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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26815 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the ribosome-bound Bacteroides thetaiotaomicron EF-G2 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosome disassembly / translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang C / Han W / Groisman EA / Liu J | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of the ribosome-bound Bacteroides thetaiotaomicron EF-G2 著者: Wang C / Han W / Groisman EA | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26815.map.gz | 498.5 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26815-v30.xml emd-26815.xml | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26815.png | 69.9 KB | ||
その他 | emd_26815_half_map_1.map.gz emd_26815_half_map_2.map.gz | 47.9 MB 48 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26815 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26815 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7uvpMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26815.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.068 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_26815_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_26815_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : ribosome-bound Bacteroides thetaiotaomicron EF-G2
全体 | 名称: ribosome-bound Bacteroides thetaiotaomicron EF-G2 |
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要素 |
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-超分子 #1: ribosome-bound Bacteroides thetaiotaomicron EF-G2
超分子 | 名称: ribosome-bound Bacteroides thetaiotaomicron EF-G2 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) |
-分子 #1: Tetracycline resistance protein TetQ
分子 | 名称: Tetracycline resistance protein TetQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / JCM 5827 / CCUG 10774 / NCTC 10582 / VPI-5482 / E50 |
分子量 | 理論値: 80.353859 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKVYQTNEIK NIALLGSSGS GKTTLVEAML FESGVIKRRG SVAAKNTVSD YFPVEQEYGY SVFSTVLHVE WNNKKLNIID CPGSDDFVG STVTALNVTD TAIILLNGQY GVEVGTQNHF RYTEKLNKPV IFLVNQLDNE KCDYDNILEQ LKEAYGSKVV P IQYPIATG ...文字列: MKVYQTNEIK NIALLGSSGS GKTTLVEAML FESGVIKRRG SVAAKNTVSD YFPVEQEYGY SVFSTVLHVE WNNKKLNIID CPGSDDFVG STVTALNVTD TAIILLNGQY GVEVGTQNHF RYTEKLNKPV IFLVNQLDNE KCDYDNILEQ LKEAYGSKVV P IQYPIATG PGFNALIDVL LMKKYSWKPE GGAPVIEDIP AEEMDKAMEM HKALVEAAAE NDEGLMEKFF EQDSLTEDEM RE GIRKGLI ARGMFPVFCV CGGKDMGVRR LMEFLGNVVP FVSEMPKVEN TDGKEVAPDV NGPESLYFFK TSVEPHIGEV SYF KVMSGK VREGDDLLNA DRGSKERIAQ IYVVAGGNRV KVEELQAGDI GAAVKLKDVK TGNTLNGKDC DYKFNFIKYP NSKY SRAIK PVNEADVEKM MTILNRMREE DPTWVIEQSK ELKQTLVHGQ GEFHLRTLKW RLENNEKLQV KFEEPKIPYR ETITK AARA DYRHKKQSGG AGQFGEVHLI VEPYKEGMPV PDTYKFNGQE FKITVRGTEE IPLEWGGKLV FINSIVGGSI DARFLP AIM KGIMSRLEQG PLTGSYARDV RVIVYDGKMH PVDSNEISFM LAGRNAFSEA FKNAGPKILE PIYDVEVFVP SDRMGDV MG DLQGRRAMIM GMSSEKGFEK LVAKVPLKEM SSYSTALSSL TGGRASFIMK FASYELVPTD VQDKLIKDFE AKQTEE |
-分子 #2: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: GTP |
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分子量 | 理論値: 523.18 Da |
Chemical component information | ChemComp-GTP: |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #4: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
解析 | 単粒子再構成法 |
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試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 210467 |