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- EMDB-25387: Cryo-EM structure of the human augmin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25387
タイトルCryo-EM structure of the human augmin complex
マップデータStructure of a Protein Complex in Cell Division
試料
  • 複合体: Holocomplex of the Homologous to Augment Subunits Complex
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin-like complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin-like complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin-like complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 4 of HAUS augmin-like complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin-like complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin-like complex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin-like complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin-like complex subunit 8
機能・相同性
機能・相同性情報


HAUS complex / microtubule minus-end binding / regulation of microtubule nucleation / nuclear microtubule / mitotic spindle microtubule / microtubule nucleation / thioesterase binding / centrosome cycle / spindle assembly / Loss of Nlp from mitotic centrosomes ...HAUS complex / microtubule minus-end binding / regulation of microtubule nucleation / nuclear microtubule / mitotic spindle microtubule / microtubule nucleation / thioesterase binding / centrosome cycle / spindle assembly / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / 紡錘体 / microtubule cytoskeleton organization / 紡錘体 / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / microtubule binding / 細胞分裂 / 中心体 / 核小体 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
HAUS augmin-like complex subunit 2, metazoa / HAUS augmin-like complex subunit 6 / HAUS augmin-like complex subunit 6, N-terminal / HAUS augmin-like complex subunit 2 / HAUS augmin-like complex subunit 7-like / HAUS augmin-like complex subunit 6 N-terminus / HAUS augmin-like complex subunit 2 / HAUS augmin-like complex subunit 4, metazoa / HAUS complex subunit 5, metazoa / HAUS augmin-like complex subunit 1 ...HAUS augmin-like complex subunit 2, metazoa / HAUS augmin-like complex subunit 6 / HAUS augmin-like complex subunit 6, N-terminal / HAUS augmin-like complex subunit 2 / HAUS augmin-like complex subunit 7-like / HAUS augmin-like complex subunit 6 N-terminus / HAUS augmin-like complex subunit 2 / HAUS augmin-like complex subunit 4, metazoa / HAUS complex subunit 5, metazoa / HAUS augmin-like complex subunit 1 / HAUS augmin-like complex subunit 5 / HAUS augmin-like complex subunit 4 / HAUS augmin-like complex subunit 4 / HAUS augmin-like complex subunit 5 / HAUS augmin-like complex subunit 3 / HAUS augmin-like complex subunit 3, N-terminal / HAUS augmin-like complex subunit 3
類似検索 - ドメイン・相同性
HAUS augmin-like complex subunit 5 / HAUS augmin-like complex subunit 3 / HAUS augmin-like complex subunit 6 / HAUS augmin-like complex subunit 1 / HAUS augmin-like complex subunit 7 / HAUS augmin-like complex subunit 8 / HAUS augmin-like complex subunit 4 / HAUS augmin-like complex subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å
データ登録者Gabel CA / Chang L
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular architecture of the augmin complex.
著者: Clinton A Gabel / Zhuang Li / Andrew G DeMarco / Ziguo Zhang / Jing Yang / Mark C Hall / David Barford / Leifu Chang /
要旨: Accurate segregation of chromosomes during mitosis depends on the correct assembly of the mitotic spindle, a bipolar structure composed mainly of microtubules. The augmin complex, or homologous to ...Accurate segregation of chromosomes during mitosis depends on the correct assembly of the mitotic spindle, a bipolar structure composed mainly of microtubules. The augmin complex, or homologous to augmin subunits (HAUS) complex, is an eight-subunit protein complex required for building robust mitotic spindles in metazoa. Augmin increases microtubule density within the spindle by recruiting the γ-tubulin ring complex (γ-TuRC) to pre-existing microtubules and nucleating branching microtubules. Here, we elucidate the molecular architecture of augmin by single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM), computational methods, and crosslinking mass spectrometry (CLMS). Augmin's highly flexible structure contains a V-shaped head and a filamentous tail, with the head existing in either extended or contracted conformational states. Our work highlights how cryo-EM, complemented by computational advances and CLMS, can elucidate the structure of a challenging protein complex and provides insights into the function of augmin in mediating microtubule branching nucleation.
履歴
登録2021年11月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月21日-
マップ公開2022年9月21日-
更新2022年10月5日-
現状2022年10月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25387.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25387.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of a Protein Complex in Cell Division
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.384 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大0.0 - 0.19346383
平均 (標準偏差)9.074064e-05 (±0.00195876)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 664.31995 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Holocomplex of the Homologous to Augment Subunits Complex

