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- EMDB-22990: Structure of the H-lobe of yeast CKM -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22990
タイトルStructure of the H-lobe of yeast CKM
マップデータStructure of the H-lobe of yeast CKM
試料
  • 複合体: yeast CDK8 complexCyclin-dependent kinase 8
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 12
キーワードMediator / Transcription (転写 (生物学)) / Cdk8 / Med13 / Med12 / CycC / CDK / Argonaute (アルゴノート (タンパク質)) / RNA Polymerase II (RNAポリメラーゼII) / PIWI
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transcription by galactose / CKM complex / mediator complex / transcription coactivator activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Mediator complex, subunit Med12 / Transcription mediator complex subunit Med12 / Transcription mediator complex subunit Med12
類似検索 - ドメイン・相同性
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 12
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å
データ登録者Li YC / Chao TC
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structure and noncanonical Cdk8 activation mechanism within an Argonaute-containing Mediator kinase module.
著者: Yi-Chuan Li / Ti-Chun Chao / Hee Jong Kim / Timothy Cholko / Shin-Fu Chen / Guojie Li / Laura Snyder / Kotaro Nakanishi / Chia-En Chang / Kenji Murakami / Benjamin A Garcia / Thomas G Boyer / Kuang-Lei Tsai /
要旨: The Cdk8 kinase module (CKM) in Mediator, comprising Med13, Med12, CycC, and Cdk8, regulates RNA polymerase II transcription through kinase-dependent and -independent functions. Numerous pathogenic ...The Cdk8 kinase module (CKM) in Mediator, comprising Med13, Med12, CycC, and Cdk8, regulates RNA polymerase II transcription through kinase-dependent and -independent functions. Numerous pathogenic mutations causative for neurodevelopmental disorders and cancer congregate in CKM subunits. However, the structure of the intact CKM and the mechanism by which Cdk8 is non-canonically activated and functionally affected by oncogenic CKM alterations are poorly understood. Here, we report a cryo-electron microscopy structure of CKM that redefines prior CKM structural models and explains the mechanism of Med12-dependent Cdk8 activation. Med12 interacts extensively with CycC and activates Cdk8 by stabilizing its activation (T-)loop through conserved Med12 residues recurrently mutated in human tumors. Unexpectedly, Med13 has a characteristic Argonaute-like bi-lobal architecture. These findings not only provide a structural basis for understanding CKM function and pathological dysfunction, but also further impute a previously unknown regulatory mechanism of Mediator in transcriptional modulation through its Med13 Argonaute-like features.
履歴
登録2020年11月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月27日-
マップ公開2021年1月27日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7kpw
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22990.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22990.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the H-lobe of yeast CKM
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.017 / ムービー #1: 0.017
最小 - 最大-0.037022132 - 0.07529268
平均 (標準偏差)0.00003197633 (±0.0009365085)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 410.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z410.880410.880410.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0370.0750.000

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添付データ

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ハーフマップ: half-volume 1

ファイルemd_22990_half_map_1.map
注釈half-volume 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-volume 2

ファイルemd_22990_half_map_2.map
注釈half-volume 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : yeast CDK8 complex

全体名称: yeast CDK8 complexCyclin-dependent kinase 8
要素
  • 複合体: yeast CDK8 complexCyclin-dependent kinase 8
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 12

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超分子 #1: yeast CDK8 complex

超分子名称: yeast CDK8 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 430 KDa

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分子 #1: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 12

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 12
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 167.049812 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MNNGSGRYLL TPPDDLHPYV PSSKPQEQVY PDFKPWEHTA AEDQILANFV AKGFYHTPMV NFESISARSS VHESLVTQSN ILSQQFDKI IKIREDHINK IPSNSTTTLH GPGFQLPNRI TLTDHRKETW LHELSSSHTS LVKIGKFIPH GLKRRQVIEQ C YLKFIPLK ...文字列:
MNNGSGRYLL TPPDDLHPYV PSSKPQEQVY PDFKPWEHTA AEDQILANFV AKGFYHTPMV NFESISARSS VHESLVTQSN ILSQQFDKI IKIREDHINK IPSNSTTTLH GPGFQLPNRI TLTDHRKETW LHELSSSHTS LVKIGKFIPH GLKRRQVIEQ C YLKFIPLK RAIWLIKCCY FIEWKSNHKK KRSNAAGADD AISMHLLKDW TDTFVYILEK LIFDMTNHYN DSQQLRTWKR QI SYFLKLL GNCYSLRLIN KEIFHHWLVE FINKMENFEF LPLSLHILMI FWNDICQIDT NAPVAATITS SQKEPFFLVT KIT DMLLHK YYIVSSSKSM INDENYIIND IKKNNKIKLN ILKILSSLIL KIFQEQSLEV FIFPTSNWEI YKPLLFEIVS NADT NQNSD MKKKLELISY RNESLKNNSS IRNVIMSASN ANDFQLTIVT CKQFPKLSCI QLNCIDTQFT KLLDDNPTEF DWPTY VDQN PLTMHKIIQL ILWSIHPSRQ FDHYESNQLV AKLLLLRINS TDEDLHEFQI EDAIWSLVFQ LAKNFSAQKR VVSYMM PSL YRLLNILITY GIIKVPTYIR KLISSGLLYL QDSNDKFVHV QLLINLKISP LMKSQYNMVL RNVMEYDVKF YEIFNFD QL VEITEQIKMR ILSNDITNLQ LSKTPLSIKI MVAEWYLSHL CSGILSSVNR TVLLKIFKIF CIDLEVFHHF FKWIEFIV Y HQLLSDIESL EALMDILLCY QKLFSQFIND HILFTKTFIF IYKKVLKEKD VPAYNVTSFM PFWKFFMKNF PFVLKVDND LRIELQSVYN DEKLKTEKLK NDKSEVLKVY SMINNSNQAV GQTWNFPEVF QVNIRFLLHN SEIIDTNTSK QFQKARNNVM LLIATNLKE YNKFMSIFLK RKDFTNKNLI QLISLKLLTF EVTQNVLGLE YIIRLLPINL ENNDGSYGLF LKYHKEQFIK S NFEKILLT CYELEKKYHG NECEINYYEI LLKILITYGS SPKLLATSTK IIMLLLNDSV ENSSNILEDI LYYSTCPSET DL NDIPLGS GQPDNDTVVT NDDKSDDDDH TVDEIDHVEY YVMMDFANLW VFQAFTCFCI KKIMENNEPA MAMEDLKNFI FQI IEITNS NDLCSQIFDQ LKDMQTIEMI TQIVEKDFCT SCLQNNNQKI DDNYIVVVIE IITSLSMRFQ RETSGMIVIS MENY HLLIK IIRQLSELNE GNLSKREIQI DAVLKIFSFH QDSIFQRIIA DLSADKPTSP FIDSICKLFD KISFNLRLKL FLYEI LSSL KSFAIYSSTI DAPAFHTSGK VELPKKLLNL PPFQVSSFVK ETKLHSGDYG EEEDADQEES FSLNLGIGIV EIAHEN EQK WLIYDKKDHK YVCTFSMEPY HFISNYNTKY TDDMATGSND TTAFNDSCVN LSLFDARFER KNPH

UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 12

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 25 mM Hepes pH 7.4, 200 mM NaCl, and 0.005% NP-40
グリッド前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 15075 / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 815542
初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 36691
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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