体: 60S ribosomal subunitリボソーム
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic initiation factor 6真核生物の翻訳開始因子
キーワードribosome (リボソーム) / ubiquitination (ユビキチン) / quality control (品質管理)
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Shao S / Hegde RS
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2014
タイトル: Reconstitution of a minimal ribosome-associated ubiquitination pathway with purified factors.
著者: Sichen Shao / Ramanujan S Hegde /
要旨: Ribosomes stalled on aberrant mRNAs engage quality control mechanisms that degrade the partially translated nascent polypeptide. Ubiquitination of the nascent protein is mediated by the E3 ligase ...Ribosomes stalled on aberrant mRNAs engage quality control mechanisms that degrade the partially translated nascent polypeptide. Ubiquitination of the nascent protein is mediated by the E3 ligase Listerin via a mechanism involving ribosome subunit dissociation. Here, we reconstitute ribosome-associated ubiquitination with purified factors to define the minimal components and essential steps in this process. We find that the primary role of the ribosome splitting factors Hbs1, Pelota, and ABCE1 is to permit Listerin access to the nascent chain. Listerin alone can discriminate 60S- from 80S-nascent chain complexes to selectively ubiquitinate the former. Splitting factors can be bypassed by artificially removing the 40S subunit, suggesting that mere steric hindrance impedes Listerin recruitment. This was illustrated by a cryo-EM reconstruction of the 60S-Listerin complex that identifies a binding interface that clashes with the 40S ribosomal subunit. These results reveal the mechanistic logic of the core steps in a ribosome-associated quality control pathway.
履歴
登録2014年7月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年7月23日-
マップ公開2014年8月27日-
更新2014年10月1日-
現状2014年10月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2703.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2703.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈mammalian 60S ribosomal subunit in complex with eIF6
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.12275483 - 0.29573739
平均 (標準偏差)0.0023199 (±0.01457689)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 428.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.341.341.34
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z428.800428.800428.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-180-180-179
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.1230.2960.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : mammalian 60S ribosomal subunit in complex with eIF6

全体名称: mammalian 60S ribosomal subunit in complex with eIF6
要素
  • 試料: mammalian 60S ribosomal subunit in complex with eIF6
  • 複合体: 60S ribosomal subunitリボソーム
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic initiation factor 6真核生物の翻訳開始因子

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超分子 #1000: mammalian 60S ribosomal subunit in complex with eIF6

超分子名称: mammalian 60S ribosomal subunit in complex with eIF6
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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超分子 #1: 60S ribosomal subunit

超分子名称: 60S ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No
Ribosome-details: ribosome-eukaryote: LSU 60S, LSU RNA 28S, LSU RNA 5.8S, LSU RNA 5S
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: rabbit / 細胞: reticulocyte / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量理論値: 2.9 MDa

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分子 #1: eukaryotic initiation factor 6

分子名称: eukaryotic initiation factor 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: eIF6 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量理論値: 27 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM Hepes, 100 mM KAc, 5 mM MgAc2, 1 mM DTT
グリッド詳細: Quantifoil R2/2 on 400 mesh Cu grid with thin carbon support
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 手法: Blot 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 104478 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 59,000 times magnification
日付2014年4月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 1568 / 平均電子線量: 25 e/Å2
詳細: An in-house system was used to intercept the videos from the detector at a rate of 17 frames for 1s exposures
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: CTFFIND3, RELION / 使用した粒子像数: 11710
詳細RELION movement correction processing

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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