全体名称: Holocomplex of the Homologous to Augment Subunits Complex
要素
  • 複合体: Holocomplex of the Homologous to Augment Subunits Complex
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin-like complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin-like complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin-like complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 4 of HAUS augmin-like complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin-like complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin-like complex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin-like complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin-like complex subunit 8

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超分子 #1: Holocomplex of the Homologous to Augment Subunits Complex

超分子名称: Holocomplex of the Homologous to Augment Subunits Complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
分子量理論値: 378 kDa/nm

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分子 #1: HAUS augmin-like complex subunit 1

分子名称: HAUS augmin-like complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.910348 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MEPQEERETQ VAAWLKKIFG DHPIPQYEVN PRTTEILHHL SERNRVRDRD VYLVIEDLKQ KASEYESEAK YLQDLLMESV NFSPANLSS TGSRYLNALV DSAVALETKD TSLASFIPAV NDLTSDLFRT KSKSEEIKIE LEKLEKNLTA TLVLEKCLQE D VKKAELHL ...文字列:
MEPQEERETQ VAAWLKKIFG DHPIPQYEVN PRTTEILHHL SERNRVRDRD VYLVIEDLKQ KASEYESEAK YLQDLLMESV NFSPANLSS TGSRYLNALV DSAVALETKD TSLASFIPAV NDLTSDLFRT KSKSEEIKIE LEKLEKNLTA TLVLEKCLQE D VKKAELHL STERAKVDNR RQNMDFLKAK SEEFRFGIKA AEEQLSARGM DASLSHQSLV ALSEKLARLK QQTIPLKKKL ES YLDLMPN PSLAQVKIEE AKRELDSIEA ELTRRVDMME L

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分子 #2: HAUS augmin-like complex subunit 2

分子名称: HAUS augmin-like complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.487453 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MHHHHHHHHP QLAMWSHPQF EKGGGSGGGS GGGSWSHPQF EKENLYFQSM AAANPWDPAS APNGAGLVLG HFIASGMVNQ EMLNMSKKT VSCFVNFTRL QQITNIQAEI YQKNLEIELL KLEKDTADVV HPFFLAQKCH TLQSMNNHLE AVLKEKRSLR Q RLLKPMCQ ...文字列:
MHHHHHHHHP QLAMWSHPQF EKGGGSGGGS GGGSWSHPQF EKENLYFQSM AAANPWDPAS APNGAGLVLG HFIASGMVNQ EMLNMSKKT VSCFVNFTRL QQITNIQAEI YQKNLEIELL KLEKDTADVV HPFFLAQKCH TLQSMNNHLE AVLKEKRSLR Q RLLKPMCQ ENLPIEAVYH RYMVHLLELA VTFIERLETH LETIRNIPHL AANLKKMNQA LAKMDILVTE TEELAENILK WR KQQNEVS SCIPKILAEE SYLYKHDIIM PPLPFTSKVH VQTINAK

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分子 #3: HAUS augmin-like complex subunit 3

分子名称: HAUS augmin-like complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 69.74018 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSCGNEFVET LKKIGYPKAD NLNGEDFDWL FEGVEDESFL KWFCGNVNEQ NVLSERELEA FSILQKSGKP ILEGAALDEA LKTCKTSDL KTPRLDDKEL EKLEDEVQTL LKLKNLKIQR RNKCQLMASV TSHKSLRLNA KEEEATKKLK QSQGILNAMI T KISNELQA ...文字列:
MSCGNEFVET LKKIGYPKAD NLNGEDFDWL FEGVEDESFL KWFCGNVNEQ NVLSERELEA FSILQKSGKP ILEGAALDEA LKTCKTSDL KTPRLDDKEL EKLEDEVQTL LKLKNLKIQR RNKCQLMASV TSHKSLRLNA KEEEATKKLK QSQGILNAMI T KISNELQA LTDEVTQLMM FFRHSNLGQG TNPLVFLSQF SLEKYLSQEE QSTAALTLYT KKQFFQGIHE VVESSNEDNF QL LDIQTPS ICDNQEILEE RRLEMARLQL AYICAQHQLI HLKASNSSMK SSIKWAEESL HSLTSKAVDK ENLDAKISSL TSE IMKLEK EVTQIKDRSL PAVVRENAQL LNMPVVKGDF DLQIAKQDYY TARQELVLNQ LIKQKASFEL LQLSYEIELR KHRD IYRQL ENLVQELSQS NMMLYKQLEM LTDPSVSQQI NPRNTIDTKD YSTHRLYQVL EGENKKKELF LTHGNLEEVA EKLKQ NISL VQDQLAVSAQ EHSFFLSKRN KDVDMLCDTL YQGGNQLLLS DQELTEQFHK VESQLNKLNH LLTDILADVK TKRKTL ANN KLHQMEREFY VYFLKDEDYL KDIVENLETQ SKIKAVSLED

