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万見
- EMDB-2335: The capsid of mycobacteriophage Araucaria -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2335
タイトルThe capsid of mycobacteriophage Araucaria
マップデータIcosahedral Reconstruction of the Araucaria capsid
試料
  • 試料: Mycobacteriophage Araucaria Capsid
  • ウイルス: Mycobacteriophage Araucaria
キーワードmycobacteriophage / Araucaria (ナンヨウスギ属) / single-particle / Mycobacterium abscessus subsp. bolletii / Siphoviridae (サイフォウイルス科) / electron microscopy (電子顕微鏡) / mycobacteria. (マイコバクテリウム属)
生物種Mycobacteriophage Araucaria
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者Sassi M / Bebeacua C / Drancourt M / Cambillau C
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2013
タイトル: The first structure of a mycobacteriophage, the Mycobacterium abscessus subsp. bolletii phage Araucaria.
著者: Mohamed Sassi / Cecilia Bebeacua / Michel Drancourt / Christian Cambillau /
要旨: The unique characteristics of the waxy mycobacterial cell wall raise questions about specific structural features of their bacteriophages. No structure of any mycobacteriophage is available, although ...The unique characteristics of the waxy mycobacterial cell wall raise questions about specific structural features of their bacteriophages. No structure of any mycobacteriophage is available, although ∼3,500 have been described to date. To fill this gap, we embarked in a genomic and structural study of a bacteriophage from Mycobacterium abscessus subsp. bolletii, a member of the Mycobacterium abscessus group. This opportunistic pathogen is responsible for respiratory tract infections in patients with lung disorders, particularly cystic fibrosis. M. abscessus subsp. bolletii was isolated from respiratory tract specimens, and bacteriophages were observed in the cultures. We report here the genome annotation and characterization of the M. abscessus subsp. bolletii prophage Araucaria, as well as the first single-particle electron microscopy reconstruction of the whole virion. Araucaria belongs to Siphoviridae and possesses a 64-kb genome containing 89 open reading frames (ORFs), among which 27 could be annotated with certainty. Although its capsid and connector share close similarity with those of several phages from Gram-negative (Gram(-)) or Gram(+) bacteria, its most distinctive characteristic is the helical tail decorated by radial spikes, possibly host adhesion devices, according to which the phage name was chosen. Its host adsorption device, at the tail tip, assembles features observed in phages binding to protein receptors, such as phage SPP1. All together, these results suggest that Araucaria may infect its mycobacterial host using a mechanism involving adhesion to cell wall saccharides and protein, a feature that remains to be further explored.
履歴
登録2013年3月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年4月17日-
マップ公開2013年7月24日-
更新2013年7月24日-
現状2013年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2335.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2335.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Icosahedral Reconstruction of the Araucaria capsid
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.95 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大0.0 - 0.14693557
平均 (標準偏差)0.00272688 (±0.01485588)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 989.99994 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.954.954.95
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z990.000990.000990.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-27-15-36
NX/NY/NZ553173
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0000.1470.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mycobacteriophage Araucaria Capsid

全体名称: Mycobacteriophage Araucaria Capsid
要素
  • 試料: Mycobacteriophage Araucaria Capsid
  • ウイルス: Mycobacteriophage Araucaria

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超分子 #1000: Mycobacteriophage Araucaria Capsid

超分子名称: Mycobacteriophage Araucaria Capsid / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Capsid particles were selected from a sample containing whole phages.
集合状態: Icosahedral / Number unique components: 1
分子量実験値: 2.8 MDa / 理論値: 2.8 MDa / 手法: Approximation with Chimera

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超分子 #1: Mycobacteriophage Araucaria

超分子名称: Mycobacteriophage Araucaria / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Araucaria / 生物種: Mycobacteriophage Araucaria / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Araucaria
宿主生物種: Mycobacterium abscessus subsp. bolletii (バクテリア)
株: CIP108541T / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid T7 / 直径: 600 Å / T番号(三角分割数): 7

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: PBS Buffer
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed viral particles were stained with 2% uranyl acetate for 20 seconds.
グリッド詳細: 300 copper mesh grids with a film of colodion and carbon
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 48500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 48500
試料ステージ試料ホルダー: Room temperature holder / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnification
日付2012年7月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD (2k x 2k) / 実像数: 1500 / 平均電子線量: 10 e/Å2

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画像解析

最終 角度割当詳細: ICOSAHEDRAL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, Spider, Xmipp / 使用した粒子像数: 7431
詳細Particles were processed using a Maximum Likelihood approach imposing ICOSAHEDRAL symmetry.

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1ohg

ソフトウェア名称: Chimera
詳細60 copies of the HK97 MCP hexamer were manually fitted and automatically refined.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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