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万見
- EMDB-21319: Mammalian V-ATPase from rat brain with the Legionella pneumophila... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21319
タイトルMammalian V-ATPase from rat brain with the Legionella pneumophila effector protein SidK - rotational state 3 non-uniform refinement
マップデータMammalian rat brain V-ATPase with SidK bound, non-uniform refinement rotational state 3
試料
  • 複合体: Mammalian rat brain V-ATPase collar and peripheral stalks state 1 - from focused refinement
機能・相同性
機能・相同性情報


Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / ヒトの虹彩の色 / central nervous system maturation / Transferrin endocytosis and recycling / Ion channel transport / Amino acids regulate mTORC1 / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / transporter activator activity / negative regulation of autophagic cell death / Insulin receptor recycling ...Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / ヒトの虹彩の色 / central nervous system maturation / Transferrin endocytosis and recycling / Ion channel transport / Amino acids regulate mTORC1 / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / transporter activator activity / negative regulation of autophagic cell death / Insulin receptor recycling / RHOA GTPase cycle / rostrocaudal neural tube patterning / cellular response to increased oxygen levels / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / synaptic vesicle lumen acidification / endosome to plasma membrane protein transport / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / P-type proton-exporting transporter activity / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / lysosomal lumen acidification / intracellular organelle / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / clathrin-coated vesicle membrane / vacuolar transport / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / endosomal lumen acidification / NURF complex / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / head morphogenesis / vacuolar acidification / protein localization to cilium / transmembrane transporter complex / dendritic spine membrane / regulation of cellular pH / osteoclast development / ROS and RNS production in phagocytes / Neutrophil degranulation / ATPase complex / ATPase activator activity / autophagosome membrane / regulation of MAPK cascade / 微絨毛 / MLL1 complex / cilium assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway / angiotensin maturation / regulation of macroautophagy / axon terminus / ATP metabolic process / ATP合成酵素 / RNA endonuclease activity / ruffle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / receptor-mediated endocytosis / 分泌 / 繊毛 / transmembrane transport / terminal bouton / synaptic vesicle membrane / small GTPase binding / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / メラノソーム / シナプス小胞 / apical part of cell / signaling receptor activity / cell body / ATPase binding / postsynaptic membrane / intracellular iron ion homeostasis / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / リソソーム / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / apical plasma membrane / lysosomal membrane / 神経繊維 / external side of plasma membrane / 中心体 / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / extracellular space / 核質 / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / Renin receptor-like protein / ATPase, V1 complex, subunit A / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain ...ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / Renin receptor-like protein / ATPase, V1 complex, subunit A / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain / ATPase, V1 complex, subunit C / Vacuolar ATP synthase subunit C superfamily / V-ATPase subunit C / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / ATPase, V1 complex, subunit B / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V1 complex, subunit F, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit d / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / V-ATPase proteolipid subunit / ATPase, V0 complex, c/d subunit / V-type ATPase subunit C/d / V-type ATP synthase subunit c/d subunit superfamily / V-type ATP synthase c/d subunit, domain 3 superfamily / ATP synthase (C/AC39) subunit / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family / V-type ATPase subunit E / V-type ATPase subunit E, C-terminal domain superfamily / ATP synthase (E/31 kDa) subunit / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit N-term extension / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a / Similar to RIKEN cDNA 1110020A23 / H(+)-transporting two-sector ATPase / V-type proton ATPase subunit S1 / V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1 / V-type proton ATPase subunit F / V-type proton ATPase subunit B, brain isoform / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / V-type proton ATPase subunit e 2 / V-type proton ATPase subunit C 1 ...ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a / Similar to RIKEN cDNA 1110020A23 / H(+)-transporting two-sector ATPase / V-type proton ATPase subunit S1 / V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1 / V-type proton ATPase subunit F / V-type proton ATPase subunit B, brain isoform / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / V-type proton ATPase subunit e 2 / V-type proton ATPase subunit C 1 / V-type proton ATPase subunit / Type IV secretion protein Dot / Renin receptor / V-type proton ATPase subunit D / V-type proton ATPase subunit E 1 / V-type proton ATPase subunit G
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Abbas YM / Rubinstein JL
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Structure of V-ATPase from the mammalian brain.
著者: Yazan M Abbas / Di Wu / Stephanie A Bueler / Carol V Robinson / John L Rubinstein /
要旨: In neurons, the loading of neurotransmitters into synaptic vesicles uses energy from proton-pumping vesicular- or vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases). These membrane protein complexes ...In neurons, the loading of neurotransmitters into synaptic vesicles uses energy from proton-pumping vesicular- or vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases). These membrane protein complexes possess numerous subunit isoforms, which complicates their analysis. We isolated homogeneous rat brain V-ATPase through its interaction with SidK, a effector protein. Cryo-electron microscopy allowed the construction of an atomic model, defining the enzyme's ATP:proton ratio as 3:10 and revealing a homolog of yeast subunit f in the membrane region, which we tentatively identify as RNAseK. The c ring encloses the transmembrane anchors for cleaved ATP6AP1/Ac45 and ATP6AP2/PRR, the latter of which is the (pro)renin receptor that, in other contexts, is involved in both Wnt signaling and the renin-angiotensin system that regulates blood pressure. This structure shows how ATP6AP1/Ac45 and ATP6AP2/PRR enable assembly of the enzyme's catalytic and membrane regions.
履歴
登録2020年2月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月19日-
マップ公開2020年3月25日-
更新2020年9月30日-
現状2020年9月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6vq8
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6vq8
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21319.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21319.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Mammalian rat brain V-ATPase with SidK bound, non-uniform refinement rotational state 3
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.25 / ムービー #1: 0.25
最小 - 最大-0.7876166 - 1.4667959
平均 (標準偏差)0.006196533 (±0.069897026)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 360.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z340340340
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z360.400360.400360.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ212211153
NX/NY/NZ80102186
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS340340340
D min/max/mean-0.7881.4670.006

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mammalian rat brain V-ATPase collar and peripheral stalks state 1...

全体名称: Mammalian rat brain V-ATPase collar and peripheral stalks state 1 - from focused refinement
要素
  • 複合体: Mammalian rat brain V-ATPase collar and peripheral stalks state 1 - from focused refinement

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超分子 #1: Mammalian rat brain V-ATPase collar and peripheral stalks state 1...

超分子名称: Mammalian rat brain V-ATPase collar and peripheral stalks state 1 - from focused refinement
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 43.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 79654

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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