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万見
- EMDB-22074: Cryo-EM structure of NLRP1-DPP9 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22074
タイトルCryo-EM structure of NLRP1-DPP9 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: DPP9-NLRP1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Dipeptidyl peptidase 9ジペプチジルペプチダーゼ
  • タンパク質・ペプチド: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1
  • タンパク質・ペプチド: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1
キーワードNLRP1 / DPP9 / inflammasome (インフラマソーム) / Val-boroPro (VbP) / talabostat / innate immunity (自然免疫系) / IMMUNE SYSTEM (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


NLRP1 inflammasome complex assembly / cysteine-type endopeptidase activator activity / NLRP1 inflammasome complex / canonical inflammasome complex / The NLRP1 inflammasome / DPP-4 / self proteolysis / dipeptidyl-peptidase activity / negative regulation of programmed cell death / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 ...NLRP1 inflammasome complex assembly / cysteine-type endopeptidase activator activity / NLRP1 inflammasome complex / canonical inflammasome complex / The NLRP1 inflammasome / DPP-4 / self proteolysis / dipeptidyl-peptidase activity / negative regulation of programmed cell death / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / pattern recognition receptor activity / pattern recognition receptor signaling pathway / cellular response to UV-B / stress-activated protein kinase signaling cascade / pyroptotic inflammatory response / cell leading edge / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / antiviral innate immune response / response to muramyl dipeptide / signaling adaptor activity / aminopeptidase activity / serine-type peptidase activity / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of interleukin-1 beta production / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein homooligomerization / positive regulation of inflammatory response / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / : / double-stranded RNA binding / peptidase activity / regulation of inflammatory response / double-stranded DNA binding / neuron apoptotic process / regulation of apoptotic process / defense response to virus / 微小管 / defense response to bacterium / protein domain specific binding / apoptotic process / 核小体 / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
FIIND domain / Function to find / FIIND domain profile. / Dipeptidyl peptidase 8 /9 ,N-terminal / Dipeptidyl peptidase 8 and 9 N-terminal / CARD8/ASC/NALP1, CARD domain / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain ...FIIND domain / Function to find / FIIND domain profile. / Dipeptidyl peptidase 8 /9 ,N-terminal / Dipeptidyl peptidase 8 and 9 N-terminal / CARD8/ASC/NALP1, CARD domain / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / ロイシンリッチリピート / ロイシンリッチリピート / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Leucine-rich repeat profile. / Death-like domain superfamily / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Dipeptidyl peptidase 9 / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Hollingsworth LR / Sharif H / Griswold AR / Fontana P / Mintseris J / Dagbay KB / Paulo JA / Gygi SP / Bachovchin DA / Wu H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 Al124491 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: DPP9 sequesters the C terminus of NLRP1 to repress inflammasome activation.
著者: L Robert Hollingsworth / Humayun Sharif / Andrew R Griswold / Pietro Fontana / Julian Mintseris / Kevin B Dagbay / Joao A Paulo / Steven P Gygi / Daniel A Bachovchin / Hao Wu /
要旨: Nucleotide-binding domain and leucine-rich repeat pyrin-domain containing protein 1 (NLRP1) is an inflammasome sensor that mediates the activation of caspase-1 to induce cytokine maturation and ...Nucleotide-binding domain and leucine-rich repeat pyrin-domain containing protein 1 (NLRP1) is an inflammasome sensor that mediates the activation of caspase-1 to induce cytokine maturation and pyroptosis. Gain-of-function mutations of NLRP1 cause severe inflammatory diseases of the skin. NLRP1 contains a function-to-find domain that auto-proteolyses into noncovalently associated subdomains, and proteasomal degradation of the repressive N-terminal fragment of NLRP1 releases its inflammatory C-terminal fragment (NLRP1 CT). Cytosolic dipeptidyl peptidases 8 and 9 (hereafter, DPP8/DPP9) both interact with NLRP1, and small-molecule inhibitors of DPP8/DPP9 activate NLRP1 by mechanisms that are currently unclear. Here we report cryo-electron microscopy structures of the human NLRP1-DPP9 complex alone and with Val-boroPro (VbP), an inhibitor of DPP8/DPP9. The structures reveal a ternary complex that comprises DPP9, full-length NLRP1 and the NLRPT CT. The binding of the NLRP1 CT to DPP9 requires full-length NLRP1, which suggests that NLRP1 activation is regulated by the ratio of NLRP1 CT to full-length NLRP1. Activation of the inflammasome by ectopic expression of the NLRP1 CT is consistently rescued by co-expression of autoproteolysis-deficient full-length NLRP1. The N terminus of the NLRP1 CT inserts into the DPP9 active site, and VbP disrupts this interaction. Thus, VbP weakens the NLRP1-DPP9 interaction and accelerates degradation of the N-terminal fragment to induce inflammasome activation. Overall, these data demonstrate that DPP9 quenches low levels of NLRP1 CT and thus serves as a checkpoint for activation of the NLRP1 inflammasome.
履歴
登録2020年5月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月10日-
マップ公開2021年3月10日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0184
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0184
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6x6a
  • 表面レベル: 0.0184
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22074.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22074.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0184 / ムービー #1: 0.0184
最小 - 最大-0.050547384 - 0.11099255
平均 (標準偏差)0.00019395225 (±0.0022244928)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8250.8250.825
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z330.000330.000330.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-170-170-170
NX/NY/NZ340340340
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0510.1110.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : DPP9-NLRP1 complex

