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- EMDB-25214: Cryo-EM structure of Drosophila Integrator cleavage module (IntS4... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25214
タイトルCryo-EM structure of Drosophila Integrator cleavage module (IntS4-IntS9-IntS11) in complex with IP6
マップデータ
試料
  • 複合体: Integrator cleavage module with inositol hexakisphosphate
    • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 4積分器
    • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 11積分器
    • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 9積分器
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATEフィチン酸
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II transcribes snRNA genes / snRNA processing / integrator complex / snRNA 3'-end processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Integrator complex subunit 9 / Integrator complex subunit 11, MBL-fold / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase ...Integrator complex subunit 9 / Integrator complex subunit 11, MBL-fold / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrator complex subunit 9 / Integrator complex subunit 11 / Integrator complex subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Lin M / Tong L
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM134539 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118093 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP170593 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Inositol hexakisphosphate is required for Integrator function.
著者: Min-Han Lin / Madeline K Jensen / Nathan D Elrod / Kai-Lieh Huang / Kevin A Welle / Eric J Wagner / Liang Tong /
要旨: Integrator is a multi-subunit protein complex associated with RNA polymerase II (Pol II), with critical roles in noncoding RNA 3'-end processing and transcription attenuation of a broad collection of ...Integrator is a multi-subunit protein complex associated with RNA polymerase II (Pol II), with critical roles in noncoding RNA 3'-end processing and transcription attenuation of a broad collection of mRNAs. IntS11 is the endonuclease for RNA cleavage, as a part of the IntS4-IntS9-IntS11 Integrator cleavage module (ICM). Here we report a cryo-EM structure of the Drosophila ICM, at 2.74 Å resolution, revealing stable association of an inositol hexakisphosphate (IP) molecule. The IP binding site is located in a highly electropositive pocket at an interface among all three subunits of ICM, 55 Å away from the IntS11 active site and generally conserved in other ICMs. We also confirmed IP association with the same site in human ICM. IP binding is not detected in ICM samples harboring mutations in this binding site. Such mutations or disruption of IP biosynthesis significantly reduced Integrator function in snRNA 3'-end processing and mRNA transcription attenuation. Our structural and functional studies reveal that IP is required for Integrator function in Drosophila, humans, and likely other organisms.
履歴
登録2021年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月12日-
マップ公開2022年10月12日-
更新2022年10月12日-
現状2022年10月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25214.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25214.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.083 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.028
最小 - 最大-0.14074597 - 0.26390722
平均 (標準偏差)-6.955377e-05 (±0.005399295)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 277.248 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Integrator cleavage module with inositol hexakisphosphate

全体名称: Integrator cleavage module with inositol hexakisphosphate
要素
  • 複合体: Integrator cleavage module with inositol hexakisphosphate
    • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 4積分器
    • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 11積分器
    • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 9積分器
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATEフィチン酸

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超分子 #1: Integrator cleavage module with inositol hexakisphosphate

超分子名称: Integrator cleavage module with inositol hexakisphosphate
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #1: Integrator complex subunit 4

分子名称: Integrator complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 114.728875 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MHHHHHHGSG MALAIKKRVG TYVETVDGSP PVKKLRLQTL AADAKGGKSG KVGNVERKLT ALNQLDAYVG NLPAGALVLP TGTPVASTG APSTGVIGNP PAAATGAPPM TAANSRELLE LLVKITDEIS YEDVEMGELK EVASKIFQLY QLQERDSDTS I RVKLLELL ...文字列:
MHHHHHHGSG MALAIKKRVG TYVETVDGSP PVKKLRLQTL AADAKGGKSG KVGNVERKLT ALNQLDAYVG NLPAGALVLP TGTPVASTG APSTGVIGNP PAAATGAPPM TAANSRELLE LLVKITDEIS YEDVEMGELK EVASKIFQLY QLQERDSDTS I RVKLLELL SGLGCECATE QALTMIIDYF IFLLRKEVSQ KVLAQGMMCL FRIGERRKHM LPISYKTQVA HLAKEQLRSG SA HTQKNAM LVIGRFATKM EGERHYVWKL AFYIDSQDSS VRAQALHALL TLGERGSQLP AVLYKRAVEA MKDDYECVRK EAL QLVFML GNRHPDYILP SDRQQEELRM IDAAFSKVCE ALCDLSLQIR VLAAELLGGM TAVSREFLHQ TLDKKLMSNL RRKR TAHER GARLVASGEW SSGKRWADDA PQEHLDAQSI SIIASGACGA LIHGLEDEFL EVRTAAVASM CKLALSRPDF AVTSL DFLV DMFNDEIEDV RLKAIYSLTA IAKHIVLRED QLEIMLGSLE DYSVDVREGL HLMLGACRVS TQTCLLMVVQ KLLDVL AKY PQDRNSTYAC MRKIGQKHPH LVMAVAVHLL YVHPFFETPE RDVEDPAYLC VLILVFNAAE HLVPIISLLP TATHRHY AY LRDSMPNLVP QLPIEGASSA SATHRIDSAM HQAGSSAEYL QMILSHIEEI FTMTDERLEL LQTAQSNLQR LGSIDAGM Y GTSNFLETFL AAQIQIEQMQ RCASTQRSRV PLKESLAALI RNCLKLQHTF SGLNYGDILQ VKQLRLRACA LHLVLVVRD RSQSALGPCQ MLLQTAGDIS EFIKANTKDE EEKPPVVETD MPMKESVSRD AQPDSFTRQL LIKLDGISDP KPGRVFREIL PLVQQAPPL ALPPANDKIR RCVANILEPC PLQSQDNVIK VTAGLIAAVP FVAEIDNLLE SQKADMRIKI KYPDQHMHTV V PKQSDFKP IMTEQGEHKT NVRLRTTILL SHSVWTESSL VEIQLCLAVR PGSELELCKP AKVLFAPKPV RRGI

