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- EMDB-26810: KDM2B-nucleosome complex stabilized by H3K36C-UNC8015 covalent co... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26810
タイトルKDM2B-nucleosome complex stabilized by H3K36C-UNC8015 covalent conjugate
マップデータKDM2B-nucleosome complex stabilized by H3K36C-UNC8015 covalent conjugate
試料
  • 複合体: KDM2B-nucleosome complex stabilized by H3K36C-UNC8015 covalent conjugate
    • タンパク質・ペプチド: human histone H3ヒストンH3
    • タンパク質・ペプチド: human histone H4ヒストンH4
    • タンパク質・ペプチド: human histone H2AヒストンH2A
    • タンパク質・ペプチド: human histone H2BヒストンH2B
    • DNA: DNA 185-MER
    • DNA: DNA 185-MER
    • タンパク質・ペプチド: Lysine-specific demethylase 2B (KDM2B)
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Spangler CJ / Skrajna A / Foley CA / Budziszewski GR / Azzam DN / James LI / Frye SV / McGinty RK
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM133498 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA253730 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM139514 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA010305 米国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2023
タイトル: Structural basis of paralog-specific KDM2A/B nucleosome recognition.
著者: Cathy J Spangler / Aleksandra Skrajna / Caroline A Foley / Anh Nguyen / Gabrielle R Budziszewski / Dalal N Azzam / Eyla C Arteaga / Holly C Simmons / Charlotte B Smith / Nathaniel A Wesley / ...著者: Cathy J Spangler / Aleksandra Skrajna / Caroline A Foley / Anh Nguyen / Gabrielle R Budziszewski / Dalal N Azzam / Eyla C Arteaga / Holly C Simmons / Charlotte B Smith / Nathaniel A Wesley / Emily M Wilkerson / Jeanne-Marie E McPherson / Dmitri Kireev / Lindsey I James / Stephen V Frye / Dennis Goldfarb / Robert K McGinty /
要旨: The nucleosome acidic patch is a major interaction hub for chromatin, providing a platform for enzymes to dock and orient for nucleosome-targeted activities. To define the molecular basis of acidic ...The nucleosome acidic patch is a major interaction hub for chromatin, providing a platform for enzymes to dock and orient for nucleosome-targeted activities. To define the molecular basis of acidic patch recognition proteome wide, we performed an amino acid resolution acidic patch interactome screen. We discovered that the histone H3 lysine 36 (H3K36) demethylase KDM2A, but not its closely related paralog, KDM2B, requires the acidic patch for nucleosome binding. Despite fundamental roles in transcriptional repression in health and disease, the molecular mechanisms governing nucleosome substrate specificity of KDM2A/B, or any related JumonjiC (JmjC) domain lysine demethylase, remain unclear. We used a covalent conjugate between H3K36 and a demethylase inhibitor to solve cryogenic electron microscopy structures of KDM2A and KDM2B trapped in action on a nucleosome substrate. Our structures show that KDM2-nucleosome binding is paralog specific and facilitated by dynamic nucleosomal DNA unwrapping and histone charge shielding that mobilize the H3K36 sequence for demethylation.
履歴
登録2022年4月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月22日-
マップ公開2023年2月22日-
更新2023年5月17日-
現状2023年5月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26810.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26810.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 137.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈KDM2B-nucleosome complex stabilized by H3K36C-UNC8015 covalent conjugate
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.91 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.018
最小 - 最大-0.03936551 - 0.07742096
平均 (標準偏差)0.0001535887 (±0.001865464)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ330330330
Spacing330330330
セルA=B=C: 300.30002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: KDM2B-nucleosome complex stabilized by H3K36C-UNC8015 covalent conjugate half...

ファイルemd_26810_half_map_1.map
注釈KDM2B-nucleosome complex stabilized by H3K36C-UNC8015 covalent conjugate half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: KDM2B-nucleosome complex stabilized by H3K36C-UNC8015 covalent conjugate half...

ファイルemd_26810_half_map_2.map
注釈KDM2B-nucleosome complex stabilized by H3K36C-UNC8015 covalent conjugate half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : KDM2B-nucleosome complex stabilized by H3K36C-UNC8015 covalent co...

全体名称: KDM2B-nucleosome complex stabilized by H3K36C-UNC8015 covalent conjugate
要素
  • 複合体: KDM2B-nucleosome complex stabilized by H3K36C-UNC8015 covalent conjugate
    • タンパク質・ペプチド: human histone H3ヒストンH3
    • タンパク質・ペプチド: human histone H4ヒストンH4
    • タンパク質・ペプチド: human histone H2AヒストンH2A
    • タンパク質・ペプチド: human histone H2BヒストンH2B
    • DNA: DNA 185-MER
    • DNA: DNA 185-MER
    • タンパク質・ペプチド: Lysine-specific demethylase 2B (KDM2B)

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超分子 #1: KDM2B-nucleosome complex stabilized by H3K36C-UNC8015 covalent co...