全体名称: DPP9-NLRP1 complex
要素
  • 複合体: DPP9-NLRP1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Dipeptidyl peptidase 9ジペプチジルペプチダーゼ
  • タンパク質・ペプチド: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1
  • タンパク質・ペプチド: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1

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超分子 #1: DPP9-NLRP1 complex

超分子名称: DPP9-NLRP1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Dipeptidyl peptidase 9

分子名称: Dipeptidyl peptidase 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DPP-4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 98.38432 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MATTGTPTAD RGDAAATDDP AARFQVQKHS WDGLRSIIHG SRKYSGLIVN KAPHDFQFVQ KTDESGPHSH RLYYLGMPYG SRENSLLYS EIPKKVRKEA LLLLSWKQML DHFQATPHHG VYSREEELLR ERKRLGVFGI TSYDFHSESG LFLFQASNSL F HCRDGGKN ...文字列:
MATTGTPTAD RGDAAATDDP AARFQVQKHS WDGLRSIIHG SRKYSGLIVN KAPHDFQFVQ KTDESGPHSH RLYYLGMPYG SRENSLLYS EIPKKVRKEA LLLLSWKQML DHFQATPHHG VYSREEELLR ERKRLGVFGI TSYDFHSESG LFLFQASNSL F HCRDGGKN GFMVSPMKPL EIKTQCSGPR MDPKICPADP AFFSFINNSD LWVANIETGE ERRLTFCHQG LSNVLDDPKS AG VATFVIQ EEFDRFTGYW WCPTASWEGS EGLKTLRILY EEVDESEVEV IHVPSPALEE RKTDSYRYPR TGSKNPKIAL KLA EFQTDS QGKIVSTQEK ELVQPFSSLF PKVEYIARAG WTRDGKYAWA MFLDRPQQWL QLVLLPPALF IPSTENEEQR LASA RAVPR NVQPYVVYEE VTNVWINVHD IFYPFPQSEG EDELCFLRAN ECKTGFCHLY KVTAVLKSQG YDWSEPFSPG EDEFK CPIK EEIALTSGEW EVLARHGSKI WVNEETKLVY FQGTKDTPLE HHLYVVSYEA AGEIVRLTTP GFSHSCSMSQ NFDMFV SHY SSVSTPPCVH VYKLSGPDDD PLHKQPRFWA SMMEAASCPP DYVPPEIFHF HTRSDVRLYG MIYKPHALQP GKKHPTV LF VYGGPQVQLV NNSFKGIKYL RLNTLASLGY AVVVIDGRGS CQRGLRFEGA LKNQMGQVEI EDQVEGLQFV AEKYGFID L SRVAIHGWSY GGFLSLMGLI HKPQVFKVAI AGAPVTVWMA YDTGYTERYM DVPENNQHGY EAGSVALHVE KLPNEPNRL LILHGFLDEN VHFFHTNFLV SQLIRAGKPY QLQIYPNERH SIRCPESGEH YEVTLLHFLQ EYL

UniProtKB: Dipeptidyl peptidase 9

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分子 #2: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1

