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万見
- EMDB-25027: Anaphase Promoting Complex delta APC7 + UBE2C,substrate,UbV,CDH1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25027
タイトルAnaphase Promoting Complex delta APC7 + UBE2C,substrate,UbV,CDH1
マップデータanaphase promoting complex / cyclosome lacking APC7 subunit, bound to Ubiquitin variant, substrate, UBE2C
試料
  • 複合体: Anaphase Promoting Complex delta APC7
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitotic spindle pole body separation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / : / deactivation of mitotic spindle assembly checkpoint / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of exit from mitosis / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / free ubiquitin chain polymerization / positive regulation of synapse maturation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase ...negative regulation of mitotic spindle pole body separation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / : / deactivation of mitotic spindle assembly checkpoint / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of exit from mitosis / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / free ubiquitin chain polymerization / positive regulation of synapse maturation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / 後期促進複合体 / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of meiotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / positive regulation of synaptic plasticity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Phosphorylation of the APC/C / anaphase-promoting complex binding / ubiquitin ligase activator activity / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / exit from mitosis / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein K11-linked ubiquitination / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of dendrite morphogenesis / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / ユビキチン結合酵素 / ubiquitin-like protein ligase binding / ubiquitin conjugating enzyme activity / cullin family protein binding / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / Transcriptional Regulation by VENTX / protein K48-linked ubiquitination / positive regulation of axon extension / ubiquitin ligase complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / regulation of mitotic cell cycle / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / cyclin binding / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / positive regulation of protein ubiquitination / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / 動原体 / spindle / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of protein catabolic process / Separation of Sister Chromatids / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / mitotic cell cycle / nervous system development / ubiquitin-dependent protein catabolic process / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / protein phosphatase binding / 細胞分化 / molecular adaptor activity / protein ubiquitination / 細胞周期 / 細胞分裂 / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / 核小体 / zinc ion binding / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Anaphase-promoting complex subunit 15 / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / Anaphase-promoting complex subunit 15 / : / Anaphase-promoting complex subunit 5, N-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 1, middle domain / : / : / Anaphase-promoting complex subunit 1 WD40 beta-propeller domain ...Anaphase-promoting complex subunit 15 / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / Anaphase-promoting complex subunit 15 / : / Anaphase-promoting complex subunit 5, N-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 1, middle domain / : / : / Anaphase-promoting complex subunit 1 WD40 beta-propeller domain / Anaphase-promoting complex sub unit 1 C-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 middle domain / APC1 beta sandwich domain / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex, subunit 16 / Apc13 / Apc13p protein / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 5 domain / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit APC10/Doc1 / Anaphase-promoting complex, subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex APC subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 11, RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 2, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / ユビキチン結合酵素 / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Galactose-binding-like domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 C / APC/C activator protein CDH1 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase-promoting complex subunit 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.6 Å
データ登録者Ferguson CJ / Brown NG / Prabu JR / Watson ER / Schulman BA / Bonni A
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)5K08HD099314-02 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: APC7 mediates ubiquitin signaling in constitutive heterochromatin in the developing mammalian brain.
著者: Cole J Ferguson / Olivia Urso / Tatyana Bodrug / Brandon M Gassaway / Edmond R Watson / Jesuraj R Prabu / Pablo Lara-Gonzalez / Raquel C Martinez-Chacin / Dennis Y Wu / Karlla W Brigatti / ...著者: Cole J Ferguson / Olivia Urso / Tatyana Bodrug / Brandon M Gassaway / Edmond R Watson / Jesuraj R Prabu / Pablo Lara-Gonzalez / Raquel C Martinez-Chacin / Dennis Y Wu / Karlla W Brigatti / Erik G Puffenberger / Cora M Taylor / Barbara Haas-Givler / Robert N Jinks / Kevin A Strauss / Arshad Desai / Harrison W Gabel / Steven P Gygi / Brenda A Schulman / Nicholas G Brown / Azad Bonni /
要旨: Neurodevelopmental cognitive disorders provide insights into mechanisms of human brain development. Here, we report an intellectual disability syndrome caused by the loss of APC7, a core component of ...Neurodevelopmental cognitive disorders provide insights into mechanisms of human brain development. Here, we report an intellectual disability syndrome caused by the loss of APC7, a core component of the E3 ubiquitin ligase anaphase promoting complex (APC). In mechanistic studies, we uncover a critical role for APC7 during the recruitment and ubiquitination of APC substrates. In proteomics analyses of the brain from mice harboring the patient-specific APC7 mutation, we identify the chromatin-associated protein Ki-67 as an APC7-dependent substrate of the APC in neurons. Conditional knockout of the APC coactivator protein Cdh1, but not Cdc20, leads to the accumulation of Ki-67 protein in neurons in vivo, suggesting that APC7 is required for the function of Cdh1-APC in the brain. Deregulated neuronal Ki-67 upon APC7 loss localizes predominantly to constitutive heterochromatin. Our findings define an essential function for APC7 and Cdh1-APC in neuronal heterochromatin regulation, with implications for understanding human brain development and disease.
履歴
登録2021年9月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月12日-
マップ公開2022年1月12日-
更新2022年1月19日-
現状2022年1月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.019
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.019
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25027.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25027.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈anaphase promoting complex / cyclosome lacking APC7 subunit, bound to Ubiquitin variant, substrate, UBE2C
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.019 / ムービー #1: 0.019
最小 - 最大-0.005234458 - 0.041231077
平均 (標準偏差)0.0004920546 (±0.0032137241)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ324324324
Spacing324324324
セルA=B=C: 434.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.341.341.34
M x/y/z324324324
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z434.160434.160434.160
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS324324324
D min/max/mean-0.0050.0410.000

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_25027_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_25027_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Anaphase Promoting Complex delta APC7

全体名称: Anaphase Promoting Complex delta APC7
要素
  • 複合体: Anaphase Promoting Complex delta APC7

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超分子 #1: Anaphase Promoting Complex delta APC7

超分子名称: Anaphase Promoting Complex delta APC7 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
分子量実験値: 1.2 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 54172
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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