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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26322 | ||||||||||||||||||
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タイトル | MVV cleaved synaptic complex (CSC) intasome at 3.4 A resolution | ||||||||||||||||||
マップデータ | sharpened cryo-EM reconstruction of MVV CSC | ||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Integrase-DNA complex / hydrolase (加水分解酵素) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL PROTEIN-DNA complex (ウイルス性) | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / リボヌクレアーゼH / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA ...dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / リボヌクレアーゼH / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / カプシド / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / タンパク質分解 / DNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌) / Visna/maedi virus EV1 KV1772 (ビスナウイルス) / synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Shan Z / Pye VE / Cherepanov P / Lyumkis D | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 英国, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Multivalent interactions essential for lentiviral integrase function. 著者: Allison Ballandras-Colas / Vidya Chivukula / Dominika T Gruszka / Zelin Shan / Parmit K Singh / Valerie E Pye / Rebecca K McLean / Gregory J Bedwell / Wen Li / Andrea Nans / Nicola J Cook / ...著者: Allison Ballandras-Colas / Vidya Chivukula / Dominika T Gruszka / Zelin Shan / Parmit K Singh / Valerie E Pye / Rebecca K McLean / Gregory J Bedwell / Wen Li / Andrea Nans / Nicola J Cook / Hind J Fadel / Eric M Poeschla / David J Griffiths / Javier Vargas / Ian A Taylor / Dmitry Lyumkis / Hasan Yardimci / Alan N Engelman / Peter Cherepanov / 要旨: A multimer of retroviral integrase (IN) synapses viral DNA ends within a stable intasome nucleoprotein complex for integration into a host cell genome. Reconstitution of the intasome from the maedi- ...A multimer of retroviral integrase (IN) synapses viral DNA ends within a stable intasome nucleoprotein complex for integration into a host cell genome. Reconstitution of the intasome from the maedi-visna virus (MVV), an ovine lentivirus, revealed a large assembly containing sixteen IN subunits. Herein, we report cryo-EM structures of the lentiviral intasome prior to engagement of target DNA and following strand transfer, refined at 3.4 and 3.5 Å resolution, respectively. The structures elucidate details of the protein-protein and protein-DNA interfaces involved in lentiviral intasome formation. We show that the homomeric interfaces involved in IN hexadecamer formation and the α-helical configuration of the linker connecting the C-terminal and catalytic core domains are critical for MVV IN strand transfer activity in vitro and for virus infectivity. Single-molecule microscopy in conjunction with photobleaching reveals that the MVV intasome can bind a variable number, up to sixteen molecules, of the lentivirus-specific host factor LEDGF/p75. Concordantly, ablation of endogenous LEDGF/p75 results in gross redistribution of MVV integration sites in human and ovine cells. Our data confirm the importance of the expanded architecture observed in cryo-EM studies of lentiviral intasomes and suggest that this organization underlies multivalent interactions with chromatin for integration targeting to active genes. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26322.map.gz | 203.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26322-v30.xml emd-26322.xml | 28.3 KB 28.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26322_fsc.xml | 13.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26322.png | 212.3 KB | ||
マスクデータ | emd_26322_msk_1.map | 216 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-26322.cif.gz | 7.7 KB | ||
その他 | emd_26322_additional_1.map.gz emd_26322_additional_2.map.gz emd_26322_half_map_1.map.gz emd_26322_half_map_2.map.gz | 102 MB 190.7 MB 197.7 MB 197.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26322 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26322 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7u32MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26322.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened cryo-EM reconstruction of MVV CSC | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.92 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_26322_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_26322_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Reconstructed map after DeepEMhancer
ファイル | emd_26322_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Reconstructed map after DeepEMhancer | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map #2
ファイル | emd_26322_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map #2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map #1
ファイル | emd_26322_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map #1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : MVV cleaved synaptic complex intasome
全体 | 名称: MVV cleaved synaptic complex intasome |
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要素 |
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-超分子 #1: MVV cleaved synaptic complex intasome
超分子 | 名称: MVV cleaved synaptic complex intasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌) |
分子量 | 理論値: 0.48 kDa/nm |
-分子 #1: Integrase
分子 | 名称: Integrase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO EC番号: 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの |
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由来(天然) | 生物種: Visna/maedi virus EV1 KV1772 (ビスナウイルス) 株: KV1772 |
分子量 | 理論値: 32.368826 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: WIENIPLAEE EHNKWHQDAV SLHLEFGIPR TAAEDIVQQC DVCQENKMPS TLRGSNKRGI DHWQVDYTHY EDKIILVWVE TNSGLIYAE RVKGETGQEF RVQTMKWYAM FAPKSLQSDN GPAFVAESTQ LLMKYLGIEH TTGIPWNPQS QALVERTHQT L KNTLEKLI ...文字列: WIENIPLAEE EHNKWHQDAV SLHLEFGIPR TAAEDIVQQC DVCQENKMPS TLRGSNKRGI DHWQVDYTHY EDKIILVWVE TNSGLIYAE RVKGETGQEF RVQTMKWYAM FAPKSLQSDN GPAFVAESTQ LLMKYLGIEH TTGIPWNPQS QALVERTHQT L KNTLEKLI PMFNAFESAL AGTLITLNIK RKGGLGTSPM DIFIFNKEQQ RIQQQSKSKQ EKIRFCYYRT RKRGHPGEWQ GP TQVLWGG DGAIVVKDRG TDRYLVIANK DVKFIPPPKE IQKE UniProtKB: Gag-Pol polyprotein |
-分子 #2: DNA EV273
分子 | 名称: DNA EV273 / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 8.943719 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DT) (DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DG) |
-分子 #3: DNA EV272
分子 | 名称: DNA EV272 / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 8.272326 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA) (DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DA) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DC)(DA) |
-分子 #4: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 12 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #5: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 7 sec. | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: Cryo-EM grids were prepared by freezing using a manual plunger in cold room at 4C. | |||||||||||||||
詳細 | MVV CSC intasomes, assembled and purified as previously described, were applied onto R1.2/1.3 gold UltrAufoil grids, Au 300 mesh (Quantifoil). Cryo-EM grids were prepared by manually freezing using a manual plunger in cold room at 4C and stored in liquid nitrogen for future data acquisition. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率(補正後): 54347 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 45000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
詳細 | The stage was tilted to 40 degrees during data collection to account for the preferential orientation of the sample within the vitreous ice. |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-100 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2295 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 43.6 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 926176 |
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初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: 4138 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 147860 |
FSC曲線 (解像度の算出) |
-原子モデル構築 1
詳細 | The STC model refined in study, with the tDNA removed, was docked into the CSC cryoEM map using UCSF Chimera. It was observed that there were some slight differences in some domain positions, to address this, individual domains that were not well fitted to the map were docked as individual domains to achieve a best-fit starting model. Two (C2 related) NTDs (aa 1-35) were removed from the model due to lack of supporting map. Adjustments were made to the model interactively using Coot and the coordinates were subjected to real-space refinement in Phenix dev-4213-000 employing C2 NCS constraints. |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 262 / 当てはまり具合の基準: CC |
得られたモデル | PDB-7u32: |