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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2320 | |||||||||
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タイトル | CryoEM Structure of keyhole limpet hemocyanin isoform 2 (KLH2) | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of keyhole limpet hemocyanin isoform 2 | |||||||||
試料 |
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キーワード | hemocyanin (ヘモシアニン) / respiratory protein (呼吸器) / quaternary structure / Mollusca (軟体動物) / keyhole limpet hemocyanin | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Megathura crenulata (無脊椎動物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Gatsogiannis C / Schnittger E / Markl SJ / Depoix F / Markl J | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CryoEM Structure of keyhole limpet hemocyanin isoform 2 (KLH2) 著者: Gatsogiannis C / Schnittger E / Markl SJ / Depoix F / Markl J | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2320.map.gz | 133.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2320-v30.xml emd-2320.xml | 8.2 KB 8.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2320.png | 276.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2320 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2320 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2320.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 141.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of keyhole limpet hemocyanin isoform 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Keyhole Limpet Hemocyanin Isoform 2 (KLH2)
全体 | 名称: Keyhole Limpet Hemocyanin Isoform 2 (KLH2) |
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要素 |
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-超分子 #1000: Keyhole Limpet Hemocyanin Isoform 2 (KLH2)
超分子 | 名称: Keyhole Limpet Hemocyanin Isoform 2 (KLH2) / タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: KLH2 is a dodecamer of a 400 kDa subunit. Each subunit is composed by 8 paralogous O2 binding functional units Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 8 MDa / 理論値: 8 MDa / 手法: Predicted from the primary structure of the subunit |
-分子 #1: keyhole limpet hemocyanin2
分子 | 名称: keyhole limpet hemocyanin2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: KLH2 / コピー数: 20 / 集合状態: dodecamer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Megathura crenulata (無脊椎動物) / 別称: Giant keyhole limpet / 組織: hemolymph |
分子量 | 実験値: 8 MDa / 理論値: 8 MDa |
配列 | UniProtKB: Keyhole limpet hemocyanin2 InterPro: Tyrosinase copper-binding domain, Di-copper centre-containing domain superfamily |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 0,05 M Tris, 0,15 M NaCl, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 0.0034 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.0013 µm / 倍率(公称値): 49000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
日付 | 2008年8月20日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / 実像数: 210 |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each Particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: D5 (2回x5回 2面回転対称) アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC-5 / 使用した粒子像数: 11379 |