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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25037 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM 3D map of the human Exostosin-1 and Exostosin-2 heterodimer in complex with a 7-sugar oligosaccharide acceptor analog | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucuronosyl-N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase / N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-beta-glucuronosyltransferase / 過敏症 / heart field specification / lymphocyte adhesion to endothelial cell of high endothelial venule / heparan sulfate N-acetylglucosaminyltransferase activity / glucuronosyl-N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase activity / N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-beta-glucuronosyltransferase activity / smoothened signaling pathway involved in lung development / developmental growth involved in morphogenesis ...glucuronosyl-N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase / N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-beta-glucuronosyltransferase / 過敏症 / heart field specification / lymphocyte adhesion to endothelial cell of high endothelial venule / heparan sulfate N-acetylglucosaminyltransferase activity / glucuronosyl-N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase activity / N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-beta-glucuronosyltransferase activity / smoothened signaling pathway involved in lung development / developmental growth involved in morphogenesis / sweat gland development / perichondral bone morphogenesis / mesenchymal cell differentiation involved in bone development / response to leukemia inhibitory factor / chondroitin sulfate metabolic process / UDP-N-acetylglucosamine transferase complex / response to heparin / chondrocyte hypertrophy / embryonic skeletal joint development / hematopoietic stem cell migration to bone marrow / : / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process, polysaccharide chain biosynthetic process / fluid transport / glucuronosyltransferase activity / limb joint morphogenesis / tight junction organization / heparin biosynthetic process / Defective EXT2 causes exostoses 2 / Defective EXT1 causes exostoses 1, TRPS2 and CHDS / stomach development / sebaceous gland development / glomerular basement membrane development / dendrite self-avoidance / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / HS-GAG biosynthesis / glycosaminoglycan biosynthetic process / lymphocyte migration into lymphoid organs / sulfation / hematopoietic stem cell homeostasis / podocyte differentiation / chondrocyte proliferation / glandular epithelial cell differentiation / dendritic cell migration / endochondral bone morphogenesis / polysaccharide biosynthetic process / sodium ion homeostasis / endochondral bone growth / acetylglucosaminyltransferase activity / response to light intensity / basement membrane organization / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / cranial skeletal system development / vocalization behavior / stem cell division / endoderm development / vacuole organization / olfactory bulb development / leukocyte tethering or rolling / multicellular organismal-level water homeostasis / endochondral ossification / fear response / optic nerve development / protein N-linked glycosylation / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / neural crest cell differentiation / collagen fibril organization / ossification involved in bone maturation / motor behavior / cell adhesion mediated by integrin / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / hair follicle morphogenesis / heart contraction / glycosyltransferase activity / protein glycosylation / social behavior / mesoderm development / mesoderm formation / catalytic complex / antigen processing and presentation / canonical Wnt signaling pathway / gastrulation / hematopoietic stem cell differentiation / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / blood vessel remodeling / 細胞分化 / BMP signaling pathway / chondrocyte differentiation / bone resorption / 骨化 / synaptic transmission, glutamatergic / 軸索誘導 / protein catabolic process / multicellular organism growth / wound healing / cellular response to virus / 血圧 / vasodilation / 遺伝子発現 / protein-containing complex assembly / protein heterodimerization activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Li H | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2023 タイトル: Structural basis for heparan sulfate co-polymerase action by the EXT1-2 complex. 著者: Hua Li / Digantkumar Chapla / Robert A Amos / Annapoorani Ramiah / Kelley W Moremen / Huilin Li / 要旨: Heparan sulfate (HS) proteoglycans are extended (-GlcAβ1,4GlcNAcα1,4-) co-polymers containing decorations of sulfation and epimerization that are linked to cell surface and extracellular matrix ...Heparan sulfate (HS) proteoglycans are extended (-GlcAβ1,4GlcNAcα1,4-) co-polymers containing decorations of sulfation and epimerization that are linked to cell surface and extracellular matrix proteins. In mammals, HS repeat units are extended by an obligate heterocomplex of two exostosin family members, EXT1 and EXT2, where each protein monomer contains distinct GT47 (GT-B fold) and GT64 (GT-A fold) glycosyltransferase domains. In this study, we generated human EXT1-EXT2 (EXT1-2) as a functional heterocomplex and determined its structure in the presence of bound donor and acceptor substrates. Structural data and enzyme activity of catalytic site mutants demonstrate that only two of the four glycosyltransferase domains are major contributors to co-polymer syntheses: the EXT1 GT-B fold β1,4GlcA transferase domain and the EXT2 GT-A fold α1,4GlcNAc transferase domain. The two catalytic sites are over 90 Å apart, indicating that HS is synthesized by a dissociative process that involves a single catalytic site on each monomer. