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- EMDB-21669: HTR2A bound to 25-CN-NBOH in complex with a mini-Galpha-q protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21669
タイトルHTR2A bound to 25-CN-NBOH in complex with a mini-Galpha-q protein, beta/gamma subunits and an active-state stabilizing single-chain variable fragment (scFv16) obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)
マップデータHTR2A bound to 25-CN-NBOH in complex with a mini-G%u237Aq protein, %u03B2/%uD835%uDEFE subunits and an active-state stabilizing single-chain variable fragment (scFv16) obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)
試料
  • 複合体: HTR2A bound to 25-CN-NBOH in complex with a mini-Galpha-q protein, beta/gamma subunits and an active-state stabilizing single-chain variable fragment (scFv16) obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)
    • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,5-hydroxytryptamine receptor 2A chimera
    • タンパク質・ペプチド: G subunit q (Gi2-mini-Gq chimeric)
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: single Fab chain (svFv16)
  • リガンド: 4-(2-{[(2-hydroxyphenyl)methyl]amino}ethyl)-2,5-dimethoxybenzonitrile
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to cytoskeleton / 1-(4-iodo-2,5-dimethoxyphenyl)propan-2-amine binding / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / serotonin receptor signaling pathway / artery smooth muscle contraction / セロトニン受容体 ...protein localization to cytoskeleton / 1-(4-iodo-2,5-dimethoxyphenyl)propan-2-amine binding / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / serotonin receptor signaling pathway / artery smooth muscle contraction / セロトニン受容体 / cell body fiber / urinary bladder smooth muscle contraction / serotonin binding / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / G protein-coupled serotonin receptor activity / neurotransmitter receptor activity / temperature homeostasis / regulation of dopamine secretion / protein tyrosine kinase activator activity / behavioral response to cocaine / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / negative regulation of potassium ion transport / activation of phospholipase C activity / positive regulation of fat cell differentiation / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of vasoconstriction / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of glycolytic process / dendritic shaft / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / カベオラ / glycolytic process / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / 記憶 / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / intracellular calcium ion homeostasis / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / sensory perception of taste / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / positive regulation of neuron apoptotic process / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / virus receptor activity / retina development in camera-type eye / presynaptic membrane / GTPase binding / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / cytoplasmic vesicle / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / postsynaptic membrane / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / electron transfer activity / ペリプラズム / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / response to xenobiotic stimulus / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane
類似検索 - 分子機能
5-Hydroxytryptamine 2A receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily ...5-Hydroxytryptamine 2A receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / 5-hydroxytryptamine receptor 2A / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Skiniotis G / Roth B / Kim K / Panova O
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)R37 DA045657 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)RO1 MH112205 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: Structure of a Hallucinogen-Activated Gq-Coupled 5-HT Serotonin Receptor.
著者: Kuglae Kim / Tao Che / Ouliana Panova / Jeffrey F DiBerto / Jiankun Lyu / Brian E Krumm / Daniel Wacker / Michael J Robertson / Alpay B Seven / David E Nichols / Brian K Shoichet / Georgios ...著者: Kuglae Kim / Tao Che / Ouliana Panova / Jeffrey F DiBerto / Jiankun Lyu / Brian E Krumm / Daniel Wacker / Michael J Robertson / Alpay B Seven / David E Nichols / Brian K Shoichet / Georgios Skiniotis / Bryan L Roth /
要旨: Hallucinogens like lysergic acid diethylamide (LSD), psilocybin, and substituted N-benzyl phenylalkylamines are widely used recreationally with psilocybin being considered as a therapeutic for many ...Hallucinogens like lysergic acid diethylamide (LSD), psilocybin, and substituted N-benzyl phenylalkylamines are widely used recreationally with psilocybin being considered as a therapeutic for many neuropsychiatric disorders including depression, anxiety, and substance abuse. How psychedelics mediate their actions-both therapeutic and hallucinogenic-are not understood, although activation of the 5-HT serotonin receptor (HTR2A) is key. To gain molecular insights into psychedelic actions, we determined the active-state structure of HTR2A bound to 25-CN-NBOH-a prototypical hallucinogen-in complex with an engineered Gαq heterotrimer by cryoelectron microscopy (cryo-EM). We also obtained the X-ray crystal structures of HTR2A complexed with the arrestin-biased ligand LSD or the inverse agonist methiothepin. Comparisons of these structures reveal determinants responsible for HTR2A-Gαq protein interactions as well as the conformational rearrangements involved in active-state transitions. Given the potential therapeutic actions of hallucinogens, these findings could accelerate the discovery of more selective drugs for the treatment of a variety of neuropsychiatric disorders.
履歴
登録2020年4月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月23日-
マップ公開2020年9月23日-
更新2020年9月23日-
現状2020年9月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6wha
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21669.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21669.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈HTR2A bound to 25-CN-NBOH in complex with a mini-G%u237Aq protein, %u03B2/%uD835%uDEFE subunits and an active-state stabilizing single-chain variable fragment (scFv16) obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8521 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0164 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.06648667 - 0.11577206
平均 (標準偏差)0.00040480538 (±0.0045306403)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ196196196
Spacing196196196
セルA=B=C: 167.0116 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.852102040816330.852102040816330.85210204081633
M x/y/z196196196
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z167.012167.012167.012
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS196196196
D min/max/mean-0.0660.1160.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HTR2A bound to 25-CN-NBOH in complex with a mini-Galpha-q protein...

