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- EMDB-26736: Hantavirus MAPV Gn(H)/Gc protein in complex with 2 Fabs SNV-24 an... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26736
タイトルHantavirus MAPV Gn(H)/Gc protein in complex with 2 Fabs SNV-24 and SNV-53
マップデータ
試料
  • 複合体: Hanta MAPV virus Gn(H)/Gc protein in complex with 2 Fabs
    • 複合体: Hanta MAPV virus Gn(H)/Gc protein
    • 複合体: FabFragment antigen-binding
生物種Maporal virus (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Binshtein E / Crowe JE
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Defense Advanced Research Projects Agency (DARPA)P3 HR0011-18-2-0001
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Antigenic mapping and functional characterization of human New World hantavirus neutralizing antibodies.
著者: Taylor B Engdahl / Elad Binshtein / Rebecca L Brocato / Natalia A Kuzmina / Lucia M Principe / Steven A Kwilas / Robert K Kim / Nathaniel S Chapman / Monique S Porter / Pablo Guardado-Calvo / ...著者: Taylor B Engdahl / Elad Binshtein / Rebecca L Brocato / Natalia A Kuzmina / Lucia M Principe / Steven A Kwilas / Robert K Kim / Nathaniel S Chapman / Monique S Porter / Pablo Guardado-Calvo / Félix A Rey / Laura S Handal / Summer M Diaz / Irene A Zagol-Ikapitte / Minh H Tran / W Hayes McDonald / Jens Meiler / Joseph X Reidy / Andrew Trivette / Alexander Bukreyev / Jay W Hooper / James E Crowe /
要旨: Hantaviruses are high-priority emerging pathogens carried by rodents and transmitted to humans by aerosolized excreta or, in rare cases, person-to-person contact. While infections in humans are ...Hantaviruses are high-priority emerging pathogens carried by rodents and transmitted to humans by aerosolized excreta or, in rare cases, person-to-person contact. While infections in humans are relatively rare, mortality rates range from 1 to 40% depending on the hantavirus species. There are currently no FDA-approved vaccines or therapeutics for hantaviruses, and the only treatment for infection is supportive care for respiratory or kidney failure. Additionally, the human humoral immune response to hantavirus infection is incompletely understood, especially the location of major antigenic sites on the viral glycoproteins and conserved neutralizing epitopes. Here, we report antigenic mapping and functional characterization for four neutralizing hantavirus antibodies. The broadly neutralizing antibody SNV-53 targets an interface between Gn/Gc, neutralizes through fusion inhibition and cross-protects against the Old World hantavirus species Hantaan virus when administered pre- or post-exposure. Another broad antibody, SNV-24, also neutralizes through fusion inhibition but targets domain I of Gc and demonstrates weak neutralizing activity to authentic hantaviruses. ANDV-specific, neutralizing antibodies (ANDV-5 and ANDV-34) neutralize through attachment blocking and protect against hantavirus cardiopulmonary syndrome (HCPS) in animals but target two different antigenic faces on the head domain of Gn. Determining the antigenic sites for neutralizing antibodies will contribute to further therapeutic development for hantavirus-related diseases and inform the design of new broadly protective hantavirus vaccines.
履歴
登録2022年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月5日-
マップ公開2023年4月5日-
更新2023年4月5日-
現状2023年4月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26736.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26736.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.54 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.0
最小 - 最大-5.0981 - 14.295677
平均 (標準偏差)0.0026393926 (±0.43658802)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 435.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_26736_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_26736_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hanta MAPV virus Gn(H)/Gc protein in complex with 2 Fabs

全体名称: Hanta MAPV virus Gn(H)/Gc protein in complex with 2 Fabs
要素
  • 複合体: Hanta MAPV virus Gn(H)/Gc protein in complex with 2 Fabs
    • 複合体: Hanta MAPV virus Gn(H)/Gc protein
    • 複合体: FabFragment antigen-binding

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超分子 #1: Hanta MAPV virus Gn(H)/Gc protein in complex with 2 Fabs

超分子名称: Hanta MAPV virus Gn(H)/Gc protein in complex with 2 Fabs
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0
分子量理論値: 200 KDa

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超分子 #2: Hanta MAPV virus Gn(H)/Gc protein

超分子名称: Hanta MAPV virus Gn(H)/Gc protein / タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Maporal virus (ウイルス)
分子量理論値: 150 KDa

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超分子 #3: Fab

超分子名称: Fab / タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 8
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 330 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 33.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 37800

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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