分子名称: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 136.327344 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAGGAWGRLA CYLEFLKKEE LKEFQLLLAN KAHSRSSSGE TPAQPEKTSG MEVASYLVAQ YGEQRAWDLA LHTWEQMGLR SLCAQAQEG AGHSPSFPYS PSEPHLGSPS QPTSTAVLMP WIHELPAGCT QGSERRVLRQ LPDTSGRRWR EISASLLYQA L PSSPDHES ...文字列:
MAGGAWGRLA CYLEFLKKEE LKEFQLLLAN KAHSRSSSGE TPAQPEKTSG MEVASYLVAQ YGEQRAWDLA LHTWEQMGLR SLCAQAQEG AGHSPSFPYS PSEPHLGSPS QPTSTAVLMP WIHELPAGCT QGSERRVLRQ LPDTSGRRWR EISASLLYQA L PSSPDHES PSQESPNAPT STAVLGSWGS PPQPSLAPRE QEAPGTQWPL DETSGIYYTE IREREREKSE KGRPPWAAVV GT PPQAHTS LQPHHHPWEP SVRESLCSTW PWKNEDFNQK FTQLLLLQRP HPRSQDPLVK RSWPDYVEEN RGHLIEIRDL FGP GLDTQE PRIVILQGAA GIGKSTLARQ VKEAWGRGQL YGDRFQHVFY FSCRELAQSK VVSLAELIGK DGTATPAPIR QILS RPERL LFILDGVDEP GWVLQEPSSE LCLHWSQPQP ADALLGSLLG KTILPEASFL ITARTTALQN LIPSLEQARW VEVLG FSES SRKEYFYRYF TDERQAIRAF RLVKSNKELW ALCLVPWVSW LACTCLMQQM KRKEKLTLTS KTTTTLCLHY LAQALQ AQP LGPQLRDLCS LAAEGIWQKK TLFSPDDLRK HGLDGAIIST FLKMGILQEH PIPLSYSFIH LCFQEFFAAM SYVLEDE KG RGKHSNCIID LEKTLEAYGI HGLFGASTTR FLLGLLSDEG EREMENIFHC RLSQGRNLMQ WVPSLQLLLQ PHSLESLH C LYETRNKTFL TQVMAHFEEM GMCVETDMEL LVCTFCIKFS RHVKKLQLIE GRQHRSTWSP TMVVLFRWVP VTDAYWQIL FSVLKVTRNL KELDLSGNSL SHSAVKSLCK TLRRPRCLLE TLRLAGCGLT AEDCKDLAFG LRANQTLTEL DLSFNVLTDA GAKHLCQRL RQPSCKLQRL QLVSCGLTSD CCQDLASVLS ASPSLKELDL QQNNLDDVGV RLLCEGLRHP ACKLIRLGLD Q TTLSDEMR QELRALEQEK PQLLIFSRRK PSVMTPTEGL DTGEMSNSTS SLKRQRLGSE RAASHVAQAN LKLLDVSKIF PI AEIAEES SPEVVPVELL CVPSPASQGD LHTKPLGTDD DFWGPTGPVA TEVVDKEKNL YRVHFPVAGS YRWPNTGLCF VMR EAVTVE IEFCVWDQFL GEINPQHSWM VAGPLLDIKA EPGAVEAVHL PHFVALQGGH VDTSLFQMAH FKEEGMLLEK PARV ELHHI VLENPSF

UniProtKB: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1

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分子 #3: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1

分子名称: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.76074 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SPLGVLLKMI HNALRFIPVT SVVLLYHRVH PEEVTFHLYL IPSDCSIRKA IDDLEMKFQF VRIHKPPPLT PLYMGCRYTV SGSGSGMLE ILPKELELCY RSPGEDQLFS EFYVGHLGSG IRLQVKDKKD ETLVWEALVK PGDLMPATTL IPPARIAVPS P LDAPQLLH ...文字列:
SPLGVLLKMI HNALRFIPVT SVVLLYHRVH PEEVTFHLYL IPSDCSIRKA IDDLEMKFQF VRIHKPPPLT PLYMGCRYTV SGSGSGMLE ILPKELELCY RSPGEDQLFS EFYVGHLGSG IRLQVKDKKD ETLVWEALVK PGDLMPATTL IPPARIAVPS P LDAPQLLH FVDQYREQLI ARVTSVEVVL DKLHGQVLSQ EQYERVLAEN TRPSQMRKLF SLSQSWDRKC KDGLYQALKE TH PHLIMEL WEKGSKKGLL PLSS

UniProtKB: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 25 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系倍率（補正後）: 10500 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
#0 - 撮影したグリッド数: 7 / #0 - 実像数: 7840 / #0 - 平均露光時間: 1.8 sec. / #0 - 平均電子線量: 67.54 e/Å2 / #0 - 詳細: stage tilt 0 degrees / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
#1 - 撮影したグリッド数: 4 / #1 - 実像数: 1916 / #1 - 平均露光時間: 2.6 sec. / #1 - 平均電子線量: 67.6 e/Å2 / #1 - 詳細: stage tilt 37 degrees
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 11197166
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 50000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 179306
Image recording ID1
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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