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分子 #4: Isoform 4 of HAUS augmin-like complex subunit 4

分子名称: Isoform 4 of HAUS augmin-like complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.269805 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MASGDFCSPG EGMEILQQVC SKQLPPCNLS KEDLLQNPYF SKLLLNLSQH VDESGLSLTL AKEQAQAWKE VRLHKTTWLR SEILHRVIQ ELLVDYYVKI QDTNVTSEDK KDFVWMRARL QQEVEEQLKK KCFTLLCYYD PNSDADSETV KAAKVWKLAE V LVGEQQQC ...文字列:
MASGDFCSPG EGMEILQQVC SKQLPPCNLS KEDLLQNPYF SKLLLNLSQH VDESGLSLTL AKEQAQAWKE VRLHKTTWLR SEILHRVIQ ELLVDYYVKI QDTNVTSEDK KDFVWMRARL QQEVEEQLKK KCFTLLCYYD PNSDADSETV KAAKVWKLAE V LVGEQQQC QDAKSQQKEQ MLLLEKKSAA YSQVLLRCLT LLQRLLQEHR LKTQSELDRI NAQYLEVKCG AMILKLRMEE LK ILSDTYT VEKVEVHRLI RDRLEGAIHL QEQDMENSRQ VLNSYEVLGE EFDRLVKEYT VLKQATENKR WALQEFSKVY R

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分子 #5: HAUS augmin-like complex subunit 5

分子名称: HAUS augmin-like complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 71.783406 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MELAQEAREL GCWAVEEMGV PVAARAPEST LRRLCLGQGA DIWAYILQHV HSQRTVKKIR GNLLWYGHQD SPQVRRKLEL EAAVTRLRA EIQELDQSLE LMERDTEAQD TAMEQARQHT QDTQRRALLL RAQAGAMRRQ QHTLRDPMQR LQNQLRRLQD M ERKAKVDV ...文字列:
MELAQEAREL GCWAVEEMGV PVAARAPEST LRRLCLGQGA DIWAYILQHV HSQRTVKKIR GNLLWYGHQD SPQVRRKLEL EAAVTRLRA EIQELDQSLE LMERDTEAQD TAMEQARQHT QDTQRRALLL RAQAGAMRRQ QHTLRDPMQR LQNQLRRLQD M ERKAKVDV TFGSLTSAAL GLEPVVLRDV RTACTLRAQF LQNLLLPQAK RGSLPTPHDD HFGTSYQQWL SSVETLLTNH PP GHVLAAL EHLAAEREAE IRSLCSGDGL GDTEISRPQA PDQSDSSQTL PSMVHLIQEG WRTVGVLVSQ RSTLLKERQV LTQ RLQGLV EEVERRVLGS SERQVLILGL RRCCLWTELK ALHDQSQELQ DAAGHRQLLL RELQAKQQRI LHWRQLVEET QEQV RLLIK GNSASKTRLC RSPGEVLALV QRKVVPTFEA VAPQSRELLR CLEEEVRHLP HILLGTLLRH RPGELKPLPT VLPSI HQLH PASPRGSSFI ALSHKLGLPP GKASELLLPA AASLRQDLLL LQDQRSLWCW DLLHMKTSLP PGLPTQELLQ IQASQE KQQ KENLGQALKR LEKLLKQALE RIPELQGIVG DWWEQPGQAA LSEELCQGLS LPQWRLRWVQ AQGALQKLCS

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分子 #6: HAUS augmin-like complex subunit 6