超分子名称: KDM2B-nucleosome complex stabilized by H3K36C-UNC8015 covalent conjugate
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 320 KDa

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分子 #1: human histone H3

分子名称: human histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP ATGGVCKPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQDFKT DLRFQSSAVM ALQEASEAYL VGLFEDTNLA AIHAKRVTIM PKDIQLARRI RGERA

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分子 #2: human histone H4

分子名称: human histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKGGKGL GKGGAKRHRK VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TYTEHAKRKT VTAMDVVYAL KRQGRTLYGF GG

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分子 #3: human histone H2A

分子名称: human histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKQGGKA RAKAKTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAIRND EELNKLLGKV TIAQGGVLPN IQAVLLPKKT ESHHKAKGK

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分子 #4: human histone H2B

分子名称: human histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
PEPAKSAPAP KKGSKKAVTK AQKKDGKKRK RSRKESYSVY VYKVLKQVHP DTGISSKAMG IMNSFVNDIF ERIAGEASRL AHYNKRSTIT SREIQTAVRL LLPGELAKHA VSEGTKAVTK YTSSK

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分子 #7: Lysine-specific demethylase 2B (KDM2B)

分子名称: Lysine-specific demethylase 2B (KDM2B) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GSEPEEERIR YSQRLRGTMR RRYEDDGISD DEIEGKRTFD LEEKLHTNKY NANFVTFMEG KDFNVEYIQR GGLRDPLIFK NSDGLGIKMP DPDFTVNDVK MCVGSRRMVD VMDVNTQKGI EMTMAQWTRY YETPEEEREK LYNVISLEFS HTRLENMVQR PSTVDFIDWV ...文字列:
GSEPEEERIR YSQRLRGTMR RRYEDDGISD DEIEGKRTFD LEEKLHTNKY NANFVTFMEG KDFNVEYIQR GGLRDPLIFK NSDGLGIKMP DPDFTVNDVK MCVGSRRMVD VMDVNTQKGI EMTMAQWTRY YETPEEEREK LYNVISLEFS HTRLENMVQR PSTVDFIDWV DNMWPRHLKE SQTESTNAIL EMQYPKVQKY CLMSVRGCYT DFHVDFGGTS VWYHIHQGGK VFWLIPPTAH NLELYENWLL SGKQGDIFLG DRVSDCQRIE LKQGYTFVIP SGWIHAVYTP TDTLVFGGNF LHSFNIPMQL KIYNIEDRTR VPNKFRYPFY YEMCWYVLER YVYCITNRSH LTKEFQKESL SMDLELNGLE SGNGDEEAVD REPRRLSSRR SVLTSPVANG VNLDYDGLGK TCRSLPSLKK TLAGDSSSDC SRGSHNGQVW DPQCAPRKDR QVHLTHFELE GLRCLVDKLE SLPLHKKCVP TGIEDEDALI ADVKILLEEL ANSDPKLALT GVPIVQWPKR DKLKFPTRPK VRVPTIPITK PHTMKPAPRL TPVRPAAASP IVSGARRRRV RCRKCKACVQ GECGVCHYCR DMKKFGGPGR MKQSCVLRQC LAPRLPHSVT CSLCGEVDQN EETQDFEKKL MECCICNEIV HPGCLQMDGE GLLNEELPNC WECPKCYQED SSEKAQHHHH HH

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分子 #5: DNA 185-MER

分子名称: DNA 185-MER / タイプ: dna / ID: 5 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
ATCCCTATAC GCGGCCGCCC TGGAGAATCC CGGTGCCGAG GCCGCTCAAT TGGTCGTAGA CAGCTCTAGC ACCGCTTAAA CGCACGTACG CGCTGTCCCC CGCGTTTTAA CCGCCAAGGG GATTACTCCC TAGTCTCCAG GCACGTGTCA GATATATACA TCCTGTGCAT GTATTGAACA GCGAT

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分子 #6: DNA 185-MER

分子名称: DNA 185-MER / タイプ: dna / ID: 6 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
ATCGCTGTTC AATACATGCA CAGGATGTAT ATATCTGACA CGTGCCTGGA GACTAGGGAG TAATCCCCTT GGCGGTTAAA ACGCGGGGGA CAGCGCGTAC GTGCGTTTAA GCGGTGCTAG AGCTGTCTAC GACCAATTGA GCGGCCTCGG CACCGGGATT CTCCAGGGCG GCCGCGTATA GGGAT

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC8H18N2O4SHEPES
30.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15671 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3435247
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7jo9

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 47729
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7jo9

精密化空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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