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25037.map.gz | 56.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25037-v30.xml emd-25037.xml | 21.9 KB 21.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_25037_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_25037.png | 162.6 KB | ||
マスクデータ | emd_25037_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_25037_additional_1.map.gz emd_25037_half_map_1.map.gz emd_25037_half_map_2.map.gz | 6.4 MB 49.7 MB 49.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25037 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25037 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25037.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.828 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_25037_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_25037_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_25037_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_25037_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : human EXT1/2
全体 | 名称: human EXT1/2 |
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要素 |
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-超分子 #1: human EXT1/2
超分子 | 名称: human EXT1/2 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Exostosin-1
分子 | 名称: Exostosin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: glucuronosyl-N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 83.404023 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GFRASRSHSR REEHSGRNGL HHPSPDHFWP RFPDALRPFV PWDQLENEDS SVHISPRQKR DANSSIYKGK KCRMESCFDF TLCKKNGFK VYVYPQQKGE KIAESYQNIL AAIEGSRFYT SDPSQACLFV LSLDTLDRDQ LSPQYVHNLR SKVQSLHLWN N GRNHLIFN ...文字列: GFRASRSHSR REEHSGRNGL HHPSPDHFWP RFPDALRPFV PWDQLENEDS SVHISPRQKR DANSSIYKGK KCRMESCFDF TLCKKNGFK VYVYPQQKGE KIAESYQNIL AAIEGSRFYT SDPSQACLFV LSLDTLDRDQ LSPQYVHNLR SKVQSLHLWN N GRNHLIFN LYSGTWPDYT EDVGFDIGQA MLAKASISTE NFRPNFDVSI PLFSKDHPRT GGERGFLKFN TIPPLRKYML VF KGKRYLT GIGSDTRNAL YHVHNGEDVV LLTTCKHGKD WQKHKDSRCD RDNTEYEKYD YREMLHNATF CLVPRGRRLG SFR FLEALQ AACVPVMLSN GWELPFSEVI NWNQAAVIGD ERLLLQIPST IRSIHQDKIL ALRQQTQFLW EAYFSSVEKI VLTT LEIIQ DRIFKHISRN SLIWNKHPGG LFVLPQYSSY LGDFPYYYAN LGLKPPSKFT AVIHAVTPLV SQSQPVLKLL VAAAK SQYC AQIIVLWNCD KPLPAKHRWP ATAVPVVVIE GESKVMSSRF LPYDNIITDA VLSLDEDTVL STTEVDFAFT VWQSFP ERI VGYPARSHFW DNSKERWGYT SKWTNDYSMV LTGAAIYHKY YHYLYSHYLP ASLKNMVDQL ANCEDILMNF LVSAVTK LP PIKVTQKKQY KETMMGQTSR ASRWADPDHF AQRQSCMNTF ASWFGYMPLI HSQMRLDPVL FKDQVSILRK KYRDIERL |
-分子 #2: Exostosin-2
分子 | 名称: Exostosin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: glucuronosyl-N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 77.238031 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GWPHSIESSN DWNVEKRSIR DVPVVRLPAD SPIPERGDLS CRMHTCFDVY RCGFNPKNKI KVYIYALKKY VDDFGVSVSN TISREYNEL LMAISDSDYY TDDINRACLF VPSIDVLNQN TLRIKETAQA MAQLSRWDRG TNHLLFNMLP GGPPDYNTAL D VPRDRALL ...文字列: GWPHSIESSN DWNVEKRSIR DVPVVRLPAD SPIPERGDLS CRMHTCFDVY RCGFNPKNKI KVYIYALKKY VDDFGVSVSN TISREYNEL LMAISDSDYY TDDINRACLF VPSIDVLNQN TLRIKETAQA MAQLSRWDRG TNHLLFNMLP GGPPDYNTAL D VPRDRALL AGGGFSTWTY RQGYDVSIPV YSPLSAEVDL PEKGPGPRQY FLLSSQVGLH PEYREDLEAL QVKHGESVLV LD KCTNLSE GVLSVRKRCH KHQVFDYPQV LQEATFCVVL RGARLGQAVL SDVLQAGCVP VVIADSYILP FSEVLDWKRA SVV VPEEKM SDVYSILQSI PQRQIEEMQR QARWFWEAYF QSIKAIALAT LQIINDRIYP YAAISYEEWN DPPAVKWGSV SNPL FLPLI PPQSQGFTAI VLTYDRVESL FRVITEVSKV PSLSKLLVVW NNQNKNPPED SLWPKIRVPL KVVRTAENKL SNRFF PYDE IETEAVLAID DDIIMLTSDE LQFGYEVWRE FPDRLVGYPG RLHLWDHEMN KWKYESEWTN EVSMVLTGAA FYHKYF NYL YTYKMPGDIK NWVDAHMNCE DIAMNFLVAN VTGKAVIKVT PRKKFKCPEC TAIDGLSLDQ THMVERSECI NKFASVF GT MPLKVVEHRA DPVLYKDDFP EKLKSFPNIG SL |
-分子 #5: URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: UDP |
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分子量 | 理論値: 404.161 Da |
Chemical component information | ChemComp-UDP: |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #7: MANGANESE (II) ION
分子 | 名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: MN |
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分子量 | 理論値: 54.938 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 299 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 193.0 K / 最高: 193.0 K |
アライメント法 | Coma free - Residual tilt: 0.05 mrad |
撮影 | #0 - Image recording ID: 1 #0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) #0 - 撮影したグリッド数: 1 / #0 - 実像数: 5108 / #0 - 平均露光時間: 1.5 sec. / #0 - 平均電子線量: 68.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2 #1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) #1 - デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / #1 - デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / #1 - 撮影したグリッド数: 1 / #1 - 実像数: 7609 / #1 - 平均露光時間: 1.5 sec. / #1 - 平均電子線量: 72.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-7sck: |