全体名称: HTR2A bound to 25-CN-NBOH in complex with a mini-Galpha-q protein, beta/gamma subunits and an active-state stabilizing single-chain variable fragment (scFv16) obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)
要素
  • 複合体: HTR2A bound to 25-CN-NBOH in complex with a mini-Galpha-q protein, beta/gamma subunits and an active-state stabilizing single-chain variable fragment (scFv16) obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)
    • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,5-hydroxytryptamine receptor 2A chimera
    • タンパク質・ペプチド: G subunit q (Gi2-mini-Gq chimeric)
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: single Fab chain (svFv16)
  • リガンド: 4-(2-{[(2-hydroxyphenyl)methyl]amino}ethyl)-2,5-dimethoxybenzonitrile

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超分子 #1: HTR2A bound to 25-CN-NBOH in complex with a mini-Galpha-q protein...

超分子名称: HTR2A bound to 25-CN-NBOH in complex with a mini-Galpha-q protein, beta/gamma subunits and an active-state stabilizing single-chain variable fragment (scFv16) obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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分子 #1: Soluble cytochrome b562,5-hydroxytryptamine receptor 2A chimera

分子名称: Soluble cytochrome b562,5-hydroxytryptamine receptor 2A chimera
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56.167309 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAKLQTMH HHHHHHHHHE NLYFQGGTTM ADLEDNWETL NDNLKVIEKA DNAAQVKDAL TKMRAAALD AQKATPPKLE DKSPDSPEMK DFRHGFDILV GQIDDALKLA NEGKVKEAQA AAEQLKTTRN AYIQKYLGSL S LLHLQEKN ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAKLQTMH HHHHHHHHHE NLYFQGGTTM ADLEDNWETL NDNLKVIEKA DNAAQVKDAL TKMRAAALD AQKATPPKLE DKSPDSPEMK DFRHGFDILV GQIDDALKLA NEGKVKEAQA AAEQLKTTRN AYIQKYLGSL S LLHLQEKN WSALLTAVVI ILTIAGNILV IMAVSLEKKL QNATNYFLMS LAIADMLLGF LVMPVSMLTI LYGYRWPLPS KL CAVWIYL DVLFSTASIM HLCAISLDRY VAIQNPIHHS RFNSRTKAFL KIIAVWTISV GISMPIPVFG LQDDSKVFKE GSC LLADDN FVLIGSFVSF FIPLTIMVIT YFLTIKSLQK EATLCVSDLG TRAKLASFSF LPQSSLSSEK LFQRSIHREP GSYT GRRTM QSISNEQKAC KVLGIVFFLF VVMWCPFFIT NIMAVICKES CNEDVIGALL NVFVWIGYLS SAVNPLVYTL FNKTY RSAF SRYIQCQYKE NKK

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分子 #2: G subunit q (Gi2-mini-Gq chimeric)

分子名称: G subunit q (Gi2-mini-Gq chimeric) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.084832 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSTVSAEDK AAAERSKMID KNLREDGEKA RRTLRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRILHGGS GGSGGTSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGGQ RDERRKWIQC FNDVTAIIFV VDSSDYNRLQ EALNDFKSIW NNRWLRTISV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK I EDYFPEFA ...文字列:
MGSTVSAEDK AAAERSKMID KNLREDGEKA RRTLRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRILHGGS GGSGGTSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGGQ RDERRKWIQC FNDVTAIIFV VDSSDYNRLQ EALNDFKSIW NNRWLRTISV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK I EDYFPEFA RYTTPEDATP EPGEDPRVTR AKYFIRKEFV DISTASGDGR HICYPHFTCA VDTENARRIF NDCKDIILQM NL REYNLV

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.418086 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHLEV LFQGPGSSGS ELDQLRQEAE QLKNQIRDAR KACADATLSQ ITNNIDPVGR IQMRTRRTLR GHLAKIYAMH WGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKVH AIPLRSSWVM TCAYAPSGNY VACGGLDNIC SIYNLKTREG NVRVSRELAG H TGYLSCCR ...文字列:
MHHHHHHLEV LFQGPGSSGS ELDQLRQEAE QLKNQIRDAR KACADATLSQ ITNNIDPVGR IQMRTRRTLR GHLAKIYAMH WGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKVH AIPLRSSWVM TCAYAPSGNY VACGGLDNIC SIYNLKTREG NVRVSRELAG H TGYLSCCR FLDDNQIVTS SGDTTCALWD IETGQQTTTF TGHTGDVMSL SLAPDTRLFV SGACDASAKL WDVREGMCRQ TF TGHESDI NAICFFPNGN AFATGSDDAT CRLFDLRADQ ELMTYSHDNI ICGITSVSFS KSGRLLLAGY DDFNCNVWDA LKA DRAGVL AGHDNRVSCL GVTDDGMAVA TGSWDSFLKI WN

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分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

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分子 #5: single Fab chain (svFv16)

分子名称: single Fab chain (svFv16) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.668922 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KAAALEVLFQ GPHHHHHHHH

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分子 #6: 4-(2-{[(2-hydroxyphenyl)methyl]amino}ethyl)-2,5-dimethoxybenzonitrile

分子名称: 4-(2-{[(2-hydroxyphenyl)methyl]amino}ethyl)-2,5-dimethoxybenzonitrile
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: U0G
分子量理論値: 312.363 Da
Chemical component information

ChemComp-U0G:
4-(2-{[(2-hydroxyphenyl)methyl]amino}ethyl)-2,5-dimethoxybenzonitrile / 4-[2-[(2-ヒドロキシベンジル)アミノ]エチル]-2,5-ジメトキシベンゾニトリル / アゴニスト*YM / 25CN-NBOH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度16.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式
20.0 mMHEPES
100.0 mMNaCl塩化ナトリウム
0.001 %LMNG
0.0001 %CHS
0.00025 %GDN
100.0 uMTCEP
1.0 mMMgCl2
10.0 uMGDP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 倍率（補正後）: 57050 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2368 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2712613
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 3次元分類クラス数: 3
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 166497

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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