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万見
- EMDB-2101: Electron tomography of forming Hepatitis C virus-like particles i... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2101
タイトルElectron tomography of forming Hepatitis C virus-like particles in insect cells.
マップデータTomographic reconstruction of an insect cell Sf9 producing Hepatitis C virus-like particles.
試料
  • 試料: Tomographic reconstruction of an insect cell Sf9 producing Hepatitis C virus-like particles
  • 細胞器官・細胞要素: Hepatitis C virus-like particles
キーワードHepatitis C virus (C型肝炎ウイルス) / Hepatitis C virus-like particles / virus morphogenesis / budding (出芽)
生物種Hepatitis C Virus-like particles (C型肝炎ウイルス)
手法電子線トモグラフィー法 / ネガティブ染色法
データ登録者Badia-Martinez D / Peralta B / Andres G / Guerra M / Gil-Carton D / Abrescia NG
引用ジャーナル: Virology / 年: 2012
タイトル: Three-dimensional visualization of forming Hepatitis C virus-like particles by electron-tomography.
著者: Daniel Badia-Martinez / Bibiana Peralta / German Andrés / Milagros Guerra / David Gil-Carton / Nicola G A Abrescia /
要旨: Hepatitis C virus infects almost 170 million people per year but its assembly pathway, architecture and the structures of its envelope proteins are poorly understood. Using electron tomography of ...Hepatitis C virus infects almost 170 million people per year but its assembly pathway, architecture and the structures of its envelope proteins are poorly understood. Using electron tomography of plastic-embedded sections of insect cells, we have visualized the morphogenesis of recombinant Hepatitis C virus-like particles. Our data provide a three-dimensional sketch of viral assembly at the endoplasmic reticulum showing different budding stages and contiguity of buds. This latter phenomenon could play an important role during the assembly of wt-HCV and explain the size-heterogeneity of its particles.
履歴
登録2012年5月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年9月5日-
マップ公開2012年9月5日-
更新2012年9月5日-
現状2012年9月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2101.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2101.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tomographic reconstruction of an insect cell Sf9 producing Hepatitis C virus-like particles.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 9.46 Å
密度
最小 - 最大0.0 - 180.934158330000002
平均 (標準偏差)15.30517101 (±4.21060133)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ20482048126
Spacing20482048126
セルA: 19374.08 Å / B: 19374.08 Å / C: 1191.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z9.469.469.46
M x/y/z20482048126
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z19374.08019374.0801191.960
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ128128168
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS20482048126
D min/max/mean0.000180.93415.305

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tomographic reconstruction of an insect cell Sf9 producing Hepati...

全体名称: Tomographic reconstruction of an insect cell Sf9 producing Hepatitis C virus-like particles
要素
  • 試料: Tomographic reconstruction of an insect cell Sf9 producing Hepatitis C virus-like particles
  • 細胞器官・細胞要素: Hepatitis C virus-like particles

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超分子 #1000: Tomographic reconstruction of an insect cell Sf9 producing Hepati...

超分子名称: Tomographic reconstruction of an insect cell Sf9 producing Hepatitis C virus-like particles
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Hepatitis C virus-like particles

超分子名称: Hepatitis C virus-like particles / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: HCV-LP / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Hepatitis C Virus-like particles (C型肝炎ウイルス)
細胞: Sf9 insect cells / 細胞中の位置: Endoplasmic reticulum

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析電子線トモグラフィー法

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試料調製

染色タイプ: NEGATIVE
詳細: cells were fixed with 2% glutaraldehyde in PBS (pH 7.4), stained with 1% OsO4 and processed for conventional Epon resin embedding
グリッド詳細: 200 mesh copper EM grids counterstained with uranyl acetate and lead citrate
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: -7.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -5.0 µm / 倍率（公称値）: 25000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: omega
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL / Tilt series - Axis1 - Min angle: -65 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 65 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 1.5 °
温度最低: 292 K / 最高: 294 K / 平均: 293 K
日付2011年11月11日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 126 / ビット/ピクセル: 32

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, TOMO3D / 使用した粒子像数: 126

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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