+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2169 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the 60S-Arx1-Rei1 complex | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM reconstruction of the 60S-Arx1-Rei1 complex | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | large ribosomal subunit / ribosome biogenesis (リボソーム生合成) / ribosome maturation factor | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 90S preribosome / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome ...pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 90S preribosome / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / protein-RNA complex assembly / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal large subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / translational termination / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / maintenance of translational fidelity / オートファジー / modification-dependent protein catabolic process / ribosomal large subunit assembly / protein tag activity / rRNA processing / large ribosomal subunit rRNA binding / リボソーム生合成 / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / RNA binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 8.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Greber BJ / Boehringer D / Montellese C / Ban N | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2012 タイトル: Cryo-EM structures of Arx1 and maturation factors Rei1 and Jjj1 bound to the 60S ribosomal subunit. 著者: Basil J Greber / Daniel Boehringer / Christian Montellese / Nenad Ban / 要旨: Eukaryotic ribosome biogenesis requires many protein factors that facilitate the assembly, nuclear export and final maturation of 40S and 60S particles. We have biochemically characterized ribosomal ...Eukaryotic ribosome biogenesis requires many protein factors that facilitate the assembly, nuclear export and final maturation of 40S and 60S particles. We have biochemically characterized ribosomal complexes of the yeast 60S-biogenesis factor Arx1 and late-maturation factors Rei1 and Jjj1 and determined their cryo-EM structures. Arx1 was visualized bound to the 60S subunit together with Rei1, at 8.1-Å resolution, to reveal the molecular details of Arx1 binding whereby Arx1 arrests the eukaryotic-specific rRNA expansion segment 27 near the polypeptide tunnel exit. Rei1 and Jjj1, which have been implicated in Arx1 recycling, bind in the vicinity of Arx1 and form a network of interactions. We suggest that, in addition to the role of Arx1 during pre-60S nuclear export, the binding of Arx1 conformationally locks the pre-60S subunit and inhibits the premature association of nascent chain-processing factors to the polypeptide tunnel exit. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2169.map.gz | 37.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-2169-v30.xml emd-2169.xml | 16.8 KB 16.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2169.jpg | 129 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2169 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2169 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2169.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 41.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Cryo-EM reconstruction of the 60S-Arx1-Rei1 complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.81 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 60S ribosomal subunit in complex with Arx1 and Rei1
全体 | 名称: 60S ribosomal subunit in complex with Arx1 and Rei1リボソーム |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: 60S ribosomal subunit in complex with Arx1 and Rei1
超分子 | 名称: 60S ribosomal subunit in complex with Arx1 and Rei1 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One monomer each of 60S, Arx1, and Rei1 / Number unique components: 3 |
---|---|
分子量 | 理論値: 2.3 MDa |
-超分子 #1: 60S ribosomal subunit
超分子 | 名称: 60S ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 60S / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: LSU 60S |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: cytoplasm |
分子量 | 理論値: 2.2 MDa |
-分子 #1: Arx1
分子 | 名称: Arx1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: N-terminal His-tag / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: cytoplasm |
分子量 | 理論値: 65 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pProEX-htb |
配列 | InterPro: Peptidase M24 |
-分子 #2: Rei1
分子 | 名称: Rei1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: C-terminal His-tag / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: cytoplasm |
分子量 | 理論値: 46 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET24a |
配列 | InterPro: INTERPRO: IPR007087, INTERPRO: IPR015880 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 詳細: 20 mM Hepes-NaOH pH 8.0, 50 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 5 mM beta-mercaptoethanol |
---|---|
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryo |
グリッド | 詳細: Quantifoil holey carbon grid R2/1 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 80 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: manual plunger / 手法: manual blotting |
-電子顕微鏡法 #1
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 83000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
温度 | 平均: 87 K |
Microscopy ID | 1 |
日付 | 2012年2月21日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2 詳細: images were acquired using a 2 x 2 frame spot scan (per hole) using a serial EM script ビット/ピクセル: 16 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
-電子顕微鏡法 #2
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 83000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
温度 | 平均: 87 K |
Microscopy ID | 2 |
日付 | 2012年3月6日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2 詳細: images were acquired using a 2 x 2 frame spot scan (per hole) using a serial EM script ビット/ピクセル: 16 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
-電子顕微鏡法 #3
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 83000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
温度 | 平均: 87 K |
Microscopy ID | 3 |
日付 | 2012年3月20日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2 詳細: images were acquired using a 2 x 2 frame spot scan (per hole) using a serial EM script ビット/ピクセル: 16 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: per frame |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER 詳細: Fourier amplitudes of the reconstruction were enhanced using the SAXS curve from ribosomes; subsequently, the map was filtered in SPIDER using a butterworth low-pass filter with a filter midpoint of 0.23. 使用した粒子像数: 84113 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: 3u5h |
---|---|
ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | Protocol: rigid body |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation |
得られたモデル | PDB-4v8t: |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: 3u5i |
---|---|
ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | Protocol: rigid body |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation |
得られたモデル | PDB-4v8t: |