[日本語] English
万見
- EMDB-2554: electron tomography average of an IgG hexamer -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2554
タイトルelectron tomography average of an IgG hexamer
マップデータreconstruction of IgG1-005-RGY hexamer
試料
  • 試料: IgG1-005-RGY monoclonal antibody
  • タンパク質・ペプチド: IgG1-005-E345R-E430G-S440Y
キーワードIgG hexamer / IgG / classical complement activation
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Diebolder CA / Beurskens FJ / de Jong RN / Koning RI / Strumane K / Lindorfer MA / Voorhorst M / Ugurlar D / Rosati S / Heck AJR ...Diebolder CA / Beurskens FJ / de Jong RN / Koning RI / Strumane K / Lindorfer MA / Voorhorst M / Ugurlar D / Rosati S / Heck AJR / van de Winkel JGJ / Wilson IA / Koster AJ / Taylor RP / Ollmann-Saphire E / Burton DR / Schuurman J / Gros P / Parren PWHI
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Complement is activated by IgG hexamers assembled at the cell surface.
著者: Christoph A Diebolder / Frank J Beurskens / Rob N de Jong / Roman I Koning / Kristin Strumane / Margaret A Lindorfer / Marleen Voorhorst / Deniz Ugurlar / Sara Rosati / Albert J R Heck / Jan ...著者: Christoph A Diebolder / Frank J Beurskens / Rob N de Jong / Roman I Koning / Kristin Strumane / Margaret A Lindorfer / Marleen Voorhorst / Deniz Ugurlar / Sara Rosati / Albert J R Heck / Jan G J van de Winkel / Ian A Wilson / Abraham J Koster / Ronald P Taylor / Erica Ollmann Saphire / Dennis R Burton / Janine Schuurman / Piet Gros / Paul W H I Parren /
要旨: Complement activation by antibodies bound to pathogens, tumors, and self antigens is a critical feature of natural immune defense, a number of disease processes, and immunotherapies. How antibodies ...Complement activation by antibodies bound to pathogens, tumors, and self antigens is a critical feature of natural immune defense, a number of disease processes, and immunotherapies. How antibodies activate the complement cascade, however, is poorly understood. We found that specific noncovalent interactions between Fc segments of immunoglobulin G (IgG) antibodies resulted in the formation of ordered antibody hexamers after antigen binding on cells. These hexamers recruited and activated C1, the first component of complement, thereby triggering the complement cascade. The interactions between neighboring Fc segments could be manipulated to block, reconstitute, and enhance complement activation and killing of target cells, using all four human IgG subclasses. We offer a general model for understanding antibody-mediated complement activation and the design of antibody therapeutics with enhanced efficacy.
履歴
登録2014年1月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年1月29日-
マップ公開2014年3月26日-
更新2014年3月26日-
現状2014年3月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 125
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 125
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2554.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2554.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 19.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈reconstruction of IgG1-005-RGY hexamer
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.4 Å
密度
表面レベル登録者による: 125.0 / ムービー #1: 125
最小 - 最大41.395481109999999 - 166.617950439999987
平均 (標準偏差)119.885620119999999 (±2.07971597)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ174174174
Spacing174174174
セルA=B=C: 765.60004 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.44.44.4
M x/y/z174174174
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z765.600765.600765.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-207-207-206
NX/NY/NZ414414414
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS174174174
D min/max/mean41.395166.618119.886

-
添付データ

-
セグメンテーションマップ: this mask represents the FC hexamer

注釈this mask represents the FC hexamer
ファイルemd_2554_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : IgG1-005-RGY monoclonal antibody

全体名称: IgG1-005-RGY monoclonal antibody
要素
  • 試料: IgG1-005-RGY monoclonal antibody
  • タンパク質・ペプチド: IgG1-005-E345R-E430G-S440Y

-
超分子 #1000: IgG1-005-RGY monoclonal antibody

超分子名称: IgG1-005-RGY monoclonal antibody / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: sample is a mix of monomers and hexamers / 集合状態: one homohexamer / Number unique components: 1
分子量実験値: 890 KDa / 手法: native mass spectrometry

-
分子 #1: IgG1-005-E345R-E430G-S440Y

分子名称: IgG1-005-E345R-E430G-S440Y / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 集合状態: Hexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 148.5 KDa / 理論値: 145.4 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: Freestyle 293-F / 組換プラスミド: pcDNA3.3

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.03 mg/mL
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: negative staining with 3% uranyl acetate
グリッド詳細: 400 mesh copper grids with carbon support
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.035 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.01 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt series - Axis1 - Min angle: -66 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 66 °
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 50,000 times magnification
日付2013年9月3日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, PEET, TOMOCTF / 詳細: final map was calculated from 200 sub tomograms / 使用したサブトモグラム数: 200
詳細manual picking of 237 particles from two tomograms (PEET stalkInit), random particle as initial reference, iterative refinement in PEET

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1hzh

ソフトウェア名称: Chimera
詳細manual docking
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る