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- EMDB-20828: Cryo-electron tomogram of FIB-milled HEK293 cells treated with Taxol -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20828
タイトルCryo-electron tomogram of FIB-milled HEK293 cells treated with Taxol
マップデータCryo-electron tomogram of FIB-milled HEK293 cells treated with Taxol
試料
  • 細胞: Cryo-electron tomogram of FIB-milled HEK293 cells treated with Taxol
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Watanabe R / Villa E
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: The In Situ Structure of Parkinson's Disease-Linked LRRK2.
著者: Reika Watanabe / Robert Buschauer / Jan Böhning / Martina Audagnotto / Keren Lasker / Tsan-Wen Lu / Daniela Boassa / Susan Taylor / Elizabeth Villa /
要旨: Mutations in leucine-rich repeat kinase 2 (LRRK2) are the most frequent cause of familial Parkinson's disease. LRRK2 is a multi-domain protein containing a kinase and GTPase. Using correlative light ...Mutations in leucine-rich repeat kinase 2 (LRRK2) are the most frequent cause of familial Parkinson's disease. LRRK2 is a multi-domain protein containing a kinase and GTPase. Using correlative light and electron microscopy, in situ cryo-electron tomography, and subtomogram analysis, we reveal a 14-Å structure of LRRK2 bearing a pathogenic mutation that oligomerizes as a right-handed double helix around microtubules, which are left-handed. Using integrative modeling, we determine the architecture of LRRK2, showing that the GTPase and kinase are in close proximity, with the GTPase closer to the microtubule surface, whereas the kinase is exposed to the cytoplasm. We identify two oligomerization interfaces mediated by non-catalytic domains. Mutation of one of these abolishes LRRK2 microtubule-association. Our work demonstrates the power of cryo-electron tomography to generate models of previously unsolved structures in their cellular environment.
履歴
登録2019年10月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月13日-
マップ公開2020年8月19日-
更新2020年10月7日-
現状2020年10月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_20828.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20828.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 158.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Cryo-electron tomogram of FIB-milled HEK293 cells treated with Taxol
ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.8 Å
密度
最小 - 最大-128 - 127
平均 (標準偏差)5.5751357 (±21.909538)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-1920115
サイズ928960187
Spacing960928187
セルA: 10368.0 Å / B: 10022.4 Å / C: 2019.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z10.810.810.8
M x/y/z960928187
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z10368.00010022.4002019.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ162182277
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS20-19115
NC/NR/NS960928187
D min/max/mean-128.000127.0005.575

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-electron tomogram of FIB-milled HEK293 cells treated with Taxol

全体名称: Cryo-electron tomogram of FIB-milled HEK293 cells treated with Taxol
要素
  • 細胞: Cryo-electron tomogram of FIB-milled HEK293 cells treated with Taxol

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超分子 #1: Cryo-electron tomogram of FIB-milled HEK293 cells treated with Taxol

超分子名称: Cryo-electron tomogram of FIB-milled HEK293 cells treated with Taxol
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.001 nA / 集束イオンビーム - 時間: 50 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 70 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 4000 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 80 nm
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is Aquilos. This is not in a list of allowed values set(['DB235', 'OTHER']) so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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