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分子 #2: Integrator complex subunit 11

分子名称: Integrator complex subunit 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 67.683922 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MPDIKITPLG AGQDVGRSCL LLSMGGKNIM LDCGMHMGYN DERRFPDFSY IVPEGPITSH IDCVIISHFH LDHCGALPYM SEIVGYTGP IYMTHPTKAI APILLEDMRK VAVERKGESN FFTTQMIKDC MKKVIPVTLH QSMMVDTDLE IKAYYAGHVL G AAMFWIKV ...文字列:
MPDIKITPLG AGQDVGRSCL LLSMGGKNIM LDCGMHMGYN DERRFPDFSY IVPEGPITSH IDCVIISHFH LDHCGALPYM SEIVGYTGP IYMTHPTKAI APILLEDMRK VAVERKGESN FFTTQMIKDC MKKVIPVTLH QSMMVDTDLE IKAYYAGHVL G AAMFWIKV GSQSVVYTGD YNMTPDRHLG AAWIDKCRPD LLISESTYAT TIRDSKRCRE RDFLKKVHEC VAKGGKVLIP VF ALGRAQE LCILLETYWE RMNLKYPIYF ALGLTEKANT YYKMFITWTN QKIRKTFVHR NMFDFKHIKP FDKAYIDNPG AMV VFATPG MLHAGLSLQI FKKWAPNENN MVIMPGYCVQ GTVGNKILGG AKKVEFENRQ VVEVKMAVEY MSFSAHADAK GIMQ LIQNC EPKNVMLVHG EAGKMKFLRS KIKDEFNLET YMPANGETCV ISTPVKIPVD ASVSLLKAEA RSYNAQPPDP KRRRL IHGV LVMKDNRIML QNLTDALKEI GINRHVMRFT SKVKMDDSGP VIRTSERLKT LLEEKLAGWT VTMQENGSIA IESVEV KVE EDEKDPKQKN ILISWTNQDE DIGAYILNVL QNMC

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分子 #3: Integrator complex subunit 9

分子名称: Integrator complex subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 73.351531 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MRLYCLSGDL AKPCYIITFK GLRIMLDCGL TEQTVLNFLP LPFVQSLKWS NLPNFVPSRD HDPQMDGELK DCCGRVFVDS TPEFNLPMD KMLDFSEVDV ILISNYLNML ALPYITENTG FKGKVYATEP TLQIGRFFLE ELVDYIEVSP KACTARLWKE K LHLLPSPL ...文字列:
MRLYCLSGDL AKPCYIITFK GLRIMLDCGL TEQTVLNFLP LPFVQSLKWS NLPNFVPSRD HDPQMDGELK DCCGRVFVDS TPEFNLPMD KMLDFSEVDV ILISNYLNML ALPYITENTG FKGKVYATEP TLQIGRFFLE ELVDYIEVSP KACTARLWKE K LHLLPSPL SEAFRAKKWR TIFSLKDVQG SLSKVTIMGY DEKLDILGAF IATPVSSGYC LGSSNWVLST AHEKICYVSG SS TLTTHPR PINQSALKHA DVLIMTGLTQ APTVNPDTKL GELCMNVALT IRNNGSALIP CYPSGVVYDL FECLTQNLEN AGL NNVPMF FISPVADSSL AYSNILAEWL SSAKQNKVYL PDDPFPHAFY LRNNKLKHYN HVFSEGFSKD FRQPCVVFCG HPSL RFGDA VHFIEMWGNN PNNSIIFTEP DFPYLQVLAP FQPLAMKAFY CPIDTSLNYQ QANKLIKELK PNVLVIPEAY TKPHP SAPN LFIEQPDKKI ITFKCGEIIR LPLKRKLDRI YITSELAQKI SPKEVAAGVT FSTLTGVLQV KDKVHCIQPC ADSVKD ETI SSNSAPTKED VLKNVKYEYG SIDVDAVMKK LAQDGFSNIK LDRTGGALTL NLVNEDTVIK FEDNETHIIC GGKPTTR LK LRDTIMKCLQ SF

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #5: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

分子名称: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: IHP
分子量理論値: 660.035 Da
Chemical component information

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸 / フィチン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 4395 / 平均電子線量: 51.35 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 620438

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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