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- EMDB-2550: Four levels of hierarchical organization including non-covalent c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2550
タイトルFour levels of hierarchical organization including non-covalent chainmail brace the mature tumor herpesvirus capsid against pressurization
マップデータCapsid reconstruction of the rhesus monkey rhadinovirus
試料
  • 試料: Rhesus monkey rhadinovirus capsid
  • ウイルス: Macaca mulatta rhadinovirus (ウイルス)
キーワードgammaherpesvirus (ガンマヘルペスウイルス亜科) / virus (ウイルス) / Rhesus monkey rhadinovirus / non-covalent chainmail
生物種Macaca mulatta rhadinovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å
データ登録者Zhou ZH / Hui W / Shah S / Jih J / O'Connor C / Sherman M / Kedes D / Schein S
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Four levels of hierarchical organization, including noncovalent chainmail, brace the mature tumor herpesvirus capsid against pressurization.
著者: Z Hong Zhou / Wong Hoi Hui / Sanket Shah / Jonathan Jih / Christine M O'Connor / Michael B Sherman / Dean H Kedes / Stan Schein /
要旨: Like many double-stranded DNA viruses, tumor gammaherpesviruses Epstein-Barr virus and Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus withstand high internal pressure. Bacteriophage HK97 uses covalent ...Like many double-stranded DNA viruses, tumor gammaherpesviruses Epstein-Barr virus and Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus withstand high internal pressure. Bacteriophage HK97 uses covalent chainmail for this purpose, but how this is achieved noncovalently in the much larger gammaherpesvirus capsid is unknown. Our cryoelectron microscopy structure of a gammaherpesvirus capsid reveals a hierarchy of four levels of organization: (1) Within a hexon capsomer, each monomer of the major capsid protein (MCP), 1,378 amino acids and six domains, interacts with its neighboring MCPs at four sites. (2) Neighboring capsomers are linked in pairs by MCP dimerization domains and in groups of three by heterotrimeric triplex proteins. (3) Small (∼280 amino acids) HK97-like domains in MCP monomers alternate with triplex heterotrimers to form a belt that encircles each capsomer. (4) One hundred sixty-two belts concatenate to form noncovalent chainmail. The triplex heterotrimer orchestrates all four levels and likely drives maturation to an angular capsid that can withstand pressurization.
履歴
登録2014年1月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年2月5日-
マップ公開2014年10月1日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2550.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2550.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 953.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Capsid reconstruction of the rhesus monkey rhadinovirus
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.04 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.5 / ムービー #1: 4.5
最小 - 最大-13.98461056 - 21.426439290000001
平均 (標準偏差)0.05623335 (±1.50696075)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00400
サイズ800800400
Spacing800800400
セルA: 1632.0 Å / B: 1632.0 Å / C: 816.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.042.042.04
M x/y/z800800400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1632.0001632.000816.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-207-207-206
NX/NY/NZ414414414
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00400
NC/NR/NS800800400
D min/max/mean-13.98521.4260.056

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Rhesus monkey rhadinovirus capsid

全体名称: Rhesus monkey rhadinovirus capsid
要素
  • 試料: Rhesus monkey rhadinovirus capsid
  • ウイルス: Macaca mulatta rhadinovirus (ウイルス)

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超分子 #1000: Rhesus monkey rhadinovirus capsid

超分子名称: Rhesus monkey rhadinovirus capsid / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The capsid has T=16 icosahedral symmetry. / 集合状態: icosahedral viral capsid / Number unique components: 1
分子量理論値: 198.4 MDa / 手法: theoreomatic estimation

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超分子 #1: Macaca mulatta rhadinovirus

超分子名称: Macaca mulatta rhadinovirus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 703611 / 生物種: Macaca mulatta rhadinovirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) / 別称: VERTEBRATES
分子量実験値: 198.4 MDa / 理論値: 198.4 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 1300 Å / T番号(三角分割数): 16

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20mM Tris HCl at pH 8.0, 250 mM NaCl and 1 mM EDTA
グリッド詳細: Quantifoil R2/1 grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 40 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: Blot manually for about 1 second before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージ試料ホルダー: 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度最低: 80 K / 最高: 100 K / 平均: 90 K
日付2004年8月30日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 320 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 14
Tilt angle min0
Tilt angle max0

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMIRS / 使用した粒子像数: 14374
詳細Data processing and 3D reconstruction were carried out in Microsoft Windows XP-based HP workstations with the IMIRS package

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1no7


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: fit in map function from Chimera

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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