分子名称: HAUS augmin-like complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.250039 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSSASVTAFE KEHLWMYLQA LGFEPGPATI ACGKIVSHTH LGVNMFDKLN RDAFHIISYF LFQVLDQSLT KEVFKFCWPP FDQKSDTEF RKHCCEWIKR ISGECGSSFP QVVGSLFLSP GGPKFIHLMY HFARFVAMKY IKSNSKNSSH HFVETFNIKP Q DLHKCIAR ...文字列:
MSSASVTAFE KEHLWMYLQA LGFEPGPATI ACGKIVSHTH LGVNMFDKLN RDAFHIISYF LFQVLDQSLT KEVFKFCWPP FDQKSDTEF RKHCCEWIKR ISGECGSSFP QVVGSLFLSP GGPKFIHLMY HFARFVAMKY IKSNSKNSSH HFVETFNIKP Q DLHKCIAR CHFARSRFLQ ILQRQDCVTQ KYQENAQLSV KQVRNLRSEC IGLENQIKKM EPYDDHSNME EKIQKVRSLW AS VNETLMF LEKEREVVSS VLSLVNQYAL DGTNVAINIP RLLLDKIEKQ MFQLHIGNVY EAGKLNLLTV IQLLNEVLKV MKY ERCQAD QARLTVDLHY LEKETKFQKE RLSDLKHMRY RIKDDLTTIR HSVVEKQGEW HKKWKEFLGL SPFSLIKGWT PSVD LLPPM SPLSFDPASE EVYAKSILCQ YPASLPD

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分子 #7: HAUS augmin-like complex subunit 7

分子名称: HAUS augmin-like complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.819152 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGGARLGARN MAGQDAGCGR GGDDYSEDEG DSSVSRAAVE VFGKLKDLNC PFLEGLYITE PKTIQELLCS PSEYRLEILE WMCTRVWPS LQDRFSSLKG VPTEVKIQEM TKLGHELMLC APDDQELLKG CACAQKQLHF MDQLLDTIRS LTIGCSSCSS L MEHFEDTR ...文字列:
MGGARLGARN MAGQDAGCGR GGDDYSEDEG DSSVSRAAVE VFGKLKDLNC PFLEGLYITE PKTIQELLCS PSEYRLEILE WMCTRVWPS LQDRFSSLKG VPTEVKIQEM TKLGHELMLC APDDQELLKG CACAQKQLHF MDQLLDTIRS LTIGCSSCSS L MEHFEDTR EKNEALLGEL FSSPHLQMLL NPECDPWPLD MQPLLNKQSD DWQWASASAK SEEEEKLAEL ARQLQESAAK LH ALRTEYF AQHEQGAAAG AADISTLDQK LRLVTSDFHQ LILAFLQVYD DELGECCQRP GPDLHPCGPI IQATHQNLTS YSQ LLQVVM AVADTSAKAV ETVKKQQGEQ ICWGGSSSVM SLATKMNELM EK

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分子 #8: HAUS augmin-like complex subunit 8

分子名称: HAUS augmin-like complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.92243 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MADSSGRGAG KPATGPTNSS SAKKKDKRVQ GGRVIESRYL QYEKKTTQKA PAGDGSQTRG KMSEGGRKSS LLQKSKADSS GVGKGDLQS TLLEGHGTAP PDLDLSAIND KSIVKKTPQL AKTISKKPES TSFSAPRKKS PDLSEAMEMM ESQTLLLTLL S VKMENNLA ...文字列:
MADSSGRGAG KPATGPTNSS SAKKKDKRVQ GGRVIESRYL QYEKKTTQKA PAGDGSQTRG KMSEGGRKSS LLQKSKADSS GVGKGDLQS TLLEGHGTAP PDLDLSAIND KSIVKKTPQL AKTISKKPES TSFSAPRKKS PDLSEAMEMM ESQTLLLTLL S VKMENNLA EFERRAEKNL LIMCKEKEKL QKKAHELKRR LLLSQRKREL ADVLDAQIEM LSPFEAVATR FKEQYRTFAT AL DTTRHEL PVRSIHLEGD GQQLLDALQH ELVTTQRLLG ELDVGDSEEN VQVLDLLSEL KDVTAKKDLE LRRSFAQVLE LSA EASKEA ALANQEVWEE TQGMAPPSRW YFNQDSACRE SGGAPKNTPL SEDDNPGASS APAQATFISP SEDFSSSSQA EVPP SLSRS GRDLS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
200.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
1.0 mMTCEPtris(2-carboxyethyl)phosphine
1.0 % (v/v)GlycerolグリセリンGlycerolグリセリン
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.8 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 64000
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2000000
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Generated by ab initial reconstruction in cryoSPARC
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 447000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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